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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18890 | |||||||||
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タイトル | Mouse teneurin-3 non-compact subunit - A1B1 isoform | |||||||||
マップデータ | Map of mouse teneurin-3 A1B1 isoform non-compact subunit | |||||||||
試料 |
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キーワード | Synaptic cell adhesion molecule / Homodimer / Cis-synaptic / CELL ADHESION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of homophilic cell adhesion / synaptic membrane adhesion / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / neuron development / cell adhesion molecule binding / presynaptic active zone membrane / positive regulation of neuron projection development / neuron projection / protein heterodimerization activity ...regulation of homophilic cell adhesion / synaptic membrane adhesion / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / neuron development / cell adhesion molecule binding / presynaptic active zone membrane / positive regulation of neuron projection development / neuron projection / protein heterodimerization activity / axon / glutamatergic synapse / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Gogou C / Meijer DH | |||||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Alternative splicing controls teneurin-3 compact dimer formation for neuronal recognition. 著者: Christos Gogou / J Wouter Beugelink / Cátia P Frias / Leanid Kresik / Natalia Jaroszynska / Uwe Drescher / Bert J C Janssen / Robert Hindges / Dimphna H Meijer / 要旨: Neuronal network formation is facilitated by recognition between synaptic cell adhesion molecules at the cell surface. Alternative splicing of cell adhesion molecules provides additional specificity ...Neuronal network formation is facilitated by recognition between synaptic cell adhesion molecules at the cell surface. Alternative splicing of cell adhesion molecules provides additional specificity in forming neuronal connections. For the teneurin family of cell adhesion molecules, alternative splicing of the EGF-repeats and NHL domain controls synaptic protein-protein interactions. Here we present cryo-EM structures of the compact dimeric ectodomain of two teneurin-3 isoforms that harbour the splice insert in the EGF-repeats. This dimer is stabilised by an EGF8-ABD contact between subunits. Cryo-EM reconstructions of all four splice variants, together with SAXS and negative stain EM, reveal compacted dimers for each, with variant-specific dimeric arrangements. This results in specific trans-cellular interactions, as tested in cell clustering and stripe assays. The compact conformations provide a structural basis for teneurin homo- and heterophilic interactions. Altogether, our findings demonstrate how alternative splicing results in rearrangements of the dimeric subunits, influencing neuronal recognition and likely circuit wiring. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18890.map.gz | 62.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18890-v30.xml emd-18890.xml | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18890_fsc.xml | 9.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18890.png | 114.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18890.cif.gz | 7.5 KB | ||
その他 | emd_18890_additional_1.map.gz emd_18890_half_map_1.map.gz emd_18890_half_map_2.map.gz | 62.8 MB 52.1 MB 52.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18890 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18890 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18890_validation.pdf.gz | 924.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18890_full_validation.pdf.gz | 923.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18890_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18890_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18890 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18890 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r51MC 8r50C 8r54C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of mouse teneurin-3 A1B1 isoform non-compact subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.836 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Map of mouse teneurin-3 A1B1 isoform non-compact subunit...
