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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15974 | |||||||||||||||
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タイトル | TniQ-capped Tns-ATP-dsDNA complex | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Transposition / TniQ / TnsC / CRISPR-Cas / Tn7-like transposon / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | Bacterial TniB / Bacterial TniB protein / : / TniQ / TniQ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / TnsC / TniQ (Homology model) 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Scytonema hofmannii (バクテリア) / synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Querques I / Schmitz M / Oberli S / Chanez C / Jinek M | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, スイス, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Structural basis for the assembly of the type V CRISPR-associated transposon complex. 著者: Michael Schmitz / Irma Querques / Seraina Oberli / Christelle Chanez / Martin Jinek / 要旨: CRISPR-Cas systems have been co-opted by Tn7-like transposable elements to direct RNA-guided transposition. Type V-K CRISPR-associated transposons rely on the concerted activities of the ...CRISPR-Cas systems have been co-opted by Tn7-like transposable elements to direct RNA-guided transposition. Type V-K CRISPR-associated transposons rely on the concerted activities of the pseudonuclease Cas12k, the AAA+ ATPase TnsC, the Zn-finger protein TniQ, and the transposase TnsB. Here we present a cryo-electron microscopic structure of a target DNA-bound Cas12k-transposon recruitment complex comprised of RNA-guided Cas12k, TniQ, a polymeric TnsC filament and, unexpectedly, the ribosomal protein S15. Complex assembly, mediated by a network of interactions involving the guide RNA, TniQ, and S15, results in R-loop completion. TniQ contacts two TnsC protomers at the Cas12k-proximal filament end, likely nucleating its polymerization. Transposition activity assays corroborate our structural findings, implying that S15 is a bona fide component of the type V crRNA-guided transposon machinery. Altogether, our work uncovers key mechanistic aspects underpinning RNA-mediated assembly of CRISPR-associated transposons to guide their development as programmable tools for site-specific insertion of large DNA payloads. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15974.map.gz | 778.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15974-v30.xml emd-15974.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15974.png | 110.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15974.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_15974_half_map_1.map.gz emd_15974_half_map_2.map.gz | 763.6 MB 763.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15974 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15974 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15974_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15974_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15974_validation.xml.gz | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15974_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15974 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15974 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.65 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15974_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15974_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of TnsC and TniQ transposon proteins bound to ATP and dsDNA
全体 | 名称: Complex of TnsC and TniQ transposon proteins bound to ATP and dsDNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of TnsC and TniQ transposon proteins bound to ATP and dsDNA
超分子 | 名称: Complex of TnsC and TniQ transposon proteins bound to ATP and dsDNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: TniQ, TnsC, dsDNA |
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由来(天然) | 生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア) |
-分子 #1: TnsC
分子 | 名称: TnsC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 31.444617 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTEAQAIAKQ LGGVKPDDEW LQAEIARLKG KSIVPLQQVK TLHDWLDGKR KARKSCRVVG ESRTGKTVAC DAYRYRHKPQ QEAGRPPTV PVVYIRPHQK CGPKDLFKKI TEYLKYRVTK GTVSDFRDRT IEVLKGCGVE MLIIDEADRL KPETFADVRD I AEDLGIAV ...文字列: MTEAQAIAKQ LGGVKPDDEW LQAEIARLKG KSIVPLQQVK TLHDWLDGKR KARKSCRVVG ESRTGKTVAC DAYRYRHKPQ QEAGRPPTV PVVYIRPHQK CGPKDLFKKI TEYLKYRVTK GTVSDFRDRT IEVLKGCGVE MLIIDEADRL KPETFADVRD I AEDLGIAV VLVGTDRLDA VIKRDEQVLE RFRAHLRFGK LSGEDFKNTV EMWEQMVLKL PVSSNLKSKE MLRILTSATE GY IGRLDEI LREAAIRSLS RGLKKIDKAV LQEVAKEYK UniProtKB: TnsC |
-分子 #2: TniQ (Homology model)
分子 | 名称: TniQ (Homology model) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 19.01124 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIEAPDVKPW LFLIKPYEGE SLSHFLGRFR RANHLSASGL GTLAGIGAIV ARWERFHFNP RPSQQELEAI ASVVEVDAQR LAQMLPPAG VGMQHEPIRL CGACYAESPC HRIEWQYKSV WKCDRHQLKI LAKCPNCQAP FKMPALWEDG CCHRCRMPFA E MAKLQKV UniProtKB: TniQ (Homology model) |
-分子 #3: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*C)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*C)-3') タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 4.898191 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC) |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.036 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35964 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |