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万見
- EMDB-15953: T3 SAM lyase in complex with S-adenosylmethionine synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15953
タイトルT3 SAM lyase in complex with S-adenosylmethionine synthase
マップデータ
試料
  • 複合体: T3 SAM lyase in complex with E. coli S-adenosylmethionine synthase.
    • 複合体: S-adenosylmethionine synthase in complex with T3 SAM lyase.
      • タンパク質・ペプチド: S-adenosylmethionine synthase
      • タンパク質・ペプチド: S-Adenosylmethionine lyase
    • 複合体: T3 SAM lyase in complex with S-adenosylmethionine synthase.
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water
キーワードSAM lyase / complex / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosyl-L-methionine lyase / S-adenosyl-L-methionine lyase activity / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine cycle / S-adenosylmethionine biosynthetic process / potassium ion binding / one-carbon metabolic process / transferase activity / magnesium ion binding ...S-adenosyl-L-methionine lyase / S-adenosyl-L-methionine lyase activity / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine cycle / S-adenosylmethionine biosynthetic process / potassium ion binding / one-carbon metabolic process / transferase activity / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosyl-L-methionine hydrolase / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain ...S-adenosyl-L-methionine hydrolase / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
S-Adenosylmethionine lyase / S-adenosylmethionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T3 (ファージ) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Triguis S / Selmer M
資金援助 スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2017-03827 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg FoundationEvolution of new genes and proteins スウェーデン
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Phage T3 overcomes the BREX defense through SAM cleavage and inhibition of SAM synthesis by SAM lyase.
著者: Aleksandr Andriianov / Silvia Trigüis / Alena Drobiazko / Nicolas Sierro / Nikolai V Ivanov / Maria Selmer / Konstantin Severinov / Artem Isaev /
要旨: Bacteriophage T3 encodes a SAMase that, through cleavage of S-adenosyl methionine (SAM), circumvents the SAM-dependent type I restriction-modification (R-M) defense. We show that SAMase also allows ...Bacteriophage T3 encodes a SAMase that, through cleavage of S-adenosyl methionine (SAM), circumvents the SAM-dependent type I restriction-modification (R-M) defense. We show that SAMase also allows T3 to evade the BREX defense. Although SAM depletion weakly affects BREX methylation, it completely inhibits the defensive function of BREX, suggesting that SAM could be a co-factor for BREX-mediated exclusion of phage DNA, similar to its anti-defense role in type I R-M. The anti-BREX activity of T3 SAMase is mediated not just by enzymatic degradation of SAM but also by direct inhibition of MetK, the host SAM synthase. We present a 2.8 Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the eight-subunit T3 SAMase-MetK complex. Structure-guided mutagenesis reveals that this interaction stabilizes T3 SAMase in vivo, further stimulating its anti-BREX activity. This work provides insights in the versatility of bacteriophage counterdefense mechanisms and highlights the role of SAM as a co-factor of diverse bacterial immunity systems.
履歴
登録2022年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月23日-
マップ公開2023年8月23日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15953.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15953.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 480 pix.
= 534. Å		1.11 Å/pix.
x 480 pix.
= 534. Å		1.11 Å/pix.
x 480 pix.
= 534. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1125 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.38827905 - 0.8999983
平均 (標準偏差)-0.0002465498 (±0.011427064)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 534.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15953_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15953_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15953_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : T3 SAM lyase in complex with E. coli S-adenosylmethionine synthase.

全体名称: T3 SAM lyase in complex with E. coli S-adenosylmethionine synthase.
要素
  • 複合体: T3 SAM lyase in complex with E. coli S-adenosylmethionine synthase.
    • 複合体: S-adenosylmethionine synthase in complex with T3 SAM lyase.
      • タンパク質・ペプチド: S-adenosylmethionine synthase
      • タンパク質・ペプチド: S-Adenosylmethionine lyase
    • 複合体: T3 SAM lyase in complex with S-adenosylmethionine synthase.
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: T3 SAM lyase in complex with E. coli S-adenosylmethionine synthase.

超分子名称: T3 SAM lyase in complex with E. coli S-adenosylmethionine synthase.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: T3 SAM lyase was recombinantly expressed in E. coli Top10 and co-purified in complex with S-adenosylmethionine synthase from the host.
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T3 (ファージ)
分子量理論値: 239 KDa

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超分子 #2: S-adenosylmethionine synthase in complex with T3 SAM lyase.

超分子名称: S-adenosylmethionine synthase in complex with T3 SAM lyase.
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: T3 SAM lyase was recombinantly expressed in E. coli Top10 and co-purified in complex with S-adenosylmethionine synthase from the host.
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Top10

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超分子 #3: T3 SAM lyase in complex with S-adenosylmethionine synthase.

超分子名称: T3 SAM lyase in complex with S-adenosylmethionine synthase.
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: T3 SAM lyase was recombinantly expressed in E. coli Top10 and co-purified in complex with S-adenosylmethionine synthase from the host.
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T3 (ファージ)

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分子 #1: S-adenosylmethionine synthase

分子名称: S-adenosylmethionine synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methionine adenosyltransferase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 41.998508 KDa
配列文字列: MAKHLFTSES VSEGHPDKIA DQISDAVLDA ILEQDPKARV ACETYVKTGM VLVGGEITTS AWVDIEEITR NTVREIGYVH SDMGFDANS CAVLSAIGKQ SPDINQGVDR ADPLEQGAGD QGLMFGYATN ETDVLMPAPI TYAHRLVQRQ AEVRKNGTLP W LRPDAKSQ ...文字列:
MAKHLFTSES VSEGHPDKIA DQISDAVLDA ILEQDPKARV ACETYVKTGM VLVGGEITTS AWVDIEEITR NTVREIGYVH SDMGFDANS CAVLSAIGKQ SPDINQGVDR ADPLEQGAGD QGLMFGYATN ETDVLMPAPI TYAHRLVQRQ AEVRKNGTLP W LRPDAKSQ VTFQYDDGKI VGIDAVVLST QHSEEIDQKS LQEAVMEEII KPILPAEWLT SATKFFINPT GRFVIGGPMG DC GLTGRKI IVDTYGGMAR HGGGAFSGKD PSKVDRSAAY AARYVAKNIV AAGLADRCEI QVSYAIGVAE PTSIMVETFG TEK VPSEQL TLLVREFFDL RPYGLIQMLD LLHPIYKETA AYGHFGREHF PWEKTDKAQL LRDAAGLK

UniProtKB: S-adenosylmethionine synthase

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分子 #2: S-Adenosylmethionine lyase

分子名称: S-Adenosylmethionine lyase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ec: 2.5.1.4
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T3 (ファージ)
分子量理論値: 17.863264 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIFTKEPANV FYVLVSAFRS NLCDEVNMSR HRHMVSTLRA APGLYGSVES TDLTGCYREA ISSAPTEEKT VRVRCKDKAQ ALNVARLAC NEWEQDCVLV YKSQTHTAGL VYAKGIDGYK AERLPGSFQE VPKGAPLQGC FTIDEFGRRW QVQHHHHHH

UniProtKB: S-Adenosylmethionine lyase

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 24 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.125 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMNH2C(CH2OH)3Tris(Hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMNaClSodium chloride
2.5 mMHSCH2CH2OH2-Mercaptoethanol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting for 3 seconds before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5447 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 47.75 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.1 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.35000000000000003 µm
照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1445186
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 244912
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
詳細: 3D classification was used to remove particles with incomplete occupancy of T3 SAMase.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1p7l

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8bb1:
T3 SAM lyase in complex with S-adenosylmethionine synthase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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