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- EMDB-18741: Structure of interleukin 11 (gp130 P496L mutant). -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18741
タイトルStructure of interleukin 11 (gp130 P496L mutant).
マップデータSharpened map.
試料
  • 複合体: IL-11 signalling complex
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-11
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-11 receptor subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinterleukin / gp130 / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


oncostatin-M receptor activity / interleukin-11 receptor binding / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / leukemia inhibitory factor receptor activity / Interleukin-27 signaling / Interleukin-6 signaling / triglyceride mobilization / interleukin-6 receptor activity ...oncostatin-M receptor activity / interleukin-11 receptor binding / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / leukemia inhibitory factor receptor activity / Interleukin-27 signaling / Interleukin-6 signaling / triglyceride mobilization / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / Interleukin-35 Signalling / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / megakaryocyte differentiation / head development / negative regulation of hormone secretion / regulation of Notch signaling pathway / interleukin-6 receptor binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / developmental process / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / cytokine receptor activity / positive regulation of Notch signaling pathway / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / neuronal cell body membrane / positive regulation of smooth muscle cell migration / fat cell differentiation / cytokine binding / positive regulation of osteoblast differentiation / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / receptor complex / membrane raft / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-11, mammalian / Interleukin-11 / Interleukin 11 / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site ...Interleukin-11, mammalian / Interleukin-11 / Interleukin 11 / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / : / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-11 / Interleukin-6 receptor subunit beta / Interleukin-11 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Gardner S / Bubeck D / Jin Y
資金援助 英国, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202323/Z/16 英国
European Research Council (ERC)C-206-STGEuropean Union
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/X035603/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011178/1 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2023年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年9月4日-
現状2024年9月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 448 pix.
= 474.88 Å		1.06 Å/pix.
x 448 pix.
= 474.88 Å		1.06 Å/pix.
x 448 pix.
= 474.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.01
最小 - 最大-5.2603135 - 9.202268999999999
平均 (標準偏差)-0.0005896182 (±0.06763965)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 474.87997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18741_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map.

ファイルemd_18741_additional_1.map
注釈Unsharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Locally filtered map.

ファイルemd_18741_additional_2.map
注釈Locally filtered map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1.

ファイルemd_18741_half_map_1.map
注釈Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2.

ファイルemd_18741_half_map_2.map
注釈Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IL-11 signalling complex

全体名称: IL-11 signalling complex
要素
  • 複合体: IL-11 signalling complex
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-11
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-11 receptor subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: IL-11 signalling complex

超分子名称: IL-11 signalling complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Interleukin-11

分子名称: Interleukin-11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.455186 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNCVCRLVLV VLSLWPDTAV APGPPPGPPR VSPDPRAELD STVLLTRSLL ADTRQLAAQL RDKFPADGDH NLDSLPTLAM SAGALGALQ LPGVLTRLRA DLLSYLRHVQ WLRRAGGSSL KTLEPELGTL QARLDRLLRR LQLLMSRLAL PQPPPDPPAP P LAPPSSAW ...文字列:
MNCVCRLVLV VLSLWPDTAV APGPPPGPPR VSPDPRAELD STVLLTRSLL ADTRQLAAQL RDKFPADGDH NLDSLPTLAM SAGALGALQ LPGVLTRLRA DLLSYLRHVQ WLRRAGGSSL KTLEPELGTL QARLDRLLRR LQLLMSRLAL PQPPPDPPAP P LAPPSSAW GGIRAAHAIL GGLHLTLDWA VRGLLLLKTR L

UniProtKB: Interleukin-11

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分子 #2: Interleukin-6 receptor subunit beta

分子名称: Interleukin-6 receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 102.568906 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSAPRIWLAQ ALLFFLTTES IGQLLEPCGY IYPEFPVVQR GSNFTAICVL KEACLQHYYV NASYIVWKTN HAAVPREQVT VINRTTSSV TFTDVVLPSV QLTCNILSFG QIEQNVYGVT MLSGFPPDKP TNLTCIVNEG KNMLCQWDPG RETYLETNYT L KSEWATEK ...文字列:
MSAPRIWLAQ ALLFFLTTES IGQLLEPCGY IYPEFPVVQR GSNFTAICVL KEACLQHYYV NASYIVWKTN HAAVPREQVT VINRTTSSV TFTDVVLPSV QLTCNILSFG QIEQNVYGVT MLSGFPPDKP TNLTCIVNEG KNMLCQWDPG RETYLETNYT L KSEWATEK FPDCQSKHGT SCMVSYMPTY YVNIEVWVEA ENALGKVSSE SINFDPVDKV KPTPPYNLSV TNSEELSSIL KL SWVSSGL GGLLDLKSDI QYRTKDASTW IQVPLEDTMS PRTSFTVQDL KPFTEYVFRI RSIKDSGKGY WSDWSEEASG TTY EDRPSR PPSFWYKTNP SHGQEYRSVR LIWKALPLSE ANGKILDYEV ILTQSKSVSQ TYTVTGTELT VNLTNDRYVA SLAA RNKVG KSAAAVLTIP SPHVTAAYSV VNLKAFPKDN LLWVEWTPPP KPVSKYILEW CVLSENAPCV EDWQQEDATV NRTHL RGRL LESKCYQITV TLVFATGPGG SESLKAYLKQ AAPARGPTVR TKKVGKNEAV LAWDQIPVDD QNGFIRNYSI SYRTSV GKE MVVHVDSSHT EYTLSSLSSD TLYMVRMAAY TDEGGKDGPE FTFTTPKFAQ GEIEAIVVPV CLAFLLTTLL GVLFCFN KR DLIKKHIWPN VPDPSKSHIA QWSPHTPPRH NFNSKDQMYS DGNFTDVSVV EIEANNKKPC PDDLKSVDLF KKEKVSTE G HSSGIGGSSC MSSSRPSISS NEENESAQST ASTVQYSTVV HSGYRHQVPS VQVFSRSEST QPLLDSEERP EDLQLVDSV DGGDEILPRQ PYFKQNCSQP EACPEISHFE RSNQVLSGNE EDFVRLKQQQ VSDHISQPYG SEQRRLFQEG STADALGTGA DGQMERFES VGMETTIDEE IPKSYLPQTV RQGGYMPQ

UniProtKB: Interleukin-6 receptor subunit beta

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分子 #3: Interleukin-11 receptor subunit alpha

分子名称: Interleukin-11 receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.266156 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSSSCSGLSR VLVAVATALV SASSPCPQAW GPPGVQYGQP GRSVKLCCPG VTAGDPVSWF RDGEPKLLQG PDSGLGHELV LAQADSTDE GTYICQTLDG ALGGTVTLQL GYPPARPVVS CQAADYENFS CTWSPSQISG LPTRYLTSYR KKTVLGADSQ R RSPSTGPW ...文字列:
MSSSCSGLSR VLVAVATALV SASSPCPQAW GPPGVQYGQP GRSVKLCCPG VTAGDPVSWF RDGEPKLLQG PDSGLGHELV LAQADSTDE GTYICQTLDG ALGGTVTLQL GYPPARPVVS CQAADYENFS CTWSPSQISG LPTRYLTSYR KKTVLGADSQ R RSPSTGPW PCPQDPLGAA RCVVHGAEFW SQYRINVTEV NPLGASTRLL DVSLQSILRP DPPQGLRVES VPGYPRRLRA SW TYPASWP CQPHFLLKFR LQYRPAQHPA WSTVEPAGLE EVITDAVAGL PHAVRVSARD FLDAGTWSTW SPEAWGTPST GTI PKEIPA WGQLHTQPEV EPQVDSPAPP RPSLQPHPRL LDHRDSVEQV AVLASLGILS FLGLVAGALA LGLWLRLRRG GKDG SPKPG FLASVIPVDR RPGAPNL

UniProtKB: Interleukin-11 receptor subunit alpha

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 487147
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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