[日本語] English
万見
- PDB-8ova: CRYO-EM STRUCTURE OF TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSO... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ova
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : PARENTAL STRAIN
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 27
  • (60S ribosomal protein ...) x 34
  • (Ribosomal protein ...) x 7
  • (Ubiquitin-60S ribosomal protein ...) x 2
  • 40S ribosomal proteins S11, putative
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S ribosomal subunit protein L31, putative
  • E-SITE TRNA
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • LSUa rRNA
  • LSUb rRNA
  • Probable 40S ribosomal protein S9
  • RNA-binding protein
  • SSU rRNA
  • SrRNA-1
  • SrRNA-2
  • SrRNA-4
  • SrRNA-6
  • uS14
キーワードRIBOSOME / CRYO-EM / TRYPANOSOMA BRUCEI / 80S RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / nuclear lumen / post-transcriptional regulation of gene expression / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / RNA processing ...organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / nuclear lumen / post-transcriptional regulation of gene expression / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / RNA processing / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / translation regulator activity / ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / regulation of cytokinesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / regulation of cell growth / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosome biogenesis / regulation of cell population proliferation / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14, KOW motif / : / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e ...Ribosomal protein L14, KOW motif / : / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein S19e / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L39e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / : / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / 60S ribosomal protein L19
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...: / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Small ribosomal subunit protein eS12 / 60S ribosomal protein L27, putative / 60S ribosomal protein L18a / RNA-binding protein / 40S ribosomal protein S17, putative / 40S ribosomal protein L14, putative / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L34, putative / 40S ribosomal protein S27, putative / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S21, putative / 40S ribosomal protein S5, putative / 60S ribosomal protein L28, putative / 60S ribosomal protein L17, putative / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein L37 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 60S ribosomal protein L6, putative / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L37a, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 40S ribosomal protein S18, putative / Small ribosomal subunit protein eS1 / 60S ribosomal protein L9, putative / 40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal proteins S11, putative / 60S ribosomal protein L32, putative / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L36, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L26, putative / 60S ribosomal subunit protein L31, putative / 60S ribosomal protein L27a / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L10, putative / 60S ribosomal protein L11, putative / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S7 / 60S ribosomal protein L38, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / 60S ribosomal protein L21E, putative / 40S ribosomal protein S33, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L7a / 40S ribosomal protein S16, putative / 60S ribosomal protein L2, putative / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S8 / 60S ribosomal protein L19, putative / 40S ribosomal protein S15a, putative / Ribosomal protein L3, mitochondrial, putative / 60S ribosomal protein L4 / Ribosomal protein S19, putative / 60S ribosomal protein L35A, putative / 40S ribosomal protein S30 / 60S ribosomal protein L13a, putative / 40S ribosomal protein S13, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Rajan, K.S. / Yonath, A.
資金援助European Union, イスラエル, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
Israel Science Foundation イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A single pseudouridine on rRNA regulates ribosome structure and function in the mammalian parasite Trypanosoma brucei.
著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz ...著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz / Andre Rivalta / Ella Zimmerman / Ron Unger / Toshiaki Isobe / Ada Yonath / Shulamit Michaeli /
要旨: Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification ...Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification on rRNA in the two life stages of the parasite using four different genome-wide approaches. CRISPR-Cas9 knock-outs of all four snoRNAs guiding Ψ on helix 69 (H69) of the large rRNA subunit were lethal. A single knock-out of a snoRNA guiding Ψ530 on H69 altered the composition of the 80S monosome. These changes specifically affected the translation of only a subset of proteins. This study correlates a single site Ψ modification with changes in ribosomal protein stoichiometry, supported by a high-resolution cryo-EM structure. We propose that alteration in rRNA modifications could generate ribosomes preferentially translating state-beneficial proteins.
履歴
登録2023年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
BA: LSUa rRNA
AA: SSU rRNA
BB: LSUb rRNA
BH: SrRNA-4
BG: SrRNA-2
BF: SrRNA-6
BE: SrRNA-1
BD: 5S rRNA
BC: 5.8S rRNA
AB: E-SITE TRNA
AQ: Ribosomal protein S10
A8: uS14
A9: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Az: RNA-binding protein
AH: 40S ribosomal protein S14
AI: 40S ribosomal protein S15, putative
AJ: 40S ribosomal protein S15a, putative
AK: 40S ribosomal protein S16, putative
AM: 40S ribosomal protein S18, putative
AO: Ribosomal protein S19, putative
AP: 40S ribosomal protein S2, putative
AR: 40S ribosomal protein S21, putative
AS: 40S ribosomal protein S23, putative
AT: 40S ribosomal protein S24
AU: 40S ribosomal protein S25
AV: 40S ribosomal protein S26
AW: 40S ribosomal protein S27, putative
AX: 40S ribosomal protein S3, putative
AY: 40S ribosomal protein S30
AZ: 40S ribosomal protein S33, putative
AL: 40S ribosomal protein S17, putative
A0: 40S ribosomal protein S3a
A1: 40S ribosomal protein S4
A2: 40S ribosomal protein S5, putative
A3: 40S ribosomal protein S6
A4: 40S ribosomal protein S7
A5: 40S ribosomal protein S8
A6: Probable 40S ribosomal protein S9
A7: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
AC: 40S ribosomal protein SA
AD: 40S ribosomal protein S10, putative
AE: 40S ribosomal proteins S11, putative
AG: 40S ribosomal protein S13, putative
Bh: 60S ribosomal subunit protein L31, putative
Ba: 60S ribosomal protein L27
Bb: 60S ribosomal protein L27a
Bc: 60S ribosomal protein L28, putative
Bd: 60S ribosomal protein L29
Be: 60S ribosomal protein L2, putative
Bz: Ribosomal protein L41
Bg: 60S ribosomal protein L30
Bf: Ribosomal protein L3, mitochondrial, putative
BI: 60S ribosomal protein L18
Bj: 60S ribosomal protein L34, putative
BK: 60S ribosomal protein L10, putative
Bk: 60S ribosomal protein L35, putative
BL: 60S ribosomal protein L11, putative
Bl: 60S ribosomal protein L35A, putative
Bm: Ribosomal protein L36, putative
BN: 60S ribosomal protein L13
Bn: Ribosomal protein L37
BO: 60S ribosomal protein L13a, putative
Bo: 60S ribosomal protein L37a, putative
Bp: 60S ribosomal protein L38, putative
Bq: 60S ribosomal protein L39, putative
BQ: Ribosomal protein L15
BR: 60S ribosomal protein L17, putative
Br: 60S ribosomal protein L4
BS: 60S ribosomal protein L18a
Bs: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
BT: 60S ribosomal protein L19, putative
Bt: 60S ribosomal protein L44
BU: 60S ribosomal protein L21E, putative
Bu: 60S ribosomal protein L5, putative
BV: 60S ribosomal protein L22, putative
Bv: 60S ribosomal protein L6, putative
BW: 60S ribosomal protein L23, putative
BX: 60S ribosomal protein L23a
Bw: 60S ribosomal protein L7, putative
Bx: 60S ribosomal protein L7a
BY: 60S ribosomal protein L24, putative
By: 60S ribosomal protein L9, putative
BZ: 60S ribosomal protein L26, putative
Bi: 60S ribosomal protein L32, putative
BP: 40S ribosomal protein L14, putative
AF: 40S ribosomal protein S12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,661,531411
ポリマ－3,652,82586
非ポリマー8,706325
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 10種, 10分子 BAAABBBHBGBFBEBDBCAB

#1: RNA鎖 LSUa rRNA


分子量: 619662.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#2: RNA鎖 SSU rRNA


分子量: 734961.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#3: RNA鎖 LSUb rRNA / LSU_beta rRNA


分子量: 494694.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#4: RNA鎖 SrRNA-4


分子量: 43694.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: GenBank: 10519
#5: RNA鎖 SrRNA-2


分子量: 59196.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: GenBank: 10528
#6: RNA鎖 SrRNA-6


分子量: 24646.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: GenBank: 62359081
#7: RNA鎖 SrRNA-1


分子量: 69132.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: GenBank: 10528
#8: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38316.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: GenBank: 162230
#9: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 67019.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: GenBank: 10527
#10: RNA鎖 E-SITE TRNA


分子量: 6106.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

-
Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 AQAOBzBfBmBnBQ

#11: タンパク質 Ribosomal protein S10 / uS10


分子量: 13377.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#20: タンパク質 Ribosomal protein S19, putative


分子量: 18891.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q583K7
#50: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L41 / eL41


分子量: 4348.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#52: タンパク質 Ribosomal protein L3, mitochondrial, putative


分子量: 48802.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q581Q1
#59: タンパク質 Ribosomal protein L36, putative


分子量: 12491.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CY6
#61: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10128.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q386L1
#66: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 26461.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CY7

-
タンパク質 , 6種, 6分子 A8AzA6A7AEBh

#12: タンパク質 uS14


分子量: 6744.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#14: タンパク質 RNA-binding protein


分子量: 30340.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q382D5
#38: タンパク質 Probable 40S ribosomal protein S9


分子量: 22098.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P17959
#39: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Activated protein kinase C receptor homolog


分子量: 34727.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P69103
#42: タンパク質 40S ribosomal proteins S11, putative


分子量: 20132.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CI4
#44: タンパク質 60S ribosomal subunit protein L31, putative


分子量: 21752.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38DH8

-
Ubiquitin-60S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 A9Bs

#13: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 16936.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57WI3
#70: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14685.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P21899

+
40S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 AHAIAJAKAMAPARASATAUAVAWAXAYAZALA0A1A2A3A4A5ACADAGBPAF

#15: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 15540.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P19800
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S15, putative


分子量: 17512.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57XN7
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S15a, putative


分子量: 14669.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q580K6
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S16, putative


分子量: 17031.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57VV0
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S18, putative


分子量: 17548.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38B69
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S2, putative


分子量: 28688.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q388D3
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S21, putative


分子量: 21156.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385B8
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S23, putative


分子量: 15963.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CD1
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15722.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38AM9
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 12589.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57XX0
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 12837.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q384J9
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S27, putative


分子量: 9648.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383V7
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S3, putative


分子量: 24259.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38EW1
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7454.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q584U5
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S33, putative


分子量: 11186.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57U30
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S17, putative


分子量: 16259.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q382Z8
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 29477.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38BK6
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 30704.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q386F2
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S5, putative


分子量: 21424.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385D9
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28507.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CL9
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 23889.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38FD9
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 25001.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57YL6
#40: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 31395.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383I8
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S10, putative


分子量: 19322.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38B66
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S13, putative


分子量: 17347.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q586C2
#85: タンパク質 40S ribosomal protein L14, putative


分子量: 21521.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383F5
#86: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15889.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q03253

+
60S ribosomal protein ... , 34種, 34分子 BaBbBcBdBeBgBIBjBKBkBLBlBNBOBoBpBqBRBrBSBTBtBUBuBVBvBWBXBwBx...

#45: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15618.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q381J6
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16307.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38DN9
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L28, putative


分子量: 16901.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385E9
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 8244.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383S6
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L2, putative


分子量: 28372.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57W56
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 11531.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P49153
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 21929.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P50885
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L34, putative


分子量: 19396.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383V6
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L10, putative


分子量: 24785.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38EC5
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L35, putative


分子量: 15187.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38FW8
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L11, putative


分子量: 22420.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38EI9
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L35A, putative


分子量: 17061.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q584G9
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 25491.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57V55
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L13a, putative


分子量: 25775.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q585J5
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L37a, putative


分子量: 10482.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38AW9
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L38, putative


分子量: 9527.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38FV6
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L39, putative


分子量: 6567.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57UJ8
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L17, putative


分子量: 19147.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q385T6
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 41941.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q582N2
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20950.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q382C4
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L19, putative


分子量: 29494.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57ZI7
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L44


分子量: 12488.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P17843
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L21E, putative


分子量: 18043.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q4FKD4
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L5, putative


分子量: 34710.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CY8
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L22, putative


分子量: 15288.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q383R3
#76: タンパク質 60S ribosomal protein L6, putative


分子量: 21232.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q389K1
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L23, putative


分子量: 14989.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38DP2
#78: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / L25


分子量: 18211.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P41165
#79: タンパク質 60S ribosomal protein L7, putative


分子量: 29416.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57V35
#80: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 30945.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57VM1
#81: タンパク質 60S ribosomal protein L24, putative


分子量: 14633.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38B56
#82: タンパク質 60S ribosomal protein L9, putative


分子量: 21897.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CD0
#83: タンパク質 60S ribosomal protein L26, putative


分子量: 16497.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38D25
#84: タンパク質 60S ribosomal protein L32, putative


分子量: 15432.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q38CL1

-
非ポリマー , 5種, 514分子

#87: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#88: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#89: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#90: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#91: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: CRYO-EM STRUCTURE OF TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : PARENTAL STRAIN
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#86 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 1.17 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 459985 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004224091
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.606328896
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.19777892
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03840957
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00421356

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る