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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1691 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of Phage Gifsy-2 procapsid | |||||||||
マップデータ | Bacteriophage Gifsy-2 procapsid | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacteriophage / Gifsy-2 / capsid | |||||||||
生物種 | Phage Gifsy-2 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Effantin G / Figueroa-Bossi N / Schoehn G / Bossi L / Conway JF | |||||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2010 タイトル: The tripartite capsid gene of Salmonella phage Gifsy-2 yields a capsid assembly pathway engaging features from HK97 and lambda. 著者: Grégory Effantin / Nara Figueroa-Bossi / Guy Schoehn / Lionello Bossi / James F Conway / 要旨: Phage Gifsy-2, a lambdoid phage infecting Salmonella, has an unusually large composite gene coding for its major capsid protein (mcp) at the C-terminal end, a ClpP-like protease at the N-terminus, ...Phage Gifsy-2, a lambdoid phage infecting Salmonella, has an unusually large composite gene coding for its major capsid protein (mcp) at the C-terminal end, a ClpP-like protease at the N-terminus, and a approximately 200 residue central domain of unknown function but which may have a scaffolding role. This combination of functions on a single coding region is more extensive than those observed in other phages such as HK97 (scaffold-capsid fusion) and lambda (protease-scaffold fusion). To study the structural phenotype of the unique Gifsy-2 capsid gene, we have purified Gifsy-2 particles and visualized capsids and procapsids by cryoelectron microscopy, determining structures to resolutions up to 12A. The capsids have lambdoid T=7 geometry and are well modeled with the atomic structures of HK97 mcp and phage lambda gpD decoration protein. Thus, the unique Gifsy-2 capsid protein gene yields a capsid maturation pathway engaging features from both phages HK97 and lambda. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1691.map.gz | 28.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1691-v30.xml emd-1691.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd-1691.png | 500.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1691 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1691_validation.pdf.gz | 271.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1691_full_validation.pdf.gz | 271.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1691_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1691 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 95.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bacteriophage Gifsy-2 procapsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.842 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacteriophage Gifsy-2 procapsid purified from Salmonella Typhimurium
全体 | 名称: Bacteriophage Gifsy-2 procapsid purified from Salmonella Typhimurium |
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要素 |
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-超分子 #1000: Bacteriophage Gifsy-2 procapsid purified from Salmonella Typhimurium
超分子 | 名称: Bacteriophage Gifsy-2 procapsid purified from Salmonella Typhimurium タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Phage Gifsy-2
超分子 | 名称: Phage Gifsy-2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Gifsy-2 / NCBI-ID: 129862 / 生物種: Phage Gifsy-2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: Gifsy-2 |
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宿主 | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 570 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris-HCl pH7.5, 10 mM MgSO4 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Uranyl acetate |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home made manual plunger |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200T |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.84 µm / 実像数: 51 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 38000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: pft - em3dr / 使用した粒子像数: 6200 |