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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Alpha-synuclein amyloid fibrils with WT DNAJB1 | ||||||||||||
![]() | Postprocessed map of the complex formed of alpha-synuclein amyloid fibrils and WT DNAJB1 | ||||||||||||
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![]() | Chaperones / amyloid fibril / disaggregation / PROTEIN FIBRIL | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.16 Å | ||||||||||||
![]() | Saibil HR / Monistrol J | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Stepwise recruitment of Hsc70 by DNAJB1 produces ordered arrays primed for bursts of amyloid fibre disassembly 著者: Monistrol J / Beton JG / Johnston EC / Saibil HR | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 932.6 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 29.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 8 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 6 MB 6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 601.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 600.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map of the complex formed of alpha-synuclein amyloid fibrils and WT DNAJB1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.575 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half map #1 of the complex formed...
ファイル | emd_19461_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half map #1 of the complex formed of alpha-synuclein amyloid fibrils and WT DNAJB1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half map #2 of the complex formed...
ファイル | emd_19461_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half map #2 of the complex formed of alpha-synuclein amyloid fibrils and WT DNAJB1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Alpha-synuclein amyloid fibril with WT DNAJB1
全体 | 名称: Alpha-synuclein amyloid fibril with WT DNAJB1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Alpha-synuclein amyloid fibril with WT DNAJB1
超分子 | 名称: Alpha-synuclein amyloid fibril with WT DNAJB1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 48.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 40.0 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -7.2 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 199136 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: relion_helix_inimodel2d using fibre crossover distance |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |