+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1929 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Modular architecture of eukaryotic RNase P and RNase MRP revealed by electron microscopy | |||||||||
マップデータ | RNase P | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | RNase P / RNA-processing / ribozyme | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hipp K / Galani K / Batisse C / Prinz S / Bottcher B | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2012 タイトル: Modular architecture of eukaryotic RNase P and RNase MRP revealed by electron microscopy. 著者: Katharina Hipp / Kyriaki Galani / Claire Batisse / Simone Prinz / Bettina Böttcher / 要旨: Ribonuclease P (RNase P) and RNase MRP are closely related ribonucleoprotein enzymes, which process RNA substrates including tRNA precursors for RNase P and 5.8 S rRNA precursors, as well as some ...Ribonuclease P (RNase P) and RNase MRP are closely related ribonucleoprotein enzymes, which process RNA substrates including tRNA precursors for RNase P and 5.8 S rRNA precursors, as well as some mRNAs, for RNase MRP. The structures of RNase P and RNase MRP have not yet been solved, so it is unclear how the proteins contribute to the structure of the complexes and how substrate specificity is determined. Using electron microscopy and image processing we show that eukaryotic RNase P and RNase MRP have a modular architecture, where proteins stabilize the RNA fold and contribute to cavities, channels and chambers between the modules. Such features are located at strategic positions for substrate recognition by shape and coordination of the cleaved-off sequence. These are also the sites of greatest difference between RNase P and RNase MRP, highlighting the importance of the adaptation of this region to the different substrates. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1929.map.gz | 3.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1929-v30.xml emd-1929.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1929.png | 109.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1929 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1929 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1929_validation.pdf.gz | 210.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1929_full_validation.pdf.gz | 209.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1929_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1929 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1929 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1929.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | RNase P | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RNase P
全体 | 名称: RNase P |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: RNase P
超分子 | 名称: RNase P / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 410 KDa |
-分子 #1: Ribonuclease P
分子 | 名称: Ribonuclease P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNase P / 集合状態: monomer / 組換発現: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus |
分子量 | 理論値: 410 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM Tris HCl pH 7.5, 100 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: sandwich, cryo negative stain with 1% uranyl acetate |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内温度: 95 K / 装置: OTHER 手法: samples were stained and frozen after partly drying, by dipping grids into liquid nitrogen |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
---|---|
温度 | 最低: 95 K / 最高: 95 K / 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: astigmatism was corrected at 200000 times magnification on carbon film |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (2k x 2k) 実像数: 1861 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.68 µm / 倍率(公称値): 66000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side entry, liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | particle were selected automatically, particle orientations were determined by projection matching |
---|---|
CTF補正 | 詳細: each particle, phase flipping |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider, imagic, xmipp 詳細: final maps were calculated from 20 defocus groups, number of particles in certain orientations were limited to counterbalance preferred orientations 使用した粒子像数: 24373 |