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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18847 | |||||||||
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タイトル | Influence of lipid bilayer on structure of acetylcholine receptor | |||||||||
マップデータ | Acetylcholine receptors in tubular vesicle; (-17,5) helical family | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ion channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Torpedo marmorata (エイ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Unwin N | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Influence of lipid bilayer on the structure of the muscle-type nicotinic acetylcholine receptor. 著者: Nigel Unwin / 要旨: The muscle-type nicotinic acetylcholine receptor is a transmitter-gated ion channel residing in the plasma membrane of electrocytes and striated muscle cells. It is present predominantly at synaptic ...The muscle-type nicotinic acetylcholine receptor is a transmitter-gated ion channel residing in the plasma membrane of electrocytes and striated muscle cells. It is present predominantly at synaptic junctions, where it effects rapid depolarization of the postsynaptic membrane in response to acetylcholine released into the synaptic cleft. Previously, cryo-EM of intact membrane from revealed that the lipid bilayer surrounding the junctional receptor has a uniquely asymmetric and ordered structure, due to a high concentration of cholesterol. It is now shown that this special lipid environment influences the transmembrane (TM) folding of the protein. All five submembrane MX helices of the membrane-intact junctional receptor align parallel to the surface of the cholesterol-ordered lipids in the inner leaflet of the bilayer; also, the TM helices in the outer leaflet are splayed apart. However in the structure obtained from the same protein after extraction and incorporation in nanodiscs, the MX helices do not align to a planar surface, and the TM helices arrange compactly in the outer leaflet. Realignment of the MX helices of the nanodisc-solved structure to a planar surface converts their adjoining TM helices into an obligatory splayed configuration, characteristic of the junctional receptor. Thus, the form of the receptor sustained by the special lipid environment of the synaptic junction is the one that mediates fast synaptic transmission; whereas, the nanodisc-embedded protein may be like the extrajunctional form, existing in a disordered lipid environment. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18847.map.gz | 502.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18847-v30.xml emd-18847.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18847.png | 140 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18847.cif.gz | 4.9 KB | ||
その他 | emd_18847_half_map_1.map.gz emd_18847_half_map_2.map.gz | 959.7 MB 964 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18847 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18847 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18847_validation.pdf.gz | 996.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18847_full_validation.pdf.gz | 996.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18847_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18847_validation.cif.gz | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18847 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18847 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18847.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Acetylcholine receptors in tubular vesicle; (-17,5) helical family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Acetylcholine receptors in tubular vesicle; (-17,5) helical family
ファイル | emd_18847_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Acetylcholine receptors in tubular vesicle; (-17,5) helical family | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Acetylcholine receptors in tubular vesicle; (-17,5) helical family
ファイル | emd_18847_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Acetylcholine receptors in tubular vesicle; (-17,5) helical family | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Muscle-type nicotinic acetylcholine receptor in intact synaptic m...
全体 | 名称: Muscle-type nicotinic acetylcholine receptor in intact synaptic membrane |
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要素 |
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-超分子 #1: Muscle-type nicotinic acetylcholine receptor in intact synaptic m...
超分子 | 名称: Muscle-type nicotinic acetylcholine receptor in intact synaptic membrane タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Postsynaptic membranes were isolated from fresh electric organ and incubated in low salt buffer to form ordered arrays of acetylcholine receptors in tubular vesicles |
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由来(天然) | 生物種: Torpedo marmorata (エイ) |
分子量 | 理論値: 290 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER | |||||||||
詳細 | Specimen comprises tubular vesicles which are imaged in thin ice over holes in the support film |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
詳細 | All images taken manually: by searching at low magnification for long straight and narrow tubes, then recording in integrating mode |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 200 / 実像数: 4045 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 詳細: Images were collected in integrating mode, 2 seconds exposure |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Refinement parameters were chosen to minimise changes to the original secondary structure | ||||||||||||||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 350 |