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万見
- EMDB-15286: Full AAV3B-VP1KO virion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15286
タイトルFull AAV3B-VP1KO virion
マップデータSharpened cryo-EM map of the full AAV3B-VP1KO particle
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 3 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / Adeno-associated virus - 3 (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Arriaga I / Abrescia NGA
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Hum Gene Ther / 年: 2022
タイトル: Cellular and Structural Characterization of VP1 and VP2 Knockout Mutants of AAV3B Serotype and Implications for AAV Manufacturing.
著者: Iker Arriaga / Aitor Navarro / Amaia Etxabe / César Trigueros / R Jude Samulski / Philippe Moullier / Achille François / Nicola G A Abrescia /
要旨: AAV virion biology is still lacking a complete understanding of the role that the various structural subunits (VP1, 2, and 3) play in virus assembly, infectivity, and therapeutic delivery for ...AAV virion biology is still lacking a complete understanding of the role that the various structural subunits (VP1, 2, and 3) play in virus assembly, infectivity, and therapeutic delivery for clinical indications. In this study, we focus on the less studied adeno-associated virus AAV3B and generate a collection of AAV plasmid substrates that assemble virion particles deficient specifically in VP1, VP2, or VP1 and 2 structural subunits. Using a collection of biological and structural assays, we observed that virions devoid of VP1, VP2, or VP1 and 2 efficiently assembled virion particles, indistinguishable by cryoelectron microscopy (cryo-EM) from that of wild type (WT), but unique in virion transduction (WT > VP2 > VP1 > VP1 and 2 mutants). We also observed that the missing structural subunit was mostly compensated by additional VP3 protomers in the formed virion particle. Using cryo-EM analysis, virions fell into three classes, namely full, empty, and partially filled, based on comparison of density values within the capsid. Further, we characterize virions described as "broken" or "disassembled" particles, and provide structural information that supports the particle dissolution occurring through the two-fold symmetry sites. Finally, we highlight the unique value of employing cryo-EM as an essential tool for release criteria with respect to AAV manufacturing.
履歴
登録2022年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15286.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened cryo-EM map of the full AAV3B-VP1KO particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.56 Å/pix.
x 300 pix.
= 466.8 Å		1.56 Å/pix.
x 300 pix.
= 466.8 Å		1.56 Å/pix.
x 300 pix.
= 466.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.556 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.15927657 - 0.32582143
平均 (標準偏差)0.0012129318 (±0.019890256)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 466.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Reconstruction of the final iteration of the 3D...

ファイルemd_15286_additional_1.map
注釈Reconstruction of the final iteration of the 3D auto refinement of the full AAV3B-VP1KO particle
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half-1 map of the 3D auto refinement...

ファイルemd_15286_half_map_1.map
注釈Unfiltered half-1 map of the 3D auto refinement of the full AAV3B-VP1KO particle
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half-2 map of the 3D auto refinement...

ファイルemd_15286_half_map_2.map
注釈Unfiltered half-2 map of the 3D auto refinement of the full AAV3B-VP1KO particle
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus - 3

全体名称: Adeno-associated virus - 3 (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 3 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1

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超分子 #1: Adeno-associated virus - 3

超分子名称: Adeno-associated virus - 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: For the recombinant production of the VP1KO virion, we used the Pro10TM cell line.
NCBI-ID: 46350 / 生物種: Adeno-associated virus - 3 / Sci species strain: 3B / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 260.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: For pXR3b-VP1KO, the ATG start codon of VP1 was changed to TGA, and the GAT codon of Asp4 was changed to GAC to remove an alternative ATG. Thus this sample only has VP2 and VP3.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.728281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TAPGKKRPVD QSPQEPDSSS GVGKSGKQPA RKRLNFGQTG DSESVPDPQP LGEPPAAPTS LGSNTMASGG GAPMADNNEG ADGVGNSSG NWHCDSQWLG DRVITTSTRT WALPTYNNHL YKQISSQSGA SNDNHYFGYS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW Q RLINNNWG ...文字列:
TAPGKKRPVD QSPQEPDSSS GVGKSGKQPA RKRLNFGQTG DSESVPDPQP LGEPPAAPTS LGSNTMASGG GAPMADNNEG ADGVGNSSG NWHCDSQWLG DRVITTSTRT WALPTYNNHL YKQISSQSGA SNDNHYFGYS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW Q RLINNNWG FRPKKLSFKL FNIQVKEVTQ NDGTTTIANN LTSTVQVFTD SEYQLPYVLG SAHQGCLPPF PADVFMVPQY GY LTLNNGS QAVGRSSFYC LEYFPSQMLR TGNNFQFSYT FEDVPFHSSY AHSQSLDRLM NPLIDQYLYY LNRTQGTTSG TTN QSRLLF SQAGPQSMSL QARNWLPGPC YRQQRLSKTA NDNNNSNFPW TAASKYHLNG RDSLVNPGPA MASHKDDEEK FFPM HGNLI FGKEGTTASN AELDNVMITD EEEIRTTNPV ATEQYGTVAN NLQSSNTAPT TRTVNDQGAL PGMVWQDRDV YLQGP IWAK IPHTDGHFHP SPLMGGFGLK HPPPQIMIKN TPVPANPPTT FSPAKFASFI TQYSTGQVSV EIEWELQKEN SKRWNP EIQ YTSNYNKSVN VDFTVDTNGV YSEPRPIGTR YLTRNL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Parameters: 2 seconds of blot time, -2 offset value, after 45 seconds of incubation. Quantifoil Cu 300-mesh R1.2/1.3 holey-carbon grids with an extra layer of carbon on top added in-house..
詳細VP1KO 4.23E+13 vg/ml

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 2384 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 92000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 401717
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.13)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

20624

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 340947
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3kic

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8a9u:
Full AAV3B-VP1KO virion

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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