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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17212 | |||||||||
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タイトル | CRYO-EM STRUCTURE OF TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : TB11CS6H1 snoRNA mutant | |||||||||
マップデータ | 80S_composite_map | |||||||||
試料 |
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キーワード | CRYO-EM / TRYPANOSOMA BRUCEI / 80S RIBOSOME / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity ...organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / RNA processing / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of cytokinesis / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / regulation of cell growth / protein kinase C binding / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / regulation of cell population proliferation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / apoptotic process / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Rajan KS / Yonath A | |||||||||
資金援助 | イスラエル, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: A single pseudouridine on rRNA regulates ribosome structure and function in the mammalian parasite Trypanosoma brucei. 著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz ...著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz / Andre Rivalta / Ella Zimmerman / Ron Unger / Toshiaki Isobe / Ada Yonath / Shulamit Michaeli / 要旨: Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification ...Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification on rRNA in the two life stages of the parasite using four different genome-wide approaches. CRISPR-Cas9 knock-outs of all four snoRNAs guiding Ψ on helix 69 (H69) of the large rRNA subunit were lethal. A single knock-out of a snoRNA guiding Ψ530 on H69 altered the composition of the 80S monosome. These changes specifically affected the translation of only a subset of proteins. This study correlates a single site Ψ modification with changes in ribosomal protein stoichiometry, supported by a high-resolution cryo-EM structure. We propose that alteration in rRNA modifications could generate ribosomes preferentially translating state-beneficial proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17212.map.gz | 375.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17212-v30.xml emd-17212.xml | 108.7 KB 108.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17212.png | 90.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17212.cif.gz | 21.3 KB | ||
その他 | emd_17212_additional_1.map.gz emd_17212_half_map_1.map.gz emd_17212_half_map_2.map.gz | 367.2 MB 370.7 MB 343.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17212 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17212 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8oveMC 8ovaC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17212.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 80S_composite_map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Aligned 80S consensus map
ファイル | emd_17212_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Aligned_80S_consensus_map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Aligned Half map1 for 80S consensus map
ファイル | emd_17212_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Aligned_Half_map1_for_80S_consensus_map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Aligned Half map2 for 80S consensus map
ファイル | emd_17212_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Aligned_Half_map2_for_80S_consensus_map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 80S ribosome
+超分子 #1: 80S ribosome
+分子 #1: SSU rRNA
+分子 #2: E-SITE TRNA
+分子 #3: LUS_alpha rRNA
+分子 #4: LSUb rRNA
+分子 #5: 5.8S rRNA
+分子 #6: 5S rRNA
+分子 #7: SrRNA 1
+分子 #73: SrRNA 6
+分子 #74: SrRNA 2
+分子 #75: SrRNA 4
+分子 #8: 40S ribosomal protein L14, putative
+分子 #9: Ribosomal protein L15
+分子 #10: 60S ribosomal protein L17, putative
+分子 #11: 60S ribosomal protein L18a
+分子 #12: 60S ribosomal protein L19, putative
+分子 #13: 60S ribosomal protein L21E, putative
+分子 #14: 60S ribosomal protein L23, putative
+分子 #15: Ribosomal protein L24
+分子 #16: 60S ribosomal protein L23a
+分子 #17: 60S ribosomal protein L26, putative
+分子 #18: 60S ribosomal protein L38, putative
+分子 #19: 60S ribosomal protein L39, putative
+分子 #20: 60S ribosomal protein L4
+分子 #21: 60S ribosomal protein L44
+分子 #22: 60S ribosomal protein L7, putative
+分子 #23: 60S ribosomal protein L7a
+分子 #24: 60S ribosomal protein L35A, putative
+分子 #25: 60S ribosomal protein L5, putative
+分子 #26: 60S ribosomal protein L9, putative
+分子 #27: 40S ribosomal protein S3a
+分子 #28: 40S ribosomal protein S5, putative
+分子 #29: 40S ribosomal protein S8
+分子 #30: 40S ribosomal protein S10, putative
+分子 #31: Putative ribosomal protein S29
+分子 #32: 40S ribosomal proteins S11, putative
+分子 #33: 40S ribosomal protein S13, putative
+分子 #34: 40S ribosomal protein S15, putative
+分子 #35: 40S ribosomal protein S14
+分子 #36: 40S ribosomal protein S15a, putative
+分子 #37: 40S ribosomal protein S17, putative
+分子 #38: 40S ribosomal protein S18, putative
+分子 #39: Ribosomal protein S19, putative
+分子 #40: 40S ribosomal protein S2, putative
+分子 #41: 40S ribosomal protein S23, putative
+分子 #42: 40S ribosomal protein S25
+分子 #43: 40S ribosomal protein S3, putative
+分子 #44: 40S ribosomal protein S33, putative
+分子 #45: 40S ribosomal protein S6
+分子 #46: 40S ribosomal protein S24
+分子 #47: 40S ribosomal protein S4
+分子 #48: 40S ribosomal protein SA
+分子 #49: 60S ribosomal protein L28, putative
+分子 #50: Ribosomal protein L41
+分子 #51: 60S ribosomal protein L37a, putative
+分子 #52: Ribosomal protein L37
+分子 #53: Ribosomal protein L36, putative
+分子 #54: 60S ribosomal protein L35, putative
+分子 #55: 60S ribosomal protein L34, putative
+分子 #56: 60S ribosomal protein L32, putative
+分子 #57: 60S ribosomal protein L30
+分子 #58: 60S ribosomal protein L29
+分子 #59: 60S ribosomal protein L27a
+分子 #60: 60S ribosomal protein L27
+分子 #61: 60S ribosomal protein L13a, putative
+分子 #62: 60S ribosomal protein L13
+分子 #63: 60S ribosomal protein L11, putative
+分子 #64: 60S ribosomal protein L10, putative
+分子 #65: 60S ribosomal protein L18
+分子 #66: 60S ribosomal protein L2, putative
+分子 #67: 40S ribosomal protein S16, putative
+分子 #68: Probable 40S ribosomal protein S9
+分子 #69: Ribosomal protein L3, mitochondrial, putative
+分子 #70: 40S ribosomal protein S30
+分子 #71: 60S ribosomal protein L6, putative
+分子 #72: 60S ribosomal subunit protein L31, putative
+分子 #76: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
+分子 #77: 60S ribosomal protein L22, putative
+分子 #78: RNA-binding protein
+分子 #79: Ribosomal protein S10
+分子 #80: 40S ribosomal protein S21, putative
+分子 #81: 40S ribosomal protein S26
+分子 #82: 40S ribosomal protein S27, putative
+分子 #83: 40S ribosomal protein S7
+分子 #84: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
+分子 #85: HIS-THR-CYS-THR
+分子 #86: MAGNESIUM ION
+分子 #87: POTASSIUM ION
+分子 #88: SODIUM ION
+分子 #89: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.16 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 552813 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |