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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | human connexin-36 gap junction channel in complex with mefloquine | |||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Electric Transmission Across Gap Junctions / connexin complex / Gap junction assembly / gap junction channel activity / neuronal action potential / visual perception / cell-cell signaling / chemical synaptic transmission / synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.13 Å | |||||||||
![]() | Ding XY / Blum TB / Korkhov VM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of connexin-36 gap junction channel inhibition. 著者: Xinyue Ding / Simone Aureli / Anand Vaithia / Pia Lavriha / Dina Schuster / Basavraj Khanppnavar / Xiaodan Li / Thorsten B Blum / Paola Picotti / Francesco L Gervasio / Volodymyr M Korkhov / ![]() ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 227.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 71.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 191.5 MB 191.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.66 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18540_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18540_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : human connexin-36 gap junction channel in complex with mefloquine
全体 | 名称: human connexin-36 gap junction channel in complex with mefloquine |
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要素 |
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-超分子 #1: human connexin-36 gap junction channel in complex with mefloquine
超分子 | 名称: human connexin-36 gap junction channel in complex with mefloquine タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Gap junction delta-2 protein
分子 | 名称: Gap junction delta-2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.078766 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGEWTILERL LEAAVQQHST MIGRILLTVV VIFRILIVAI VGETVYDDEQ TMFVCNTLQP GCNQACYDRA FPISHIRYWV FQIIMVCTP SLCFITYSVH QSAKQRERRY STVFLALDRD PPESIGGPGG TGGGGSGGGK REDKKLQNAI VNGVLQNTEN T SKETEPDC ...文字列: MGEWTILERL LEAAVQQHST MIGRILLTVV VIFRILIVAI VGETVYDDEQ TMFVCNTLQP GCNQACYDRA FPISHIRYWV FQIIMVCTP SLCFITYSVH QSAKQRERRY STVFLALDRD PPESIGGPGG TGGGGSGGGK REDKKLQNAI VNGVLQNTEN T SKETEPDC LEVKELTPHP SGLRTASKSK LRRQEGISRF YIIQVVFRNA LEIGFLVGQY FLYGFSVPGL YECNRYPCIK EV ECYVSRP TEKTVFLVFM FAVSGICVVL NLAELNHLGW RKIKLAVRGA QAKRKSIYEI RNKDLPRVSV PNFGRTQSSD SAY VAAALE VLFQ UniProtKB: Gap junction delta-2 protein |
-分子 #2: Mefloquine
分子 | 名称: Mefloquine / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: YMZ |
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分子量 | 理論値: 378.312 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-YMZ: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 162 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: The SWISS-MODEL homology model based on connexin-50 GJC (PDB ID 7JJP) of Cx36 was used as a guide for the apo-Cx36 structure. The apo-Cx36 was then used as a template for building the Cx36-mfq. |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 102585 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |