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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Local refinement of dimeric HMPV N-RNA bound to the C-terminal region of P | |||||||||
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![]() | Nucleoprotein / Virus / Nucleocapsid / RNA-binding / HMPV / Pneumoviridae / Mononegavirales / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() helical viral capsid / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Whitehead JD / Decool H / Leyrat C / Carrique L / Fix J / Eleouet JF / Galloux M / Renner M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the N-RNA/P interface indicates mode of L/P recruitment to the nucleocapsid of human metapneumovirus. 著者: Jack D Whitehead / Hortense Decool / Cédric Leyrat / Loic Carrique / Jenna Fix / Jean-François Eléouët / Marie Galloux / Max Renner / ![]() ![]() ![]() 要旨: Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory illness in young children. The HMPV polymerase (L) binds an obligate cofactor, the phosphoprotein (P). During replication and ...Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory illness in young children. The HMPV polymerase (L) binds an obligate cofactor, the phosphoprotein (P). During replication and transcription, the L/P complex traverses the viral RNA genome, which is encapsidated within nucleoproteins (N). An essential interaction between N and a C-terminal region of P tethers the L/P polymerase to the template. This N-P interaction is also involved in the formation of cytoplasmic viral factories in infected cells, called inclusion bodies. To define how the polymerase component P recognizes N-encapsidated RNA (N-RNA) we employed cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and molecular dynamics simulations, coupled to activity assays and imaging of inclusion bodies in cells. We report a 2.9 Å resolution structure of a triple-complex between multimeric N, bound to both RNA and the C-terminal region of P. Furthermore, we also present cryo-EM structures of assembled N in different oligomeric states, highlighting the plasticity of N. Combined with our functional assays, these structural data delineate in molecular detail how P attaches to N-RNA whilst retaining substantial conformational dynamics. Moreover, the N-RNA-P triple complex structure provides a molecular blueprint for the design of therapeutics to potentially disrupt the attachment of L/P to its template. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 77.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 226.8 MB 226.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 718 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 717.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pdsMC ![]() 8pdlC ![]() 8pdmC ![]() 8pdnC ![]() 8pdoC ![]() 8pdpC ![]() 8pdqC ![]() 8pdrC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17620_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17620_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Local refinement of dimeric HMPV N-RNA bound to the C-terminal re...
全体 | 名称: Local refinement of dimeric HMPV N-RNA bound to the C-terminal region of P |
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要素 |
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-超分子 #1: Local refinement of dimeric HMPV N-RNA bound to the C-terminal re...
超分子 | 名称: Local refinement of dimeric HMPV N-RNA bound to the C-terminal region of P タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: Nucleoprotein
超分子 | 名称: Nucleoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: CAN97-83 |
-超分子 #3: RNA
超分子 | 名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #4: Human metapneumovirus P C-terminal region
超分子 | 名称: Human metapneumovirus P C-terminal region / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: CAN97-83 |
-分子 #1: Nucleoprotein
分子 | 名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: CAN97-83 |
分子量 | 理論値: 43.57652 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSLQGIHLSD LSYKHAILKE SQYTIKRDVG TTTAVTPSSL QQEITLLCGE ILYAKHADYK YAAEIGIQYI STALGSERVQ QILRNSGSE VQVVLTRTYS LGKIKNNKGE DLQMLDIHGV EKSWVEEIDK EARKTMATLL KESSGNIPQN QRPSAPDTPI I LLCVGALI ...文字列: MSLQGIHLSD LSYKHAILKE SQYTIKRDVG TTTAVTPSSL QQEITLLCGE ILYAKHADYK YAAEIGIQYI STALGSERVQ QILRNSGSE VQVVLTRTYS LGKIKNNKGE DLQMLDIHGV EKSWVEEIDK EARKTMATLL KESSGNIPQN QRPSAPDTPI I LLCVGALI FTKLASTIEV GLETTVRRAN RVLSDALKRY PRMDIPKIAR SFYDLFEQKV YHRSLFIEYG KALGSSSTGS KA ESLFVNI FMQAYGAGQT MLRWGVIARS SNNIMLGHVS VQAELKQVTE VYDLVREMGP ESGLLHLRQS PKAGLLSLAN CPN FASVVL GNASGLGIIG MYRGRVPNTE LFSAAESYAK SLKESNKINF SSLGLTDEEK EAAEHFLNVS DDSQNDYE UniProtKB: Nucleoprotein |
-分子 #3: Phosphoprotein
分子 | 名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 895.075 Da |
配列 | 文字列: DIYQLIM UniProtKB: Phosphoprotein |
-分子 #2: RNA
分子 | 名称: RNA / タイプ: rna / ID: 2 詳細: E.coli RNA, co-purified with N. Due to mixed sequence, modelled as poly-C コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 4.227587 KDa |
配列 | 文字列: CCCCCCCCCC CCCC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 12.5 mM Tris-HCl, pH 8.0, 125 mM NaCl |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 44.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |