+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15291 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Inactive levan utilisation machinery (utilisome) in the presence of levan fructo-oligosaccharides DP 15-25 | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened map from post-processing with an ad-hoc low-pass filter of 3.2 | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | Membrane protein transporter / glycan transporter / SusCD / utilisome / TonB dependent transporter / TBDT / TRANSPORT PROTEIN / levan | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-fructofuranosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell outer membrane / carbohydrate metabolic process / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | White JBR / Silale A / Ranson NA / van den Berg B | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Outer membrane utilisomes mediate glycan uptake in gut Bacteroidetes. 著者: Joshua B R White / Augustinas Silale / Matthew Feasey / Tiaan Heunis / Yiling Zhu / Hong Zheng / Akshada Gajbhiye / Susan Firbank / Arnaud Baslé / Matthias Trost / David N Bolam / Bert van ...著者: Joshua B R White / Augustinas Silale / Matthew Feasey / Tiaan Heunis / Yiling Zhu / Hong Zheng / Akshada Gajbhiye / Susan Firbank / Arnaud Baslé / Matthias Trost / David N Bolam / Bert van den Berg / Neil A Ranson / 要旨: Bacteroidetes are abundant members of the human microbiota, utilizing a myriad of diet- and host-derived glycans in the distal gut. Glycan uptake across the bacterial outer membrane of these bacteria ...Bacteroidetes are abundant members of the human microbiota, utilizing a myriad of diet- and host-derived glycans in the distal gut. Glycan uptake across the bacterial outer membrane of these bacteria is mediated by SusCD protein complexes, comprising a membrane-embedded barrel and a lipoprotein lid, which is thought to open and close to facilitate substrate binding and transport. However, surface-exposed glycan-binding proteins and glycoside hydrolases also play critical roles in the capture, processing and transport of large glycan chains. The interactions between these components in the outer membrane are poorly understood, despite being crucial for nutrient acquisition by our colonic microbiota. Here we show that for both the levan and dextran utilization systems of Bacteroides thetaiotaomicron, the additional outer membrane components assemble on the core SusCD transporter, forming stable glycan-utilizing machines that we term utilisomes. Single-particle cryogenic electron microscopy structures in the absence and presence of substrate reveal concerted conformational changes that demonstrate the mechanism of substrate capture, and rationalize the role of each component in the utilisome. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15291.map.gz | 10.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-15291-v30.xml emd-15291.xml | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15291_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15291.png | 87 KB | ||
マスクデータ | emd_15291_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_15291_half_map_1.map.gz emd_15291_half_map_2.map.gz | 80.6 MB 80.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15291 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15291 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8aa2MC 7znrC 7znsC 8a9yC 8aa0C 8aa1C 8aa3C 8aa4C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15291.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened map from post-processing with an ad-hoc low-pass filter of 3.2 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15291_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15291_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15291_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Inactive levan utilisation machinery (utilisome) with levan fruct...
全体 | 名称: Inactive levan utilisation machinery (utilisome) with levan fructo-oligosaccharides DP 15-25 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Inactive levan utilisation machinery (utilisome) with levan fruct...
超分子 | 名称: Inactive levan utilisation machinery (utilisome) with levan fructo-oligosaccharides DP 15-25 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Levan utilisome composed of Bt1760-Bt1763. The levanase component, Bt1760, is inactivated (D42A mutation). The assembly includes bound levan fructo-oligosaccharides. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) |
-分子 #1: Glycoside hydrolase family 32
分子 | 名称: Glycoside hydrolase family 32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 |
分子量 | 理論値: 59.25591 KDa |
配列 | 文字列: MMKNMILPIA FTALIASMTA CSDETDPILT QKNWDGTATY FQSSDEHGFS MYYKPQVGFV GAPMPFYDPV AKDFKVMYLQ DYRPNPEAT YHPIFGVATK DGATYESLGE LISCGGRDEQ DAAIGTGGTI YNPADKLYYT FYTGNKFKPS SDQNAQVVMV A TSPDFKTW ...文字列: MMKNMILPIA FTALIASMTA CSDETDPILT QKNWDGTATY FQSSDEHGFS MYYKPQVGFV GAPMPFYDPV AKDFKVMYLQ DYRPNPEAT YHPIFGVATK DGATYESLGE LISCGGRDEQ DAAIGTGGTI YNPADKLYYT FYTGNKFKPS SDQNAQVVMV A TSPDFKTW TKNRTFYLKG DTYGYDKNDF RDPFLFQTED GVYHMLIATR KNGKGHIAEF TSADLKEWES AGTFMTMMWD RF YECPDVF KMGDWWYLIY SEQASFMRKV QYFKGRTLED LKATTANDAG IWPDNREGML DSRAFYAGKT ASDGTNRYIW GWC PTRAGN DNGNVGDVEP EWAGNLVAQR LIQHEDGTLT LGVPDAIDRK YTSAQEVKVM AKDGNMIESG KTYTLGEGAS VIFN RLKVH NKISFTVKTA SNTDRFGISF VRGTDSASWY SIHVNADEGK ANFEKDGDDA KYLFDNKFNI PADNEYRVTI YSDQS VCVT YINDQLSFTN RIYQMQKNPW SLCCYKGEIT VSDVQVSTY |
-分子 #2: DUF4960 domain-containing protein
分子 | 名称: DUF4960 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 |
分子量 | 理論値: 51.258098 KDa |
組換発現 | 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MKSIIKQLYT ILLVTVACLT VTGCSDDFKS GLRLDGDVWV NSIRLDEYAG TVDYQNKAIV VGVPYDYDIT RMVVTEMNLS EGAKASIAI GETIDFSLPV SLTVKNGDVQ MSYTITVKRD EAKILTFKLN DTYVGKVDQL SKTISVVVPL TVDITQLKGT F TVTDGATV ...文字列: MKSIIKQLYT ILLVTVACLT VTGCSDDFKS GLRLDGDVWV NSIRLDEYAG TVDYQNKAIV VGVPYDYDIT RMVVTEMNLS EGAKASIAI GETIDFSLPV SLTVKNGDVQ MSYTITVKRD EAKILTFKLN DTYVGKVDQL SKTISVVVPL TVDITQLKGT F TVTDGATV TPASGSIQDF TNPVTYTATY RSAVTPYVVT VTQGNVIPTA FVGTASSVSL LTSPEEKAAA QWMMDNVSMS EY ISFKDVV DGKVDLGKYT AIWWHFHADN GDNPPLPDDA KAAAEKFKVY YQNGGNLLLT RYATFYIANL GIAKDERVPN NSW GGNEDS PEITSAPWSF LITGSESHPL FQDLRWKDGD KSTVYTCDAG YAITNSTAQW HIGTDWGGYD DLNAWRNLTG GIDL AHGGD GAVVIAEFEP RSNSGRTLCI GSGCYDWYGK GVDASADYYH YNVEQMTLNA INYLCKHHHH HH |
-分子 #3: SusD homolog
分子 | 名称: SusD homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 |
分子量 | 理論値: 65.029414 KDa |
組換発現 | 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MKKIIYIATI GITLLTTSCD DFLDRQVPQG IVTGDQIASP EYVDNLVISA YAIWATGDDI NSSFSLWNYD VRSDDCYKGG SGTEDGGVF NALEISKGIN TTDWNINDIW KRLYQCITRA NTALQSLDQM DEKTYPLKNQ RIAEMRFLRG HAHFMLKQLF K KIVIVNDE ...文字列: MKKIIYIATI GITLLTTSCD DFLDRQVPQG IVTGDQIASP EYVDNLVISA YAIWATGDDI NSSFSLWNYD VRSDDCYKGG SGTEDGGVF NALEISKGIN TTDWNINDIW KRLYQCITRA NTALQSLDQM DEKTYPLKNQ RIAEMRFLRG HAHFMLKQLF K KIVIVNDE NMEPDAYNEL SNTTYTNDEQ WQKIADDFQF AYDNLPEVQI EKGRPAQAAA AAYLAKTYLY KAYRQDGADN AL TGINEED LKQVVKYTDP LIMAKGGYGL ETDYSMNFLP QYENGAESVW AIQYSINDGT YNGNLNWGMG LTTPQILGCC DFH KPSQNL VNAFKTDSQG KPLFSTYDNE NYEVATDNVD PRLFHTVGMP GFPYKYNEGY IIQKNDDWSR SKGLYGYYVS LKEN VDPDC DCLKKGSYWA SSLNHIVIRY ADVLLMRAEA LIQLNDGRIT DAISLINEVR SRAAGSTMLI FNYKEDYGVN FKVTP YDLK AYAQDEAMKM LKWERRVEFG MESSRFFDLV RWGEAKDVIN AYYVTEASRC SIYKNAGFTE NKNEYLPVPF EQISAS NGN YTQNFGW |
-分子 #4: SusC homolog
分子 | 名称: SusC homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 |
分子量 | 理論値: 115.483602 KDa |
組換発現 | 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MPGIMKNKKL LCSVCFLFAF MSALWGQNIT VKGNVTSKTD GQPIIGASVV ETTATTNGTI TDFDGNFTLS VPVNSTLKIT YIGYKPVTV KAAAIVNVLL EEDTQMVDEV VVTGYTTQRK ADLTGAVSVV KVDEIQKQGE NNPVKALQGR VPGMNITADG N PSGSATVR ...文字列: MPGIMKNKKL LCSVCFLFAF MSALWGQNIT VKGNVTSKTD GQPIIGASVV ETTATTNGTI TDFDGNFTLS VPVNSTLKIT YIGYKPVTV KAAAIVNVLL EEDTQMVDEV VVTGYTTQRK ADLTGAVSVV KVDEIQKQGE NNPVKALQGR VPGMNITADG N PSGSATVR IRGIGTLNNN DPLYIIDGVP TKAGMHELNG NDIESIQVLK DAASASIYGS RAANGVIIIT TKQGKKGQIK IN FDASVSA SMYQSKMNVL NTEQYGRAMW QAYVNDGENP NGNALGYAYN WGYNADGNPV LYGMTLSKYL DSKNTMPVAD TDW FDEITR TGVIQQYNLS VSNGSEKGSS FFSLGYYKNL GVIKDTDFDR FSARMNSDYK LIDDILTIGQ HFTLNRTSEV QAPG GIIET ALDIPSAIPV YASDGSWGGP VGGWPDRRNP RAVLEYNKDN RYTYWRMFGD AYVNLTPFKG FNLRSTFGLD YANKQ ARYF TYPYQEGTQT NNGKSAVEAK QEHWTKWMWN AIATYQLEVG KHRGDVMIGM ELNREDDSHF SGYKEDFSIL TPDYMW PDA GSGTAQAYGA GEGYSLVSFF GKMNYSYADR YLLSLTLRRD GSSRFGKNHR YATFPSVSLG WRITQENFMK ELTWLDD LK LRASWGQTGN QEISNLARYT IYAPNYGTTD SFGGQSYGTA YDITGSNGGG VLPSGFKRNQ IGNDNIKWET TTQTNVGI D FSLFKQSLYG SLEYYYKKAT DILTEMAGVG VLGEGGSRWI NSGAMKNQGF EFNLGYRNKT AFGLTYDLNG NISTYRNEI LELPETVAAN GKFGGNGVKS VVGHTYGAQV GYIADGIFKS QDEVDNHATQ EGAAVGRIRY RDIDHNGVID ERDQNWIYDP TPSFSYGLN IYLEYKNFDL TMFWQGVQGV DIISDVKKKS DFWSASNVGF LNKGTRLLNA WSPTNPNSDI PALTRSDTNN E QRVSTYFV ENGSFLKLRN IQLGYTVPAV ISKKMRMDRL RFYCSAQNLL TIKSKNFTGE DPENPNFSYP IPVNITFGLN IG F |
-分子 #9: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Supplemented with 0.5 mM levan fructo-oligosaccharides DP 15-25 | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 30 mA current | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 37.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |