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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17788 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Dickeya dadantii BcsD | |||||||||
マップデータ | Sharpened cryo-EM map for Dickeya dadantii BcsD | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cellulose secretion / bacterial biofilms / cytoskeleton / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Cellulose synthase operon protein D, bacterial / Cellulose synthase subunit D superfamily / Cellulose synthase subunit D / cellulose biosynthetic process / Cellulose synthase operon protein D 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Dickeya dadantii 3937 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Notopoulou A / Krasteva PV | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Curr Biol / 年: 2024 タイトル: Structures and roles of BcsD and partner scaffold proteins in proteobacterial cellulose secretion. 著者: Thibault G Sana / Areti Notopoulou / Lucie Puygrenier / Marion Decossas / Sandra Moreau / Aurélien Carlier / Petya V Krasteva / 要旨: Cellulose is the world's most abundant biopolymer, and similar to its role as a cell wall component in plants, it is a prevalent constituent of the extracellular matrix in bacterial biofilms. ...Cellulose is the world's most abundant biopolymer, and similar to its role as a cell wall component in plants, it is a prevalent constituent of the extracellular matrix in bacterial biofilms. Although bacterial cellulose (BC) was first described in the 19 century, it was only recently revealed that it is produced by several distinct types of Bcs secretion systems that feature multiple accessory subunits in addition to a catalytic BcsAB synthase tandem. We recently showed that crystalline cellulose secretion in the Gluconacetobacter genus (α-Proteobacteria) is driven by a supramolecular BcsH-BcsD scaffold-the "cortical belt"-which stabilizes the synthase nanoarrays through an unexpected inside-out mechanism for secretion system assembly. Interestingly, while bcsH is specific for Gluconacetobacter, bcsD homologs are widespread in Proteobacteria. Here, we examine BcsD homologs and their gene neighborhoods from several plant-colonizing β- and γ-Proteobacteria proposed to secrete a variety of non-crystalline and/or chemically modified cellulosic polymers. We provide structural and mechanistic evidence that through different quaternary structure assemblies BcsD acts with proline-rich BcsH, BcsP, or BcsO partners across the proteobacterial clade to form synthase-interacting intracellular scaffolds that, in turn, determine the biofilm strength and architecture in species with strikingly different physiology and secreted biopolymers. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17788.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17788-v30.xml emd-17788.xml | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17788.png | 106.3 KB | ||
マスクデータ | emd_17788_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17788.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_17788_additional_1.map.gz emd_17788_additional_2.map.gz emd_17788_half_map_1.map.gz emd_17788_half_map_2.map.gz | 30.9 MB 56.6 MB 59.1 MB 59.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17788 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17788 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17788_validation.pdf.gz | 793.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17788_full_validation.pdf.gz | 792.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17788_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17788_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17788 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17788 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened cryo-EM map for Dickeya dadantii BcsD | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.93 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17788_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened experimental cryo-EM map for Dickeya dadantii BcsD
ファイル | emd_17788_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened experimental cryo-EM map for Dickeya dadantii BcsD | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Deep EMhancer sharpened cryo-EM map for Dickeya dadantii BcsD
ファイル | emd_17788_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Deep EMhancer sharpened cryo-EM map for Dickeya dadantii BcsD | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM half map for Dickeya dadantii BcsD
ファイル | emd_17788_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM half map for Dickeya dadantii BcsD | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM half map for Dickeya dadantii BcsD
ファイル | emd_17788_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM half map for Dickeya dadantii BcsD | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tetrameric BcsD of Dickeya dadantii
全体 | 名称: Tetrameric BcsD of Dickeya dadantii |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetrameric BcsD of Dickeya dadantii
超分子 | 名称: Tetrameric BcsD of Dickeya dadantii / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Dickeya dadantii 3937 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 70 KDa |
-分子 #1: Cellulose synthase operon protein D
分子 | 名称: Cellulose synthase operon protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dickeya dadantii 3937 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 17.930289 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSMSDLQQH ALNYYRQQQL PSGWADLFGV IVNGMMDNAG EREGLAFLRH IGGQLAERYP LPAAVTVVDL EREINRVLSL FHWGCVDLR PYENRLEIYH LALPASVNSS GSVRWRMAMA AVLQGLYSRW LREQGGVESV PLSCEETDSE STLLFRYQH UniProtKB: Cellulose synthase operon protein D |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES pH 8.0, 120 mM NaCl |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-50 / 平均電子線量: 52.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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詳細 | Reiterative refinement in Phenix, Coot and Namdinator |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-8poc: |