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万見
- EMDB-16822: Cryo-EM structure of the murine IL-12 complete extracellular sign... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16822
タイトルCryo-EM structure of the murine IL-12 complete extracellular signaling complex (Class 1).
マップデータSharpened map of the murine IL12:IL12Rbeta1:IL12Rbeta2 complex (Class 1).
試料
  • 複合体: Murine IL-12 in complex with Strep-II tagged mIL-12Rbeta1 and mIL-12Rbeta2.
    • タンパク質・ペプチド: Murine Interleukin-12 subunit alpha (IL-12A, p35), with a C-terminal caspase-3 cleavable His tag.
  • タンパク質・ペプチド: Murine Interleukin-12 subunit beta (IL-12B, p40).
  • タンパク質・ペプチド: Murine Interleukin-12 Receptor beta 1 (domains 1 to 5) with C-terminal Strep-II tag.
  • タンパク質・ペプチド: Murine Interleukin-12 Receptor beta 2 (domains 1 to 6) with C-terminal Strep-II tag.
キーワードComplex / Cytokine (サイトカイン) / Receptor / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-12 beta subunit binding / Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / Interleukin-35 Signalling / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / T-helper 1 cell activation ...interleukin-12 beta subunit binding / Interleukin-12 signaling / Interleukin-23 signaling / interleukin-23 receptor binding / Interleukin-35 Signalling / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / T-helper 1 cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / interleukin-12 receptor binding / natural killer cell activation / T-helper cell differentiation / interleukin-23 receptor complex / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / response to UV-B / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of natural killer cell proliferation / cytokine receptor activity / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of activated T cell proliferation / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / immunoglobulin mediated immune response / negative regulation of protein secretion / coreceptor activity / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interleukin-12 production / : / response to cytokine / cytokine activity / endosome lumen / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to type II interferon / Golgi lumen / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / 遊走 / defense response to virus / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / cell population proliferation / response to lipopolysaccharide / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / 免疫応答 / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / 小胞体 / protein-containing complex binding / protein kinase binding / 細胞膜 / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Interleukin-12 alpha / Interleukin-12 alpha subunit / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / 免疫グロブリンスーパーファミリー / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site ...Interleukin-12 alpha / Interleukin-12 alpha subunit / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / 免疫グロブリンスーパーファミリー / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 subunit alpha / Interleukin-12 subunit beta / Interleukin-12 receptor subunit beta-2 / Interleukin-12 receptor subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Felix J / Bloch Y / Savvides SN
資金援助 ベルギー, 2件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0B4918N ベルギー
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structures of complete extracellular receptor assemblies mediated by IL-12 and IL-23.
著者: Yehudi Bloch / Jan Felix / Romain Merceron / Mathias Provost / Royan Alipour Symakani / Robin De Backer / Elisabeth Lambert / Ahmad R Mehdipour / Savvas N Savvides /
要旨: Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into ...Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into their complete extracellular assemblies. Furthermore, there is a paucity of structural details describing the IL-12-receptor interaction interfaces, in contrast to IL-23-receptor complexes. Here we report structures of fully assembled mouse IL-12/human IL-23-receptor complexes comprising the complete extracellular segments of the cognate receptors determined by electron cryo-microscopy. The structures reveal key commonalities but also surprisingly diverse features. Most notably, whereas IL-12 and IL-23 both utilize a conspicuously presented aromatic residue on their α-subunit as a hotspot to interact with the N-terminal Ig domain of their high-affinity receptors, only IL-12 juxtaposes receptor domains proximal to the cell membrane. Collectively, our findings will help to complete our understanding of cytokine-mediated assemblies of tall cytokine receptors and will enable a cytokine-specific interrogation of IL-12/IL-23 signaling in physiology and disease.
履歴
登録2023年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16822.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of the murine IL12:IL12Rbeta1:IL12Rbeta2 complex (Class 1).
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.51 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.26047748 - 0.64348257
平均 (標準偏差)0.00084523944 (±0.016497888)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 332.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16822_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of the murine IL12:IL12Rbeta1:IL12Rbeta2 complex...

ファイルemd_16822_half_map_1.map
注釈Half map 2 of the murine IL12:IL12Rbeta1:IL12Rbeta2 complex (Class 1).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of the murine IL12:IL12Rbeta1:IL12Rbeta2 complex...

ファイルemd_16822_half_map_2.map
注釈Half map 1 of the murine IL12:IL12Rbeta1:IL12Rbeta2 complex (Class 1).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Murine IL-12 in complex with Strep-II tagged mIL-12Rbeta1 and mIL...

全体名称: Murine IL-12 in complex with Strep-II tagged mIL-12Rbeta1 and mIL-12Rbeta2.
要素
  • 複合体: Murine IL-12 in complex with Strep-II tagged mIL-12Rbeta1 and mIL-12Rbeta2.
    • タンパク質・ペプチド: Murine Interleukin-12 subunit alpha (IL-12A, p35), with a C-terminal caspase-3 cleavable His tag.
  • タンパク質・ペプチド: Murine Interleukin-12 subunit beta (IL-12B, p40).
  • タンパク質・ペプチド: Murine Interleukin-12 Receptor beta 1 (domains 1 to 5) with C-terminal Strep-II tag.
  • タンパク質・ペプチド: Murine Interleukin-12 Receptor beta 2 (domains 1 to 6) with C-terminal Strep-II tag.

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超分子 #1: Murine IL-12 in complex with Strep-II tagged mIL-12Rbeta1 and mIL...

超分子名称: Murine IL-12 in complex with Strep-II tagged mIL-12Rbeta1 and mIL-12Rbeta2.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 198 KDa

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分子 #1: Murine Interleukin-12 subunit alpha (IL-12A, p35), with a C-termi...

分子名称: Murine Interleukin-12 subunit alpha (IL-12A, p35), with a C-terminal caspase-3 cleavable His tag.
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MCQSRYLLFL ATLALLNHLS LARVIPVSGP ARCLSQSRNL LKTTDDMVKT AREKLKHYSC TAEDIDHEDI TRDQTSTLKT CLPLELHKNE SCLATRETSS TTRGSCLPPQ KTSLMMTLCL GSIYEDLKMY QTEFQAINAA LQNHNHQQII LDKGMLVAID ELMQSLNHNG ...文字列:
MCQSRYLLFL ATLALLNHLS LARVIPVSGP ARCLSQSRNL LKTTDDMVKT AREKLKHYSC TAEDIDHEDI TRDQTSTLKT CLPLELHKNE SCLATRETSS TTRGSCLPPQ KTSLMMTLCL GSIYEDLKMY QTEFQAINAA LQNHNHQQII LDKGMLVAID ELMQSLNHNG ETLRQKPPVG EADPYRVKMK LCILLHAFST RVVTINRVMG YLSSAGTSDE VDGGSGGSGL NDIFEAQKIE WHEGRTKHHH HHH

UniProtKB: Interleukin-12 subunit alpha

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分子 #2: Murine Interleukin-12 subunit beta (IL-12B, p40).

分子名称: Murine Interleukin-12 subunit beta (IL-12B, p40). / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MCPQKLTISW FAIVLLVSPL MAMWELEKDV YVVEVDWTPD APGETVNLTC DTPEEDDITW TSDQRHGVIG SGKTLTITVK EFLDAGQYTC HKGGETLSHS HLLLHKKENG IWSTEILKNF KNKTFLKCEA PNYSGRFTCS WLVQRNMDLK FNIKSSSSSP DSRAVTCGMA ...文字列:
MCPQKLTISW FAIVLLVSPL MAMWELEKDV YVVEVDWTPD APGETVNLTC DTPEEDDITW TSDQRHGVIG SGKTLTITVK EFLDAGQYTC HKGGETLSHS HLLLHKKENG IWSTEILKNF KNKTFLKCEA PNYSGRFTCS WLVQRNMDLK FNIKSSSSSP DSRAVTCGMA SLSAEKVTLD QRDYEKYSVS CQEDVTCPTA EETLPIELAL EARQQNKYEN YSTSFFIRDI IKPDPPKNLQ MKPLKNSQVE VSWEYPDSWS TPHSYFSLKF FVRIQRKKEK MKETEEGCNQ KGAFLVEKTS TEVQCKGGNV CVQAQDRYYN SSCSKWACVP CRVRS

UniProtKB: Interleukin-12 subunit beta

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分子 #3: Murine Interleukin-12 Receptor beta 1 (domains 1 to 5) with C-ter...

分子名称: Murine Interleukin-12 Receptor beta 1 (domains 1 to 5) with C-terminal Strep-II tag.
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QLGASGPGDG CCVEKTSFPE GASGSPLGPR NLSCYRVSKT DYECSWQYDG PEDNVSHVLW CCFVPPNHTH TGQERCRYFS SGPDRTVQFW EQDGIPVLSK VNFWVESRLG NRTMKSQKIS QYLYNWTKTT PPLGHIKVSQ SHRQLRMDWN VSEEAGAEVQ FRRRMPTTNW ...文字列:
QLGASGPGDG CCVEKTSFPE GASGSPLGPR NLSCYRVSKT DYECSWQYDG PEDNVSHVLW CCFVPPNHTH TGQERCRYFS SGPDRTVQFW EQDGIPVLSK VNFWVESRLG NRTMKSQKIS QYLYNWTKTT PPLGHIKVSQ SHRQLRMDWN VSEEAGAEVQ FRRRMPTTNW TLGDCGPQVN SGSGVLGDIR GSMSESCLCP SENMAQEIQI RRRRRLSSGA PGGPWSDWSM PVCVPPEVLP QAKIKFLVEP LNQGGRRRLT MQGQSPQLAV PEGCRGRPGA QVKKHLVLVR MLSCRCQAQT SKTVPLGKKL NLSGATYDLN VLAKTRFGRS TIQKWHLPAQ ELTETRALNV SVGGNMTSMQ WAAQAPGTTY CLEWQPWFQH RNHTHCTLIV PEEEDPAKMV THSWSSKPTL EQEECYRITV FASKNPKNPM LWATVLSSYY FGGNASRAGT PRHVSVRNQT GDSVSVEWTA SQLSTCPGVL TQYVVRCEAE DGAWESEWLV PPTKTQVTLD GLRSRVMYKV QVRADTARLP GAWSHPQRFS FEGTWSHPQF EK

UniProtKB: Interleukin-12 receptor subunit beta-1

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分子 #4: Murine Interleukin-12 Receptor beta 2 (domains 1 to 6) with C-ter...

分子名称: Murine Interleukin-12 Receptor beta 2 (domains 1 to 6) with C-terminal Strep-II tag.
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NIDVCKLGTV TVQPAPVIPL GSAANISCSL NPKQGCSHYP SSNELILLKF VNDVLVENLH GKKVHDHTGH SSTFQVTNLS LGMTLFVCKL NCSNSQKKPP VPVCGVEISV GVAPEPPQNI SCVQEGENGT VACSWNSGKV TYLKTNYTLQ LSGPNNLTCQ KQCFSDNRQN ...文字列:
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UniProtKB: Interleukin-12 receptor subunit beta-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES

詳細: HEPES-buffered saline (HBS): 25 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl.
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA PLUNGER / 詳細: Leica EM GP2, 4 s. blotting time..

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7174 / 平均露光時間: 3.37 sec. / 平均電子線量: 61.8 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 538128
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 66809
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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