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- EMDB-18761: Human preholo proteasome 20S core particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18761
タイトルHuman preholo proteasome 20S core particle
マップデータ
試料
  • 複合体: Human preholo proteasome 20S core particle
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
キーワードComplex / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellar granule cell precursor proliferation / purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / protein folding chaperone complex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / : / proteasome core complex assembly / Somitogenesis ...cerebellar granule cell precursor proliferation / purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / protein folding chaperone complex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / : / proteasome core complex assembly / Somitogenesis / myofibril / immune system process / proteasome binding / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / NF-kappaB binding / chaperone-mediated protein complex assembly / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / sarcomere / proteasome complex / ciliary basal body / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Degradation of DVL / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / lipopolysaccharide binding / Hh mutants are degraded by ERAD / Degradation of AXIN / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / G2/M Checkpoints / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / P-body / Regulation of RUNX3 expression and activity / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / MAPK6/MAPK4 signaling / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / response to virus / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / ABC-family proteins mediated transport / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / response to organic cyclic compound / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / FCERI mediated NF-kB activation / nuclear matrix / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / Separation of Sister Chromatids / Regulation of RUNX2 expression and activity / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / UCH proteinases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / peptidase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / secretory granule lumen / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / postsynapse / response to oxidative stress / molecular adaptor activity / nuclear body / Ub-specific processing proteases / ribosome / nuclear speck
類似検索 - 分子機能
Proteasome assembly chaperone 1 / Proteasome assembly chaperone 4 / Proteasome maturation factor Ump1 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome assembly chaperone 2, eukaryotic / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal ...Proteasome assembly chaperone 1 / Proteasome assembly chaperone 4 / Proteasome maturation factor Ump1 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome assembly chaperone 2, eukaryotic / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome assembly chaperone 1 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 ...Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome assembly chaperone 1 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome maturation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Schulman BA / Hanna JW / Harper JW / Adolf F / Du J / Rawson SD / Walsh Jr RM / Goodall EA
資金援助 ドイツ, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA) 米国
Aligning Science Across Parkinsons (ASAP)
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Visualizing chaperone-mediated multistep assembly of the human 20S proteasome.
著者: Frank Adolf / Jiale Du / Ellen A Goodall / Richard M Walsh / Shaun Rawson / Susanne von Gronau / J Wade Harper / John Hanna / Brenda A Schulman /
要旨: Dedicated assembly factors orchestrate stepwise production of many molecular machines, including the 28-subunit proteasome core particle (CP) that mediates protein degradation. Here, we report cryo- ...Dedicated assembly factors orchestrate stepwise production of many molecular machines, including the 28-subunit proteasome core particle (CP) that mediates protein degradation. Here, we report cryo-EM reconstructions of seven recombinant human subcomplexes that visualize all five chaperones and the three active site propeptides across a wide swath of the assembly pathway. Comparison of these chaperone-bound intermediates and a matching mature CP reveals molecular mechanisms determining the order of successive subunit additions, and how proteasome subcomplexes and assembly factors structurally adapt upon progressive subunit incorporation to stabilize intermediates, facilitate the formation of subsequent intermediates, and ultimately rearrange to coordinate proteolytic activation with gated access to active sites. The structural findings reported here explain many previous biochemical and genetic observations. This work establishes a methodologic approach for structural analysis of multiprotein complex assembly intermediates, illuminates specific functions of assembly factors, and reveals conceptual principles underlying human proteasome biogenesis.
履歴
登録2023年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年8月28日-
現状2024年8月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18761.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18761.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.89 Å/pix.
x 168 pix.
= 316.68 Å		1.89 Å/pix.
x 168 pix.
= 316.68 Å		1.89 Å/pix.
x 168 pix.
= 316.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.885 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.37
最小 - 最大-1.3023485 - 2.688272
平均 (標準偏差)0.009443309 (±0.13885637)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 316.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18761_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_18761_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18761_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18761_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human preholo proteasome 20S core particle

全体名称: Human preholo proteasome 20S core particle
要素
  • 複合体: Human preholo proteasome 20S core particle
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome maturation protein
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome assembly chaperone 1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome assembly chaperone 2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6