ファイル | emd_18890_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map of mouse teneurin-3 A1B1 isoform non-compact subunit after focused classification and refinement on EGF8 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of mouse teneurin-3 A1B1 isoform non-compact subunit
ファイル | emd_18890_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of mouse teneurin-3 A1B1 isoform non-compact subunit | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of mouse teneurin-3 A1B1 isoform non-compact subunit
ファイル | emd_18890_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of mouse teneurin-3 A1B1 isoform non-compact subunit | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : mouse teneurin-3 A1B1 isoform ectodomain subunit
全体 | 名称: mouse teneurin-3 A1B1 isoform ectodomain subunit |
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要素 |
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-超分子 #1: mouse teneurin-3 A1B1 isoform ectodomain subunit
超分子 | 名称: mouse teneurin-3 A1B1 isoform ectodomain subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 536.96 KDa |
-分子 #1: Teneurin-3
分子 | 名称: Teneurin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 268.72225 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MARPLCTLLL LMATLAGALA GSHHHHHHGS QTENDTFENG KVNSDTVPTN TVSLPSGDNG KLGGFTHENN TIDSGELDIG RRAIQEVPP GIFWRSQLFI DQPQFLKFNI SLQKDALIGV YGRKGLPPSH TQYDFVELLD GSRLIAREQR NLVESERAGR Q ARSVSLHE ...文字列: MARPLCTLLL LMATLAGALA GSHHHHHHGS QTENDTFENG KVNSDTVPTN TVSLPSGDNG KLGGFTHENN TIDSGELDIG RRAIQEVPP GIFWRSQLFI DQPQFLKFNI SLQKDALIGV YGRKGLPPSH TQYDFVELLD GSRLIAREQR NLVESERAGR Q ARSVSLHE AGFIQYLDSG IWHLAFYNDG KNPEQVSFNT IVIESVVECP RNCHGNGECV SGTCHCFPGF LGPDCSRAAC PV LCSGNGQ YSKGRCLCFS GWKGTECDVP TTQCIDPQCG GRGICIMGSC ACNSGYKGEN CEEADCLDPG CSNHGVCIHG ECH CNPGWG GSNCEILKTM CADQCSGHGT YLQESGSCTC DPNWTGPDCS NEICSVDCGS HGVCMGGSCR CEEGWTGPAC NQRA CHPRC AEHGTCKDGK CECSQGWNGE HCTIAHYLDK IVKEGCPGLC NSNGRCTLDQ NGWHCVCQPG WRGAGCDVAM ETLCT DSKD NEGDGLIDCM DPDCCLQSSC QNQPYCRGLP DPQDIISQSL QTPSQQAAKS FYDRISFLIG SDSTHVLPGE SPFNKS LAS VIRGQVLTAD GTPLIGVNVS FLHYSEYGYT ITRQDGMFDL VANGGASLTL VFERSPFLTQ YHTVWIPWNV FYVMDTL VM KKEENDIPSC DLSGFVRPSP IIVSSPLSTF FRSSPEDSPI IPETQVLHEE TTIPGTDLKL SYLSSRAAGY KSVLKITM T QAVIPFNLMK VHLMVAVVGR LFQKWFPASP NLAYTFIWDK TDAYNQKVYG LSEAVVSVGY EYESCLDLTL WEKRTAVLQ GYELDASNMG GWTLDKHHVL DVQNGILYKG NGENQFISQQ PPVVSSIMGN GRRRSISCPS CNGQADGNKL LAPVALACGI DGSLYVGDF NYVRRIFPSG NVTSVLELRN KDFRHSSNPA HRYYLATDPV TGDLYVSDTN TRRIYRPKSL TGAKDLTKNA E VVAGTGEQ CLPFDEARCG DGGKAVEATL MSPKGMAIDK NGLIYFVDGT MIRKVDQNGI ISTLLGSNDL TSARPLTCDT SM HISQVRL EWPTDLAINP MDNSIYVLDN NVVLQITENR QVRIAAGRPM HCQVPGVEYP VGKHAVQTTL ESATAIAVSY SGV LYITET DEKKINRIRQ VTTDGEISLV AGIPSECDCK NDANCDCYQS GDGYAKDAKL NAPSSLAASP DGTLYIADLG NIRI RAVSK NKPLLNSMNF YEVASPTDQE LYIFDINGTH QYTVSLVTGD YLYNFSYSND NDVTAVTDSN GNTLRIRRDP NRMPV RVVS PDNQVIWLTI GTNGCLKSMT AQGLELVLFT YHGNSGLLAT KSDETGWTTF FDYDSEGRLT NVTFPTGVVT NLHGDM DKA ITVDIESSSR EEDVSITSNL SSIDSFYTMV QDQLRNSYQI GYDGSLRIFY ASGLDSHYQT EPHVLAGTAN PTVAKRN MT LPGENGQNLV EWRFRKEQAQ GKVNVFGRKL RVNGRNLLSV DFDRTTKTEK IYDDHRKFLL RIAYDTSGHP TLWLPSSK L MAVNVTYSST GQIASIQRGT TSEKVDYDSQ GRIVSRVFAD GKTWSYTYLE KSMVLLLHSQ RQYIFEYDMW DRLSAITMP SVARHTMQTI RSIGYYRNIY NPPESNASII TDYNEEGLLL QTAFLGTSRR VLFKYRRQTR LSEILYDSTR VSFTYDETAG VLKTVNLQS DGFICTIRYR QIGPLIDRQI FRFSEDGMVN ARFDYSYDNS FRVTSMQGVI NETPLPIDLY QFDDISGKVE Q FGKFGVIY YDINQIISTA VMTYTKHFDA HGRIKEIQYE IFRSLMYWIT IQYDNMGRVT KREIKIGPFA NTTKYAYEYD VD GQLQTVY LNEKIMWRYN YDLNGNLHLL NPSSSARLTP LRYDLRDRIT RLGDVQYRLD EDGFLRQRGT EIFEYSSKGL LTR VYSKGS GWTVIYRYDG LGRRVSSKTS LGQHLQFFYA DLTYPTRITH VYNHSSSEIT SLYYDLQGHL FAMEISSGDE FYIA SDNTG TPLAVFSSNG LMLKQIQYTA YGEIYFDSNV DFQLVIGFHG GLYDPLTKLI HFGERDYDIL AGRWTTPDIE IWKRI GKDP APFNLYMFRN NNPASKIHDV KDYITDVNSW LVTFGFHLHN AIPGFPVPKF DLTEPSYELV KSQQWEDVPP IFGVQQ QVA RQAKAFLSLG KMAEVQVSRR KAGAEQSWLW FATVKSLIGK GVMLAVSQGR VQTNVLNIAN EDCIKVAAVL NNAFYLE NL HFTIEGKDTH YFIKTTTPES DLGTLRLTSG RKALENGINV TVSQSTTVVN GRTRRFADVE MQFGALALHV RYGMTLDE E KARILEQARQ RALARAWARE QQRVRDGEEG ARLWTEGEKR QLLSAGKVQG YDGYYVLSVE QYPELADSAN NIQFLRQSE IGKRAAA UniProtKB: Teneurin-3 |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 2mM CaCl2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 22 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |