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- EMDB-17575: BtuB3G3 bound to cyanocobalamin with ordered EL8 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17575
タイトルBtuB3G3 bound to cyanocobalamin with ordered EL8
マップデータMain sharpened map
試料
  • 複合体: Complex of TonB-dependent transporter BtuB3 with surface lipoprotein BtuG3 bound to cyanocobalamin (state 1)
    • タンパク質・ペプチド: Vitamin B12 transporter BtuB
    • タンパク質・ペプチド: Putative surface layer protein
  • リガンド: CYANOCOBALAMINシアノコバラミン
キーワードCyanocobalamin (シアノコバラミン) / transporter (運搬体タンパク質) / lipoprotein (リポタンパク質) / complex / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Vitamin B12 transporter BtuB / Surface layer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Silale A / Abellon-Ruiz J / van den Berg B
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: BtuB TonB-dependent transporters and BtuG surface lipoproteins form stable complexes for vitamin B uptake in gut Bacteroides.
著者: Javier Abellon-Ruiz / Kalyanashis Jana / Augustinas Silale / Andrew M Frey / Arnaud Baslé / Matthias Trost / Ulrich Kleinekathöfer / Bert van den Berg /
要旨: Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition ...Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition for this keystone micronutrient is severe. Contrasting with Enterobacteria, members of the dominant genus Bacteroides often encode several BtuB vitamin B outer membrane transporters together with a conserved array of surface-exposed B-binding lipoproteins. Here we show that the BtuB transporters from Bacteroides thetaiotaomicron form stable, pedal bin-like complexes with surface-exposed BtuG lipoprotein lids, which bind B with high affinities. Closing of the BtuG lid following B capture causes destabilisation of the bound B by a conserved BtuB extracellular loop, causing translocation of the vitamin to BtuB and subsequent transport. We propose that TonB-dependent, lipoprotein-assisted small molecule uptake is a general feature of Bacteroides spp. that is important for the success of this genus in colonising the human gut.
履歴
登録2023年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17575.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.113
最小 - 最大-0.43137366 - 0.6863303
平均 (標準偏差)0.00009287989 (±0.014491084)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 378.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17575_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_17575_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_17575_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of TonB-dependent transporter BtuB3 with surface lipoprot...

全体名称: Complex of TonB-dependent transporter BtuB3 with surface lipoprotein BtuG3 bound to cyanocobalamin (state 1)
要素
  • 複合体: Complex of TonB-dependent transporter BtuB3 with surface lipoprotein BtuG3 bound to cyanocobalamin (state 1)
    • タンパク質・ペプチド: Vitamin B12 transporter BtuB
    • タンパク質・ペプチド: Putative surface layer protein
  • リガンド: CYANOCOBALAMINシアノコバラミン

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超分子 #1: Complex of TonB-dependent transporter BtuB3 with surface lipoprot...

超分子名称: Complex of TonB-dependent transporter BtuB3 with surface lipoprotein BtuG3 bound to cyanocobalamin (state 1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
分子量理論値: 122 KDa

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分子 #1: Vitamin B12 transporter BtuB

分子名称: Vitamin B12 transporter BtuB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
分子量理論値: 81.169516 KDa
組換発現生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
配列文字列: MRRNILLVQF VGVLLLLPSI MSGQQHSSDN KNWAEKGIVI REVEILGKRP MKDIGVQQTR FDSLVLKENI ALSMADILTF NSSIFVKSY GRATLSTVSF RGTSASHTQV TWNGMRINNP MLGMTDFSMI PSYFIDDASL LHGTSSVNMA GGGLGGLVKL S TVPAHQEG ...文字列:
MRRNILLVQF VGVLLLLPSI MSGQQHSSDN KNWAEKGIVI REVEILGKRP MKDIGVQQTR FDSLVLKENI ALSMADILTF NSSIFVKSY GRATLSTVSF RGTSASHTQV TWNGMRINNP MLGMTDFSMI PSYFIDDASL LHGTSSVNMA GGGLGGLVKL S TVPAHQEG FGMQYVQGIG SFSTFDEFLQ LKYGDKHWQI STRAVYQSSP NDYKYRNHDK KENIYDDKYN IIEQYYPIER NR SGAYKDL HILQEVYYNT GKGDRFGLNA WYTDSNRELA LLTTDQGDLM DFENRQREHT LRSVLSWDHT RENWKVSARG GYV HTWLAY DYKRDLGNGI MATMTRSRSK VNTFYGQLDG EYFFSDKLLL TAGVSAHQHL VNSLDKDLNK DDNKNDKYGQ GRKN DSIVY FDKGRIELSG NVSLKWQPVN RLGMSLVLRG EMFGTKWAPV IPAFFVDYVL SKRGNIMAKA SITRNYRFPT LNDLY FLPG GNPALNNESG FTYETGLSFS VDKDNVYTLS GSASWFDQHI NDWIIWLPTS KGFYSPVNLK KVHAYGVEVQ ADYAVA IDK AWKLGLNGTF AWTPSINEGE PTSKADQSVG KQLPYIPEYS ATLSGRLTYR SWGLLYKWCY YSERYTMTSN AVSYTGH LP PYLMSNVTLE KGFSLRWADL SLKGTVNNLF DEEYLSVLSR PMPGINFEFF IGITPKWGKK KKGGGHHHHH H

UniProtKB: Vitamin B12 transporter BtuB

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分子 #2: Putative surface layer protein

分子名称: Putative surface layer protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
分子量理論値: 41.165793 KDa
配列文字列: MKRILLSVLF IVFCLTAFVG CMKWDYGKME PFRATGDGLF IMNEGNFQYG NATLSYYDPE TKKVENEIFY RANAMKLGDV AQSMIVRDT IGWVVVNNSH VIFAISTNTF KEVGRITGLT SPRYIHFISD EKAYITQIWD YRIFIVNPKT YQITGYIECP D MTMETGST ...文字列:
MKRILLSVLF IVFCLTAFVG CMKWDYGKME PFRATGDGLF IMNEGNFQYG NATLSYYDPE TKKVENEIFY RANAMKLGDV AQSMIVRDT IGWVVVNNSH VIFAISTNTF KEVGRITGLT SPRYIHFISD EKAYITQIWD YRIFIVNPKT YQITGYIECP D MTMETGST EQMVQYGKYV YVNCWSYQNR ILKIDTTTDK VVDQLTVGIQ PTSLVMDKNF KMWTITDGGY KGSPYGYEEP SL YRIDAET FKIEKQFKFQ LGDAPSEVQL NGAGDELYWI NKDIWRMSVD EERVPVRPFL KYRDTKYYGL TVSPKNGDVY VAD AIDYQQ QGMIYRYTED GELVDEFYVG IIPGAFCWK

UniProtKB: Surface layer protein

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分子 #3: CYANOCOBALAMIN

分子名称: CYANOCOBALAMIN / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CNC
分子量理論値: 1.356373 KDa
Chemical component information

ChemComp-CNC:
CYANOCOBALAMIN / シアノコバラミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES
100.0 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The protein complex was purified in lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG). Prior to making grids, the sample was subjected to size exclusion chromatography without LMNG in the mobile phase to separate protein-LMNG complexes from free LMNG.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9826 / 平均電子線量: 35.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3311038
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / 使用した粒子像数: 66318
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8okv

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: A, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8p98:
BtuB3G3 bound to cyanocobalamin with ordered EL8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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