+
超分子 #1: Human preholo proteasome 20S core particle

超分子名称: Human preholo proteasome 20S core particle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.927535 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAERGYSFSL TTFSPSGKLV QIEYALAAVA GGAPSVGIKA ANGVVLATEK KQKSILYDER SVHKVEPITK HIGLVYSGMG PDYRVLVHR ARKLAQQYYL VYQEPIPTAQ LVQRVASVMQ EYTQSGGVRP FGVSLLICGW NEGRPYLFQS DPSGAYFAWK A TAMGKNYV ...文字列:
MAERGYSFSL TTFSPSGKLV QIEYALAAVA GGAPSVGIKA ANGVVLATEK KQKSILYDER SVHKVEPITK HIGLVYSGMG PDYRVLVHR ARKLAQQYYL VYQEPIPTAQ LVQRVASVMQ EYTQSGGVRP FGVSLLICGW NEGRPYLFQS DPSGAYFAWK A TAMGKNYV NGKTFLEKRY NEDLELEDAI HTAILTLKES FEGQMTEDNI EVGICNEAGF RRLTPTEVKD YLAAIA

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.901932 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: RRYDSRTTIF SPEGRLYQVE YAMEAIGHAG TCLGILANDG VLLAAERRNI HKLLDEVFFS EKIYKLNEDM ACSVAGITSD ANVLTNELR LIAQRYLLQY QEPIPCEQLV TALCDIKQAY TQFGGKRPFG VSLLYIGWDK HYGFQLYQSD PSGNYGGWKA T CIGNNSAA ...文字列:
RRYDSRTTIF SPEGRLYQVE YAMEAIGHAG TCLGILANDG VLLAAERRNI HKLLDEVFFS EKIYKLNEDM ACSVAGITSD ANVLTNELR LIAQRYLLQY QEPIPCEQLV TALCDIKQAY TQFGGKRPFG VSLLYIGWDK HYGFQLYQSD PSGNYGGWKA T CIGNNSAA AVSMLKQDYK EGEMTLKSAL ALAIKVLNKT MDVSKLSAEK VEIATLTREN GKTVIRVLKQ KEVEQLIKKH EE EEAKAER E

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-4

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.277986 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: YDRAITVFSP DGHLFQVEYA QEAVKKGSTA VGVRGRDIVV LGVEKKSVAK LQDERTVRKI CALDDNVCMA FAGLTADARI VINRARVEC QSHRLTVEDP VTVEYITRYI ASLKQRYTQS NGRRPFGISA LIVGFDFDGT PRLYQTDPSG TYHAWKANAI G RGAKSVRE ...文字列:
YDRAITVFSP DGHLFQVEYA QEAVKKGSTA VGVRGRDIVV LGVEKKSVAK LQDERTVRKI CALDDNVCMA FAGLTADARI VINRARVEC QSHRLTVEDP VTVEYITRYI ASLKQRYTQS NGRRPFGISA LIVGFDFDGT PRLYQTDPSG TYHAWKANAI G RGAKSVRE FLEKNYTDEA IETDDLTIKL VIKALLEVVQ SGGKNIELAV MRRDQSLKIL NPEEIEKYVA EIEKEK

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-7

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.322818 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR ...文字列:
MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR AIGSASEGAQ SSLQEVYHKS MTLKEAIKSS LIILKQVMEE KLNATNIELA TVQPGQNFHM FTKEELEEVI KD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-5

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.163992 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA ...文字列:
MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA RTYLERHMSE FMECNLNELV KHGLRALRET LPAEQDLTTK NVSIGIVGKD LEFTIYDDDD VSPFLEGLEE RP Q

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.87067 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GTGYDLSAST FSPDGRVFQV EYAMKAVENS STAIGIRCKD GVVFGVEKLV LSKLYEEGSN KRLFNVDRHV GMAVAGLLAD ARSLADIAR EEASNFRSNF GYNIPLKHLA DRVAMYVHAY TLYSAVRPFG CSFMLGSYSV NDGAQLYMID PSGVSYGYWG C AIGKARQA ...文字列:
GTGYDLSAST FSPDGRVFQV EYAMKAVENS STAIGIRCKD GVVFGVEKLV LSKLYEEGSN KRLFNVDRHV GMAVAGLLAD ARSLADIAR EEASNFRSNF GYNIPLKHLA DRVAMYVHAY TLYSAVRPFG CSFMLGSYSV NDGAQLYMID PSGVSYGYWG C AIGKARQA AKTEIEKLQM KEMTCRDIVK EVAKIIYIVH DEVKDKAFEL ELSWVGELTN GRHEIVPKDI REEAEKYAKE SL K

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.160178 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA ...文字列:
MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA GVKQTESTSF LEKKVKKKFD WTFEQTVETA ITCLSTVLSI DFKPSEIEVG VVTVENPKFR ILTEAEIDAH LV ALAE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6

+
分子 #8: Proteasome maturation protein

分子名称: Proteasome maturation protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.804993 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MNARGLGSEL KDSIPVTELS ASGPFESHDL LRKGFSCVKN ELLPSHPLEL SEKNFQLNQD KMNFSTLRNI QGLFAPLKLQ MEFKAVQQV QRLPFLSSSN LSLDVLRGND ETIGFEDILN DPSQSEVMGE PHLMVEYKLG LL

UniProtKB: Proteasome maturation protein

+
分子 #9: Proteasome assembly chaperone 1

分子名称: Proteasome assembly chaperone 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.891887 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAATFFGEVV KAPCRAGTED EEEEEEGRRE TPEDREVRLQ LARKREVRLL RRQTKTSLEV SLLEKYPCSK FIIAIGNNAV AFLSSFVMN SGVWEEVGCA KLWNEWCRTT DTTHLSSTEA FCVFYHLKSN PSVFLCQCSC YVAEDQQYQW LEKVFGSCPR K NMQITILT ...文字列:
MAATFFGEVV KAPCRAGTED EEEEEEGRRE TPEDREVRLQ LARKREVRLL RRQTKTSLEV SLLEKYPCSK FIIAIGNNAV AFLSSFVMN SGVWEEVGCA KLWNEWCRTT DTTHLSSTEA FCVFYHLKSN PSVFLCQCSC YVAEDQQYQW LEKVFGSCPR K NMQITILT CRHVTDYKTS ESTGSLPSPF LRALKTQNFK DSACCPLLEQ PNIVHDLPAA VLSYCQVWKI PAILYLCYTD VM KLDLITV EAFKPILSTR SLKGLVKNIP QSTEILKKLM TTNEIQSNIY T

UniProtKB: Proteasome assembly chaperone 1

+
分子 #10: Proteasome assembly chaperone 2

分子名称: Proteasome assembly chaperone 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.423041 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MFVPCGESAP DLAGFTLLMP AVSVGNVGQL AMDLIISTLN MSKIGYFYTD CLVPMVGNNP YATTEGNSTE LSINAEVYSL PSRKLVALQ LRSIFIKYKS KPFCEKLLSW VKSSGCARVI VLSSSHSYQR NDLQLRSTPF RYLLTPSMQK SVQNKIKSLN W EEMEKSRC ...文字列:
MFVPCGESAP DLAGFTLLMP AVSVGNVGQL AMDLIISTLN MSKIGYFYTD CLVPMVGNNP YATTEGNSTE LSINAEVYSL PSRKLVALQ LRSIFIKYKS KPFCEKLLSW VKSSGCARVI VLSSSHSYQR NDLQLRSTPF RYLLTPSMQK SVQNKIKSLN W EEMEKSRC IPEIDDSEFC IRIPGGGITK TLYDESCSKE IQMAVLLKFV SEGDNIPDAL GLVEYLNEWL QILKPLSDDP TV SASRWKI PSSWRLLFGS GLPPALF

UniProtKB: Proteasome assembly chaperone 2

+
分子 #11: Proteasome subunit beta type-7

分子名称: Proteasome subunit beta type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.292514 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: AAVSVYAPPV GGFSFDNCRR NAVLEADFAK RGYKLPKVRK TGTTIAGVVY KDGIVLGADT RATEGMVVAD KNCSKIHFIS PNIYCCGAG TAADTDMTTQ LISSNLELHS LSTGRLPRVV TANRMLKQML FRYQGYIGAA LVLGGVDVTG PHLYSIYPHG S TDKLPYVT ...文字列:
AAVSVYAPPV GGFSFDNCRR NAVLEADFAK RGYKLPKVRK TGTTIAGVVY KDGIVLGADT RATEGMVVAD KNCSKIHFIS PNIYCCGAG TAADTDMTTQ LISSNLELHS LSTGRLPRVV TANRMLKQML FRYQGYIGAA LVLGGVDVTG PHLYSIYPHG S TDKLPYVT MGSGSLAAMA VFEDKFRPDM EEEEAKNLVS EAIAAGIFND LGSGSNIDLC VISKNKLDFL RPYTVPNKKG TR LGRYRCE KGTTAVLTEK ITPLE

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-7

+
分子 #12: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.754623 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: IMSYNGGAVM AMKGKNCVAI AADRRFGIQA QMVTTDFQKI FPMGDRLYIG LAGLATDVQT VAQRLKFRLN LYELKEGRQI KPYTLMSMV ANLLYEKRFG PYYTEPVIAG LDPKTFKPFI CSLDLIGCPM VTDDFVVSGT CAEQMYGMCE SLWEPNMDPD H LFETISQA ...文字列:
IMSYNGGAVM AMKGKNCVAI AADRRFGIQA QMVTTDFQKI FPMGDRLYIG LAGLATDVQT VAQRLKFRLN LYELKEGRQI KPYTLMSMV ANLLYEKRFG PYYTEPVIAG LDPKTFKPFI CSLDLIGCPM VTDDFVVSGT CAEQMYGMCE SLWEPNMDPD H LFETISQA MLNAVDRDAV SGMGVIVHII EKDKITTRTL KARMD

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-3

+
分子 #13: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.462838 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DCLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISRERAVEL L RKCLEELQ ...文字列:
MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DCLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISRERAVEL L RKCLEELQ KRFILNLPTF SVRIIDKNGI HDLDNISFP

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-2

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分子 #14: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.978012 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: PGIEMLHGTT TLAFKFRHGV IVAADSRATA GAYIASQTVK KVIEINPYLL GTMAGGAADC SFWERLLARQ CRIYELRNKE RISVAAASK LLANMVYQYK GMGLSMGTMI CGWDKRGPGL YYVDSEGNRI SGATFSVGSG SVYAYGVMDR GYSYDLEVEQ A YDLARRAI ...文字列:
PGIEMLHGTT TLAFKFRHGV IVAADSRATA GAYIASQTVK KVIEINPYLL GTMAGGAADC SFWERLLARQ CRIYELRNKE RISVAAASK LLANMVYQYK GMGLSMGTMI CGWDKRGPGL YYVDSEGNRI SGATFSVGSG SVYAYGVMDR GYSYDLEVEQ A YDLARRAI YQATYRDAYS GGAVNLYHVR EDGWIRVSSD NVADLHEKYS

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-5

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分子 #15: Proteasome subunit beta type-1

分子名称: Proteasome subunit beta type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.421793 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: FSPYVFNGGT ILAIAGEDFA IVASDTRLSE GFSIHTRDSP KCYKLTDKTV IGCSGFHGDC LTLTKIIEAR LKMYKHSNNK AMTTGAIAA MLSTILYSRR FFPYYVYNII GGLDEEGKGA VYSFDPVGSY QRDSFKAGGS ASAMLQPLLD NQVGFKNMQN V EHVPLSLD ...文字列:
FSPYVFNGGT ILAIAGEDFA IVASDTRLSE GFSIHTRDSP KCYKLTDKTV IGCSGFHGDC LTLTKIIEAR LKMYKHSNNK AMTTGAIAA MLSTILYSRR FFPYYVYNII GGLDEEGKGA VYSFDPVGSY QRDSFKAGGS ASAMLQPLLD NQVGFKNMQN V EHVPLSLD RAMRLVKDVF ISAAERDVYT GDALRICIVT KEGIREETVS LRKD

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-1

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分子 #16: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.159316 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVTGTSVLGV KFEGGVVIAA DMLGSYGSLA RFRNISRIMR VNNSTMLGAS GDYADFQYLK QVLGQMVIDE ELLGDGHSYS PRAIHSWLT RAMYSRRSKM NPLWNTMVIG GYADGESFLG YVDMLGVAYE APSLATGYGA YLAQPLLREV LEKQPVLSQT E ARDLVERC ...文字列:
MVTGTSVLGV KFEGGVVIAA DMLGSYGSLA RFRNISRIMR VNNSTMLGAS GDYADFQYLK QVLGQMVIDE ELLGDGHSYS PRAIHSWLT RAMYSRRSKM NPLWNTMVIG GYADGESFLG YVDMLGVAYE APSLATGYGA YLAQPLLREV LEKQPVLSQT E ARDLVERC MRVLYYRDAR SYNRFQTATV TEKGVEIEGP LSTETNWDIA

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-4

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分子 #17: Proteasome subunit beta type-6

分子名称: Proteasome subunit beta type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.158898 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: TTIMAVQFDG GVVLGADSRT TTGSYIANRV TDKLTPIHDR IFCCRSGSAA DTQAVADAVT YQLGFHSIEL NEPPLVHTAA SLFKEMCYR YREDLMAGII IAGWDPQEGG QGYSVPMGGM MVRQSFAIGG SGSSYIYGYV DATYREGMTK EECLQFTANA L ALAMERDG ...文字列:
TTIMAVQFDG GVVLGADSRT TTGSYIANRV TDKLTPIHDR IFCCRSGSAA DTQAVADAVT YQLGFHSIEL NEPPLVHTAA SLFKEMCYR YREDLMAGII IAGWDPQEGG QGYSVPMGGM MVRQSFAIGG SGSSYIYGYV DATYREGMTK EECLQFTANA L ALAMERDG SSGGVIRLAA IAESGVERQV LLGDQIPKF

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59535
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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