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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Virus-like Particle based on PVY coat protein with dC60 deletion with RNA-free helical architecture | |||||||||
![]() | VLPdC60:h sharp symmetric cryoEM map | |||||||||
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![]() | helical / RNA-free / dC60 / VLP / Potyvirus / PVY / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / viral capsid / Genome polyprotein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | |||||||||
![]() | Kavcic L / Kezar A / Podobnik M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: From structural polymorphism to structural metamorphosis of the coat protein of flexuous filamentous potato virus Y. 著者: Luka Kavčič / Andreja Kežar / Neža Koritnik / Magda Tušek Žnidarič / Tajda Klobučar / Žiga Vičič / Franci Merzel / Ellie Holden / Justin L P Benesch / Marjetka Podobnik / ![]() ![]() 要旨: The structural diversity and tunability of the capsid proteins (CPs) of various icosahedral and rod-shaped viruses have been well studied and exploited in the development of smart hybrid ...The structural diversity and tunability of the capsid proteins (CPs) of various icosahedral and rod-shaped viruses have been well studied and exploited in the development of smart hybrid nanoparticles. However, the potential of CPs of the wide-spread flexuous filamentous plant viruses remains to be explored. Here, we show that we can control the shape, size, RNA encapsidation ability, symmetry, stability and surface functionalization of nanoparticles through structure-based design of CP from potato virus Y (PVY). We provide high-resolution insight into CP-based self-assemblies, ranging from large polymorphic or monomorphic filaments to smaller annular, cubic or spherical particles. Furthermore, we show that we can prevent CP self-assembly in bacteria by fusion with a cleavable protein, enabling controlled nanoparticle formation in vitro. Understanding the remarkable structural diversity of PVY CP not only provides possibilities for the production of biodegradable nanoparticles, but may also advance future studies of CP's polymorphism in a biological context. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 20.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 59 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 51.1 MB 95.3 MB 95.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 904.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 904.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8opfMC ![]() 8opaC ![]() 8opbC ![]() 8opcC ![]() 8opdC ![]() 8opeC ![]() 8opgC ![]() 8ophC ![]() 8opjC ![]() 8opkC ![]() 8oplC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | VLPdC60:h sharp symmetric cryoEM map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: VLPdC60:h raw cryoEM map
ファイル | emd_17051_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | VLPdC60:h raw cryoEM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: VLPdC60:h half B cryoEM map
ファイル | emd_17051_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | VLPdC60:h half B cryoEM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: VLPdC60:h half A cryoEM map
ファイル | emd_17051_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | VLPdC60:h half A cryoEM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Virus-like particle from dC60 coat protein
全体 | 名称: Virus-like particle from dC60 coat protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Virus-like particle from dC60 coat protein
超分子 | 名称: Virus-like particle from dC60 coat protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The sample contains only one filament form (RNA-free helical VLPs). |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Genome polyprotein (Fragment)
分子 | 名称: Genome polyprotein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Due to flexibility, structural model could only be built from H42 to R188. コピー数: 19 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.338334 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GNDTIDAGGS TKKDAKQEQG SIQPNLNKEK EKDVNVGTSG THTVPRIKAI TSKMRMPKSK GATVLNLEHL LEYAPQQIDI SNTRATQSQ FDTWYEAVQL AYDIGETEMP TVMNGLMVWC IENGTSPNIN GVWVMMDGDE QVEYPLKPIV ENAKPTLRQI M AHFSDVAE ...文字列: GNDTIDAGGS TKKDAKQEQG SIQPNLNKEK EKDVNVGTSG THTVPRIKAI TSKMRMPKSK GATVLNLEHL LEYAPQQIDI SNTRATQSQ FDTWYEAVQL AYDIGETEMP TVMNGLMVWC IENGTSPNIN GVWVMMDGDE QVEYPLKPIV ENAKPTLRQI M AHFSDVAE AYIEMRNKKE PYMPRYGLVR NLRDGSLARY AFDFYEVTS UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 1.8 mM KH2PO4, 10.1 mM Na2HPO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl, pH 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | This sample was homogenous in architecture. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 2020 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 150000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |