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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17317 | |||||||||
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タイトル | In situ subtomogram average of Prototype Foamy Virus Env pentamer of trimers | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane fusion / envelope glycoprotein / foamy virus / MPER / transmembrane / MEMBRANE PROTEIN / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Calcraft T / Nans A / Rosenthal PB | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: Integrated cryoEM structure of a spumaretrovirus reveals cross-kingdom evolutionary relationships and the molecular basis for assembly and virus entry. 著者: Thomas Calcraft / Nicole Stanke-Scheffler / Andrea Nans / Dirk Lindemann / Ian A Taylor / Peter B Rosenthal / 要旨: Foamy viruses (FVs) are an ancient lineage of retroviruses, with an evolutionary history spanning over 450 million years. Vector systems based on Prototype Foamy Virus (PFV) are promising candidates ...Foamy viruses (FVs) are an ancient lineage of retroviruses, with an evolutionary history spanning over 450 million years. Vector systems based on Prototype Foamy Virus (PFV) are promising candidates for gene and oncolytic therapies. Structural studies of PFV contribute to the understanding of the mechanisms of FV replication, cell entry and infection, and retroviral evolution. Here we combine cryoEM and cryoET to determine high-resolution in situ structures of the PFV icosahedral capsid (CA) and envelope glycoprotein (Env), including its type III transmembrane anchor and membrane-proximal external region (MPER), and show how they are organized in an integrated structure of assembled PFV particles. The atomic models reveal an ancient retroviral capsid architecture and an unexpected relationship between Env and other class 1 fusion proteins of the Mononegavirales. Our results represent the de novo structure determination of an assembled retrovirus particle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17317.map.gz | 14.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17317-v30.xml emd-17317.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17317_fsc.xml | 5.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17317.png | 60.8 KB | ||
マスクデータ | emd_17317_msk_1.map | 15.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17317.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_17317_half_map_1.map.gz emd_17317_half_map_2.map.gz | 7.7 MB 7.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17317 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17317 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17317_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17317_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17317_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17317_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17317 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17317 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17317.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.76 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17317_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17317_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17317_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Eastern chimpanzee simian foamy virus
全体 | 名称: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Eastern chimpanzee simian foamy virus
超分子 | 名称: Eastern chimpanzee simian foamy virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 2170195 / 生物種: Eastern chimpanzee simian foamy virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Envelope glycoprotein
分子 | 名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 113.804594 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAPPMTLQQW IIWNKMNKAH EALQNTTTVT EQQKEQIILD IQNEEVQPTR RDKFRYLLYT CCATSSRVLA WIFLVCILLI IVLVSCFVT ISRIQWNKDI QVLGPVIDWN VTQRAVYQPL QTRRIARSLR MQHPVPKYVE VNMTSIPQGV YYEPHPEPIV V KERVLGLS ...文字列: MAPPMTLQQW IIWNKMNKAH EALQNTTTVT EQQKEQIILD IQNEEVQPTR RDKFRYLLYT CCATSSRVLA WIFLVCILLI IVLVSCFVT ISRIQWNKDI QVLGPVIDWN VTQRAVYQPL QTRRIARSLR MQHPVPKYVE VNMTSIPQGV YYEPHPEPIV V KERVLGLS QILMINSENI ANNANLTQEV KKLLTEMVNE EMQSLSDVMI DFEIPLGDPR DQEQYIHRKC YQEFANCYLV KY KEPKPWP KEGLIADQCP LPGYHAGLTY NRQSIWDYYI KVESIRPANW TTKSKYGQAR LGSFYIPSSL RQINVSHVLF CSD QLYSKW YNIENTIEQN ERFLLNKLNN LTSGTSVLKK RALPKDWSSQ GKNALFREIN VLDICSKPES VILLNTSYYS FSLW EGDCN FTKDMISQLV PECDGFYNNS KWMHMHPYAC RFWRSKNEKE ETKCRDGETK RCLYYPLWDS PESTYDFGYL AYQKN FPSP ICIEQQKIRD QDYEVYSLYQ ECKIASKAYG IDTVLFSLKN FLNYTGTPVN EMPNARAFVG LIDPKFPPSY PNVTRE HYT SCNNRKRRSV DNNYAKLRSM GYALTGAVQT LSQISDINDE NLQQGIYLLR DHVITLMEAT LHDISVMEGM FAVQHLH TH LNHLKTMLLE RRIDWTYMSS TWLQQQLQKS DDEMKVIKRI ARSLVYYVKQ THSSPTATAW EIGLYYELVI PKHIYLNN W NVVNIGHLVK SAGQLTHVTI AHPYEIINKE CVETIYLHLE DCTRQDYVIC DVVKIVQPCG NSSDTSDCPV WAEAVKEPF VQVNPLKNGS YLVLASSTDC QIPPYVPSIV TVNETTSCFG LDFKRPLVAE ERLSFEPRLP NLQLRLPHLV GIIAKIKGIK IEVTSSGES IKEQIERAKA ELLRLDIHEG DTPAWIQQLA AATKDVWPAA ASALQGIGNF LSGTAQGIFG TAFSLLGYLK P ILIGVGVI LLVILIFKIV SWIPTKKKNQ |
-分子 #8: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #10: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子 | 名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: PTY |
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分子量 | 理論値: 734.039 Da |
Chemical component information | ChemComp-PTY: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 2.62 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8ozp: |