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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17960 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of GABAAR determined by cryoEM at 100 keV | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Pentameric ligand-gated ion channel / Neurotrasmitter receptor / GABA(A) receptor / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / neurotransmitter receptor activity ...cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / neurotransmitter receptor activity / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / chloride transmembrane transport / cytoplasmic vesicle membrane / neuron projection / synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | McMullan G / Naydenova K / Mihaylov D / Peet MJ / Wilson H / Yamashita K / Dickerson JL / Chen S / Cannone G / Lee Y ...McMullan G / Naydenova K / Mihaylov D / Peet MJ / Wilson H / Yamashita K / Dickerson JL / Chen S / Cannone G / Lee Y / Hutchings KA / Gittins O / Sobhy M / Wells T / El-Gomati MM / Dalby J / Meffert M / Schulze-Briese C / Henderson R / Russo CJ | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 6件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structure determination by cryoEM at 100 keV. 著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A ...著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A Hutchings / Olivia Gittins / Mohamed A Sobhy / Torquil Wells / Mohamed M El-Gomati / Jason Dalby / Matthias Meffert / Clemens Schulze-Briese / Richard Henderson / Christopher J Russo / 要旨: Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose- ...Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose-built instrument operating at 100 keV-including advances in electron optics, detection, and processing-that makes structure determination fast and simple at a fraction of current costs. The instrument attains its theoretical performance limits, allowing atomic resolution imaging of gold test specimens and biological molecular structure determination in hours. We demonstrate its capabilities by determining the structures of eleven different specimens, ranging in size from 140 kDa to 2 MDa, using a fraction of the data normally required. CryoEM with a microscope designed specifically for high-efficiency, on-the-spot imaging of biological molecules will expand structural biology to a wide range of previously intractable problems. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17960.map.gz | 10 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17960-v30.xml emd-17960.xml | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17960_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17960.png | 106.7 KB | ||
マスクデータ | emd_17960_msk_1.map | 120.4 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17960.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_17960_half_map_1.map.gz emd_17960_half_map_2.map.gz | 94.7 MB 94.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17960 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17960 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17960_validation.pdf.gz | 868.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17960_full_validation.pdf.gz | 867.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17960_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17960_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17960 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17960 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pvbMC 8pv9C 8pvaC 8pvcC 8pvdC 8pveC 8pvfC 8pvgC 8pvhC 8pviC 8pvjC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17960.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 120.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17960_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17960_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17960_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human GABA(A)R-beta3 homopentamer in complex with Megabody-25 in ...
全体 | 名称: Human GABA(A)R-beta3 homopentamer in complex with Megabody-25 in lipid nanodisc |
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要素 |
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-超分子 #1: Human GABA(A)R-beta3 homopentamer in complex with Megabody-25 in ...
超分子 | 名称: Human GABA(A)R-beta3 homopentamer in complex with Megabody-25 in lipid nanodisc タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
分子 | 名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 45.744285 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EMDEKTTGWR GGHVVEGLAG ELEQLRARLE HHPQGQREPD YDIPTTENLY FQGTGQSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGP PVCVGMNIDI ASIDMVSEVN MDYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS F VHGVTVKN ...文字列: EMDEKTTGWR GGHVVEGLAG ELEQLRARLE HHPQGQREPD YDIPTTENLY FQGTGQSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGP PVCVGMNIDI ASIDMVSEVN MDYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS F VHGVTVKN RMIRLHPDGT VLYGLRITTT AACMMDLRRY PLDEQNCTLE IESYGYTTDD IEFYWRGGDK AVTGVERIEL PQ FSIVEHR LVSRNVVFAT GAYPRLSLSF RLKRNIGYFI LQTYMPSILI TILSWVSFWI NYDASAARVA LGITTVLTMT TIN THLRET LPKIPYVTAI DMYLMGCFVF VFLALLEYAF VNYIFFSQPA RAAAIDRWSR IVFPFTFSLF NLVYWLYYVN UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 |
-分子 #2: Megabody Mb25
分子 | 名称: Megabody Mb25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 56.300629 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK ...文字列: QVQLVESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK CDASAISSAN MTMQNQKNNW GNGCAGVEET QSLLKTSAAD FNNQTPQINQ AQNLANTLIQ ELGNNTYEQL SR LLTNDNG TNSKTSAQAI NQAVNNLNER AKTLAGGTTN SPAYQATLLA LRSVLGLWNS MGYAVICGGY TKSPGENNQK DFH YTDENG NGTTINCGGS TNSNGTHSYN GTNTLKADKN VSLSIEQYEK IHEAYQILSK ALKQAGLAPL NSKGEKLEAH VTTS KYGSL RLSCAASGHT FNYPIMGWFR QAPGKEREFV GAISWSGGST SYADSVKDRF TISRDNAKNT VYLEMNNLKP EDTAV YYCA AKGRYSGGLY YPTNYDYWGQ GTQVTVSSHH HHHHEPEA |
-分子 #5: HEXADECANE
分子 | 名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: R16 |
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分子量 | 理論値: 226.441 Da |
Chemical component information | ChemComp-R16: |
-分子 #6: DECANE
分子 | 名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: D10 |
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分子量 | 理論値: 142.282 Da |
Chemical component information | ChemComp-D10: |
-分子 #7: HISTAMINE
分子 | 名称: HISTAMINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: HSM |
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分子量 | 理論値: 111.145 Da |
Chemical component information | ChemComp-HSM: |
-分子 #8: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-分子 #9: Etomidate
分子 | 名称: Etomidate / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: V8D |
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分子量 | 理論値: 244.289 Da |
Chemical component information | ChemComp-V8D: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1400/HR + YPS FEG |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DECTRIS SINGLA (1k x 1k) デジタル化 - サイズ - 横: 1030 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1066 pixel / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |