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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17295 | |||||||||
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タイトル | Stabilised BA.1 SARS-CoV-2 spike with H6 nanobodies in '3 up' RBD conformation | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nanobody / Complex / SARS-CoV-2 / spike / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Tequatrovirus T4 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Weckener M / Naismith JH / Owens RJ | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Open Biol / 年: 2024 タイトル: Structural and functional characterization of nanobodies that neutralize Omicron variants of SARS-CoV-2. 著者: Katy Cornish / Jiandong Huo / Luke Jones / Parul Sharma / Joseph W Thrush / Sahar Abdelkarim / Anja Kipar / Siva Ramadurai / Miriam Weckener / Halina Mikolajek / Sai Liu / Imogen Buckle / ...著者: Katy Cornish / Jiandong Huo / Luke Jones / Parul Sharma / Joseph W Thrush / Sahar Abdelkarim / Anja Kipar / Siva Ramadurai / Miriam Weckener / Halina Mikolajek / Sai Liu / Imogen Buckle / Eleanor Bentley / Adam Kirby / Ximeng Han / Stephen M Laidlaw / Michelle Hill / Lauren Eyssen / Chelsea Norman / Audrey Le Bas / John Clarke / William James / James P Stewart / Miles Carroll / James H Naismith / Raymond J Owens / 要旨: The Omicron strains of SARS-CoV-2 pose a significant challenge to the development of effective antibody-based treatments as immune evasion has compromised most available immune therapeutics. ...The Omicron strains of SARS-CoV-2 pose a significant challenge to the development of effective antibody-based treatments as immune evasion has compromised most available immune therapeutics. Therefore, in the 'arms race' with the virus, there is a continuing need to identify new biologics for the prevention or treatment of SARS-CoV-2 infections. Here, we report the isolation of nanobodies that bind to the Omicron BA.1 spike protein by screening nanobody phage display libraries previously generated from llamas immunized with either the Wuhan or Beta spike proteins. The structure and binding properties of three of these nanobodies (A8, H6 and B5-5) have been characterized in detail providing insight into their binding epitopes on the Omicron spike protein. Trimeric versions of H6 and B5-5 neutralized the SARS-CoV-2 variant of concern BA.5 both and in the hamster model of COVID-19 following nasal administration. Thus, either alone or in combination could serve as starting points for the development of new anti-viral immunotherapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17295.map.gz | 9.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17295-v30.xml emd-17295.xml | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17295_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17295.png | 211.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17295.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_17295_additional_1.map.gz emd_17295_half_map_1.map.gz emd_17295_half_map_2.map.gz | 80.8 MB 81 MB 80.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17295 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17295 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17295_validation.pdf.gz | 801.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17295_full_validation.pdf.gz | 801.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17295_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17295_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17295 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17295 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17295.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: refined unsharpened map
ファイル | emd_17295_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | refined unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half1 map
ファイル | emd_17295_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half2 map
ファイル | emd_17295_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of stabilised HexaPro Omicron BA.1 spike trimer with thre...
全体 | 名称: Complex of stabilised HexaPro Omicron BA.1 spike trimer with three H6 nanobodies |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of stabilised HexaPro Omicron BA.1 spike trimer with thre...
超分子 | 名称: Complex of stabilised HexaPro Omicron BA.1 spike trimer with three H6 nanobodies タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: H6 nanobody
超分子 | 名称: H6 nanobody / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
-超分子 #3: Stabilised HexaPro Omicron BA.1 spike trimer
超分子 | 名称: Stabilised HexaPro Omicron BA.1 spike trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin
分子 | 名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tequatrovirus T4 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 140.083672 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASIEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLDVYHKNNK SWMESEFRVY S SANNCTFE ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASIEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLDVYHKNNK SWMESEFRVY S SANNCTFE YVSQPFLMDL EGKQGNFKNL REFVFKNIDG YFKIYSKHTP INIVREPEDL PQGFSALEPL VDLPIGINIT RF QTLLALH RSYLTPGDSS SGWTAGAAAY YVGYLQPRTF LLKYNENGTI TDAVDCALDP LSETKCTLKS FTVEKGIYQT SNF RVQPTE SIVRFPNITN LCPFDEVFNA TRFASVYAWN RKRISNCVAD YSVLYNLAPF FTFKCYGVSP TKLNDLCFTN VYAD SFVIR GDEVRQIAPG QTGNIADYNY KLPDDFTGCV IAWNSNKLDS KVSGNYNYLY RLFRKSNLKP FERDISTEIY QAGNK PCNG VAGFNCYFPL KSYSFRPTYG VGHQPYRVVV LSFELLHAPA TVCGPKKSTN LVKNKCVNFN FNGLKGTGVL TESNKK FLP FQQFGRDIAD TTDAVRDPQT LEILDITPCS FGGVSVITPG TNTSNQVAVL YQGVNCTEVP VAIHADQLTP TWRVYST GS NVFQTRAGCL IGAEYVNNSY ECDIPIGAGI CASYQTQTKS HGSASSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNF T ISVTTEILPV SMTKTSVDCT MYICGDSTEC SNLLLQYGSF CTQLKRALTG IAVEQDKNTQ EVFAQVKQIY KTPPIKYFG GFNFSQILPD PSKPSKRSPI EDLLFNKVTL ADAGFIKQYG DCLGDIAARD LICAQKFKGL TVLPPLLTDE MIAQYTSALL AGTITSGWT FGAGPALQIP FPMQMAYRFN GIGVTQNVLY ENQKLIANQF NSAIGKIQDS LSSTPSALGK LQDVVNHNAQ A LNTLVKQL SSKFGAISSV LNDIFSRLDP PEAEVQIDRL ITGRLQSLQT YVTQQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SK RVDFCGK GYHLMSFPQS APHGVVFLHV TYVPAQEKNF TTAPAICHDG KAHFPREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTD NTFVSG NCDVVIGIVN NTVYDPLQPE LDSFKEELDK YFKNHTSPDV DLGDISGINA SVVNIQKEID RLNEVAKNLN ESLI DLQEL GKYEQGSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGRSLEV LFQGPGHHHH HHHH UniProtKB: Spike glycoprotein, Fibritin |
-分子 #2: H6 nanobody
分子 | 名称: H6 nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 14.588144 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LVQPGGSLTL SCVASESSLA PYRVAWFRQA PGKEREGVSC ISRDAHPTST YYTASVKGRF TMSRDNAKNT VYLQMNSLK PSDTAVYYCA TDLGGYCSDS NYPRAWWGQG TQVTVSSKHH HHHH |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: PBS |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |