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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17255 | |||||||||
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タイトル | CRYO-EM FOCUSED REFINEMENT OF TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : TB11CS6H1 snoRNA mutant | |||||||||
マップデータ | BODY1_FOR_FOCUSED_REFINEMENT | |||||||||
試料 |
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キーワード | CRYO-EM / TRYPANOSOMA BRUCEI / 80S RIBOSOME / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / RNA processing ...organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / RNA processing / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / regulation of cytokinesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / regulation of cell growth / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / regulation of cell population proliferation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / apoptotic process / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Rajan KS / Yonath A | |||||||||
資金援助 | イスラエル, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: A single pseudouridine on rRNA regulates ribosome structure and function in the mammalian parasite Trypanosoma brucei. 著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz ...著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz / Andre Rivalta / Ella Zimmerman / Ron Unger / Toshiaki Isobe / Ada Yonath / Shulamit Michaeli / 要旨: Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification ...Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification on rRNA in the two life stages of the parasite using four different genome-wide approaches. CRISPR-Cas9 knock-outs of all four snoRNAs guiding Ψ on helix 69 (H69) of the large rRNA subunit were lethal. A single knock-out of a snoRNA guiding Ψ530 on H69 altered the composition of the 80S monosome. These changes specifically affected the translation of only a subset of proteins. This study correlates a single site Ψ modification with changes in ribosomal protein stoichiometry, supported by a high-resolution cryo-EM structure. We propose that alteration in rRNA modifications could generate ribosomes preferentially translating state-beneficial proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17255.map.gz | 333.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17255-v30.xml emd-17255.xml | 29.7 KB 29.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17255.png | 93.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17255.cif.gz | 4.5 KB | ||
その他 | emd_17255_additional_1.map.gz emd_17255_additional_2.map.gz emd_17255_half_map_1.map.gz emd_17255_half_map_2.map.gz | 253 MB 226.6 MB 336.1 MB 336.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17255 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17255 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17255_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17255_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17255_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17255_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17255 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17255 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8oveMC 8ovaC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17255.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | BODY1_FOR_FOCUSED_REFINEMENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: BODY2 FOR FOCUSED REFINEMENT
ファイル | emd_17255_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | BODY2_FOR_FOCUSED_REFINEMENT | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: BODY3 FOR FOCUSED REFINEMENT
ファイル | emd_17255_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | BODY3_FOR_FOCUSED_REFINEMENT | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: HALF MAP1 F0R BODY1 OF FOCUSED REFINEMENT
ファイル | emd_17255_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | HALF_MAP1_F0R_BODY1_OF_FOCUSED_REFINEMENT | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: HALF MAP2 F0R BODY1 OF FOCUSED REFINEMENT
ファイル | emd_17255_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | HALF_MAP2_F0R_BODY1_OF_FOCUSED_REFINEMENT | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 80S ribosome
全体 | 名称: 80S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1: 80S ribosome
超分子 | 名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#86 |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.16 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 552813 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |