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- EMDB-15543: Poliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15543
タイトルPoliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle (PV3 SC8).
マップデータHalf map after RELION 3D refinement. Contour level recommended based on viewing in UCSF chimeraX
試料
  • ウイルス: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE
キーワードCapsid protein / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral capsid / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bahar MW / Fry EE / Stuart DI
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationRG.IMCB.I8-TSA-083 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Production and Characterisation of Stabilised PV-3 Virus-like Particles Using .
著者: Lee Sherry / Keith Grehan / Jessica J Swanson / Mohammad W Bahar / Claudine Porta / Elizabeth E Fry / David I Stuart / David J Rowlands / Nicola J Stonehouse /
要旨: Following the success of global vaccination programmes using the live-attenuated oral and inactivated poliovirus vaccines (OPV and IPV), wild poliovirus (PV) is now only endemic in Afghanistan and ...Following the success of global vaccination programmes using the live-attenuated oral and inactivated poliovirus vaccines (OPV and IPV), wild poliovirus (PV) is now only endemic in Afghanistan and Pakistan. However, the continued use of these vaccines poses potential risks to the eradication of PV. The production of recombinant PV virus-like particles (VLPs), which lack the viral genome offer great potential as next-generation vaccines for the post-polio world. We have previously reported production of PV VLPs using , however, these VLPs were in the non-native conformation (C Ag), which would not produce effective protection against PV. Here, we build on this work and show that it is possible to produce wt PV-3 and thermally stabilised PV-3 (referred to as PV-3 SC8) VLPs in the native conformation (D Ag) using . We show that the PV-3 SC8 VLPs provide a much-improved D:C antigen ratio as compared to wt PV-3, whilst exhibiting greater thermostability than the current IPV vaccine. Finally, we determine the cryo-EM structure of the yeast-derived PV-3 SC8 VLPs and compare this to previously published PV-3 D Ag structures, highlighting the similarities between these recombinantly expressed VLPs and the infectious virus, further emphasising their potential as a next-generation vaccine candidate for PV.
履歴
登録2022年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15543.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15543.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Half map after RELION 3D refinement. Contour level recommended based on viewing in UCSF chimeraX
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 450 pix.
= 369. Å		0.82 Å/pix.
x 450 pix.
= 369. Å		0.82 Å/pix.
x 450 pix.
= 369. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.13615467 - 0.23435937
平均 (標準偏差)0.0017614996 (±0.015325013)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 369.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map after RELION 3D refinement. Contour level...

ファイルemd_15543_half_map_1.map
注釈Half map after RELION 3D refinement. Contour level recommended based on viewing in UCSF chimeraX.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map after RELION 3D refinement. Contour level...

ファイルemd_15543_half_map_2.map
注釈Half map after RELION 3D refinement. Contour level recommended based on viewing in UCSF chimeraX.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human poliovirus 3

全体名称: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
要素
  • ウイルス: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE

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超分子 #1: Human poliovirus 3

超分子名称: Human poliovirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Recombinantly expressed virus-like particle of PV3 (strain Saukett).
NCBI-ID: 12086 / 生物種: Human poliovirus 3 / Sci species strain: Saukett / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.85 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Virus shell 1 / 直径: 310.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein, VP1

分子名称: Capsid protein, VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
分子量理論値: 33.562785 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: GIEDLITEVA QGALTLSLPK QQDSLPDTKA SGPAHSKEVP ALTAVETGAT NPLVPSDTVQ TRHVIQRRSR SESTIESFFA RGACVAIIE VDNEEPTTRA QKLFAMWRIT YKDTVQLRRK LEFFTYSRFD MELTFVVTAN FTNTNNGHAL NQVYQIMYIP P GAPTPKSW ...文字列:
GIEDLITEVA QGALTLSLPK QQDSLPDTKA SGPAHSKEVP ALTAVETGAT NPLVPSDTVQ TRHVIQRRSR SESTIESFFA RGACVAIIE VDNEEPTTRA QKLFAMWRIT YKDTVQLRRK LEFFTYSRFD MELTFVVTAN FTNTNNGHAL NQVYQIMYIP P GAPTPKSW DDYTWQTSSN PSIFYTYGAA PARISVPYVG LANAYSHFYD GFAKVPLKTD ANDQIGDSLY SAMTVDDFGV LA IRVVNDH NPTKVTSKVR IYMKPKHVRV WCPRPPRAVP YYGPGVDYKD NLNPLSEKGL TTY

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid protein, VP0

分子名称: Capsid protein, VP0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Sequence is given for the VP0 polypeptide. Mutations are numbered according to sequence numbering for mature polypeptides VP2 and VP4.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
分子量理論値: 37.623023 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MGAQVSSQKV GAHENSNRAY GGSTINYTTI NYYKDSASNA ASKQDYSQDP SKFTEPLKDV LIKTAPALNS PNVEACGYSD RVLQLTIGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE FIRDDEANPV DQPTEPDVAT CRFYTLDTVM WGKESKGWWW KLPDALRDMG L FGQNMYYH ...文字列:
MGAQVSSQKV GAHENSNRAY GGSTINYTTI NYYKDSASNA ASKQDYSQDP SKFTEPLKDV LIKTAPALNS PNVEACGYSD RVLQLTIGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE FIRDDEANPV DQPTEPDVAT CRFYTLDTVM WGKESKGWWW KLPDALRDMG L FGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAIPE YCLAGDSDKQ RYTSYANANP GEKGGKFYSQ FNRDTAVTSP KR EFCPVDY LLGCGVLLGN AFVYPHQIIN LRTNNSATIV LPYVNAMAID SMVKHNNWGI AILPLSPLDF AQESSVEIPI TVT IAPMCS EFNGLRNVTA PKFQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Capsid protein, VP3

分子名称: Capsid protein, VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
分子量理論値: 26.3151 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: GLPVLNTPGS NQYLTSDNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPLNLENT KRNTMDMYRV TLSDSADLSQ PILCFSLSP ASDPRLSHTM LGEVLNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK ILVAYAPPGA QPPTSRKEAM LGTHVIWDLG L QSSCTMVV ...文字列:
GLPVLNTPGS NQYLTSDNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPLNLENT KRNTMDMYRV TLSDSADLSQ PILCFSLSP ASDPRLSHTM LGEVLNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK ILVAYAPPGA QPPTSRKEAM LGTHVIWDLG L QSSCTMVV PWISNVTYRQ TTQDSFTEGG YISMFYQTRI VVPLSTPKSM SMLGFVSACN DFSVRLLRDT THISQSALPQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 構成要素:
濃度名称
1.0 xDPBS
20.0 mMEDTA
/ 詳細: 1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: The specific type of grid used was Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon AGS187-4 from Agar Scientific.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Double blotting with 4 ul of sample, followed by 4 second blot, before plunging..
詳細Virus-like particle purified by sucrose density gradient purification from Pichia pastoris cells.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3717 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 / 詳細: Pixel sampling of 0.82 A/pixel.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 60975 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Pixels size was 0.82 A/pixel
粒子像選択選択した数: 10744
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3747


詳細: Startup model was low pass filtered to 60 Angstroms.
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
詳細: Final reconstruction was sharpened with Post-processing in RELION using an inverse B-factor of -69.1 Angstroms.
使用した粒子像数: 2712
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 829 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6z6w


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Initial model was rigid body fitted using UCSF chimera and Coot. Global minimization and B-factor refinement was performed in real space using phenix_real.space.refine.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8anw:
Poliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle (PV3 SC8).

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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