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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17063 | ||||||||||||
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タイトル | Local refinement of cubic assembly from truncated PVY coat protein with K176C mutation | ||||||||||||
マップデータ | final trCPK176C cubic particle local refinement cryoEM map after DeepEMhancer post-processing (C4) | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | cubes / trCP / K176C / Potyvirus / PVY / VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||
機能・相同性 | Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / viral capsid / Genome polyprotein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Potato virus Y strain NTN (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kavcic L / Kezar A / Podobnik M | ||||||||||||
資金援助 | スロベニア, チェコ, 3件
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引用 | ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024 タイトル: From structural polymorphism to structural metamorphosis of the coat protein of flexuous filamentous potato virus Y. 著者: Luka Kavčič / Andreja Kežar / Neža Koritnik / Magda Tušek Žnidarič / Tajda Klobučar / Žiga Vičič / Franci Merzel / Ellie Holden / Justin L P Benesch / Marjetka Podobnik / 要旨: The structural diversity and tunability of the capsid proteins (CPs) of various icosahedral and rod-shaped viruses have been well studied and exploited in the development of smart hybrid ...The structural diversity and tunability of the capsid proteins (CPs) of various icosahedral and rod-shaped viruses have been well studied and exploited in the development of smart hybrid nanoparticles. However, the potential of CPs of the wide-spread flexuous filamentous plant viruses remains to be explored. Here, we show that we can control the shape, size, RNA encapsidation ability, symmetry, stability and surface functionalization of nanoparticles through structure-based design of CP from potato virus Y (PVY). We provide high-resolution insight into CP-based self-assemblies, ranging from large polymorphic or monomorphic filaments to smaller annular, cubic or spherical particles. Furthermore, we show that we can prevent CP self-assembly in bacteria by fusion with a cleavable protein, enabling controlled nanoparticle formation in vitro. Understanding the remarkable structural diversity of PVY CP not only provides possibilities for the production of biodegradable nanoparticles, but may also advance future studies of CP's polymorphism in a biological context. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17063.map.gz | 692.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17063-v30.xml emd-17063.xml | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17063_fsc.xml | 19.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17063.png | 123.1 KB | ||
マスクデータ | emd_17063_msk_1.map | 824 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17063.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_17063_additional_1.map.gz emd_17063_additional_2.map.gz emd_17063_half_map_1.map.gz emd_17063_half_map_2.map.gz | 407.5 MB 777.7 MB 763.2 MB 763.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17063 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17063 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17063_validation.pdf.gz | 840.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17063_full_validation.pdf.gz | 840 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17063_validation.xml.gz | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17063_validation.cif.gz | 37.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17063 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17063 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8opkMC 8opaC 8opbC 8opcC 8opdC 8opeC 8opfC 8opgC 8ophC 8opjC 8oplC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17063.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | final trCPK176C cubic particle local refinement cryoEM map after DeepEMhancer post-processing (C4) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17063_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: trCPK176C cubic particle local refinement raw cryoEM map (C4)
ファイル | emd_17063_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | trCPK176C cubic particle local refinement raw cryoEM map (C4) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: trCPK176C cubic particle local refinement sharp cryoEM map (C4)
ファイル | emd_17063_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | trCPK176C cubic particle local refinement sharp cryoEM map (C4) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: trCPK176C cubic particle local refinement half A cryoEM map
ファイル | emd_17063_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | trCPK176C cubic particle local refinement half A cryoEM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: trCPK176C cubic particle local refinement half B cryoEM map
ファイル | emd_17063_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | trCPK176C cubic particle local refinement half B cryoEM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : truncated coat protein (dN49C40) with C-terminal His tag and K176...
全体 | 名称: truncated coat protein (dN49C40) with C-terminal His tag and K176C mutation |
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要素 |
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-超分子 #1: truncated coat protein (dN49C40) with C-terminal His tag and K176...
超分子 | 名称: truncated coat protein (dN49C40) with C-terminal His tag and K176C mutation タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: structurally homogenous cubic particles |
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由来(天然) | 生物種: Potato virus Y strain NTN (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 1.315 MDa |
-分子 #1: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Potato virus Y strain NTN (ウイルス) / 株: NTN |
分子量 | 理論値: 22.360424 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GITSKMRMPK SKGATVLNLE HLLEYAPQQI DISNTRATQS QFDTWYEAVQ LAYDIGETEM PTVMNGLMVW CIENGTSPNI NGVWVMMDG DEQVEYPLKP IVENAKPTLR QIMAHFSDVA EAYIEMRNCK EPYMPRYGLV RNLRDGSLAR YAFDFYEVTS R TPVRAREA ...文字列: GITSKMRMPK SKGATVLNLE HLLEYAPQQI DISNTRATQS QFDTWYEAVQ LAYDIGETEM PTVMNGLMVW CIENGTSPNI NGVWVMMDG DEQVEYPLKP IVENAKPTLR QIMAHFSDVA EAYIEMRNCK EPYMPRYGLV RNLRDGSLAR YAFDFYEVTS R TPVRAREA HIQMKAAALK SENLYFQGLE HHHHHH UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 1.8 mM KH2PO4, 10.1 mM Na2HPO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl, pH 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 9480 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 165000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |