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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1564 | |||||||||
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タイトル | Recognition of Phe-tRNAPhe, Trp-tRNATrp and : a common molecular mechanism for aminoacyl-tRNA selection revealed by cryo-EM | |||||||||
マップデータ | Leu-tRNA-EFTu-kir-GDP-70S ribosome | |||||||||
試料 |
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キーワード | protein translation / decoding / elongation factor Tu / ribosome | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanyl-nucleotide exchange factor complex / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translation elongation factor activity / translational termination / positive regulation of RNA splicing ...guanyl-nucleotide exchange factor complex / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translation elongation factor activity / translational termination / positive regulation of RNA splicing / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Li W / Agirrezabala X / Lei J / Bouakaz L / Brunelle JL / Ortiz-Meoz RF / Green R / Sanyal S / Ehrenberg M / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2008 タイトル: Recognition of aminoacyl-tRNA: a common molecular mechanism revealed by cryo-EM. 著者: Wen Li / Xabier Agirrezabala / Jianlin Lei / Lamine Bouakaz / Julie L Brunelle / Rodrigo F Ortiz-Meoz / Rachel Green / Suparna Sanyal / Måns Ehrenberg / Joachim Frank / 要旨: The accuracy of ribosomal translation is achieved by an initial selection and a proofreading step, mediated by EF-Tu, which forms a ternary complex with aminoacyl(aa)-tRNA. To study the binding modes ...The accuracy of ribosomal translation is achieved by an initial selection and a proofreading step, mediated by EF-Tu, which forms a ternary complex with aminoacyl(aa)-tRNA. To study the binding modes of different aa-tRNAs, we compared cryo-EM maps of the kirromycin-stalled ribosome bound with ternary complexes containing Phe-tRNA(Phe), Trp-tRNA(Trp), or Leu-tRNA(LeuI). The three maps suggest a common binding manner of cognate aa-tRNAs in their specific binding with both the ribosome and EF-Tu. All three aa-tRNAs have the same 'loaded spring' conformation with a kink and twist between the D-stem and anticodon stem. The three complexes are similarly integrated in an interaction network, extending from the anticodon loop through h44 and protein S12 to the EF-Tu-binding CCA end of aa-tRNA, proposed to signal cognate codon-anticodon interaction to the GTPase centre and tune the accuracy of aa-tRNA selection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1564.map.gz | 7.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1564-v30.xml emd-1564.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1564.png | 551.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1564 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1564 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1564_validation.pdf.gz | 336.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1564_full_validation.pdf.gz | 336.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1564_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1564 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1564 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1564.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Leu-tRNA-EFTu-kir-GDP-70S ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Leu-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome
全体 | 名称: Leu-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Leu-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome
超分子 | 名称: Leu-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: sedimentation / 集合状態: monomeric / Number unique components: 5 |
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分子量 | 実験値: 2.8 MDa / 理論値: 2.8 MDa |
-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 2.8 MDa / 理論値: 2.8 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.3 詳細: Polymix buffer( 5 mM potassium phosphate (KH2PO4) pH 7.3, 5 mM NH4Cl, 95 mM KCl, 0.5 mM CaCl2, 8 mM putrescine, 1 mM spermidine, 1 mM DTE, 5 mM magnesium acetate) |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo |
グリッド | 詳細: 200 mesh |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: vitrobot / 手法: Blot for 6 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 80.7 K / 最高: 80.7 K / 平均: 80.7 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: corrected objective at 100,000 times magnification Legacy - Electron beam tilt params: no tilt |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: no energy filter |
日付 | 2006年6月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 112 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 2 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 49645 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: cartridge / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: defocus groups, Wiener filter |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 80000 |
最終 角度割当 | 詳細: spider |