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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14971 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the indirubin-bound Hsp90-XAP2-AHR complex | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 GAF domain binding / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of B cell proliferation / cellular response to molecule of bacterial origin / regulation of adaptive immune response / : / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / HSP90-CDC37 chaperone complex ...GAF domain binding / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of B cell proliferation / cellular response to molecule of bacterial origin / regulation of adaptive immune response / : / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / HSP90-CDC37 chaperone complex / positive regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / dynein axonemal particle / histone methyltransferase binding / regulation of protein kinase A signaling / Xenobiotics / positive regulation of protein localization to cell surface / protein targeting to mitochondrion / ATP-dependent protein binding / protein kinase regulator activity / Phase I - Functionalization of compounds / protein maturation by protein folding / negative regulation of protein metabolic process / positive regulation of tau-protein kinase activity / telomerase holoenzyme complex assembly / Respiratory syncytial virus genome replication / Uptake and function of diphtheria toxin / TPR domain binding / blood vessel development / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / E-box binding / dendritic growth cone / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / TFIID-class transcription factor complex binding / aryl hydrocarbon receptor binding / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / The NLRP3 inflammasome / regulation of protein ubiquitination / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / telomere maintenance via telomerase / chaperone-mediated protein complex assembly / HSF1 activation / Attenuation phase / cellular response to interleukin-4 / Endogenous sterols / RHOBTB2 GTPase cycle / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / axonal growth cone / DNA polymerase binding / supramolecular fiber organization / cellular response to cAMP / cellular response to forskolin / positive regulation of telomerase activity / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / xenobiotic metabolic process / cAMP-mediated signaling / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of cell differentiation / ATP-dependent protein folding chaperone / peptide binding / circadian regulation of gene expression / Hsp90 protein binding / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / placenta development / tau protein binding / PPARA activates gene expression / response to toxic substance / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / transcription coactivator binding / kinase binding / negative regulation of inflammatory response / histone deacetylase binding / Chaperone Mediated Autophagy / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / nuclear receptor activity / regulation of protein localization / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / double-stranded RNA binding / disordered domain specific binding / unfolded protein binding / melanosome / protein folding / MHC class II protein complex binding / cellular response to heat / regulation of gene expression / secretory granule lumen / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gruszczyk J / Savva CG / Lai-Kee-Him J / Bous J / Ancelin A / Kwong HS / Grandvuillemin L / Bourguet W | ||||||||||||
資金援助 | European Union, フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of the agonist-bound Hsp90-XAP2-AHR cytosolic complex. 著者: Jakub Gruszczyk / Loïc Grandvuillemin / Josephine Lai-Kee-Him / Matteo Paloni / Christos G Savva / Pierre Germain / Marina Grimaldi / Abdelhay Boulahtouf / Hok-Sau Kwong / Julien Bous / ...著者: Jakub Gruszczyk / Loïc Grandvuillemin / Josephine Lai-Kee-Him / Matteo Paloni / Christos G Savva / Pierre Germain / Marina Grimaldi / Abdelhay Boulahtouf / Hok-Sau Kwong / Julien Bous / Aurélie Ancelin / Cherine Bechara / Alessandro Barducci / Patrick Balaguer / William Bourguet / 要旨: The aryl hydrocarbon receptor (AHR) is a ligand-dependent transcription factor that mediates a broad spectrum of (patho)physiological processes in response to numerous substances including ...The aryl hydrocarbon receptor (AHR) is a ligand-dependent transcription factor that mediates a broad spectrum of (patho)physiological processes in response to numerous substances including pollutants, natural products and metabolites. However, the scarcity of structural data precludes understanding of how AHR is activated by such diverse compounds. Our 2.85 Å structure of the human indirubin-bound AHR complex with the chaperone Hsp90 and the co-chaperone XAP2, reported herein, reveals a closed conformation Hsp90 dimer with AHR threaded through its lumen and XAP2 serving as a brace. Importantly, we disclose the long-awaited structure of the AHR PAS-B domain revealing a unique organisation of the ligand-binding pocket and the structural determinants of ligand-binding specificity and promiscuity of the receptor. By providing structural details of the molecular initiating event leading to AHR activation, our study rationalises almost forty years of biochemical data and provides a framework for future mechanistic studies and structure-guided drug design. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14971.map.gz | 8.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14971-v30.xml emd-14971.xml | 25.1 KB 25.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14971_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14971.png | 85.1 KB | ||
マスクデータ | emd_14971_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_14971_half_map_1.map.gz emd_14971_half_map_2.map.gz | 98.3 MB 98.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14971 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14971 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14971_validation.pdf.gz | 603.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14971_full_validation.pdf.gz | 603.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14971_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14971_validation.cif.gz | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14971 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14971 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zubMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14971.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.086 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14971_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14971_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14971_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Hsp90-XAP2-AHR complex
全体 | 名称: Hsp90-XAP2-AHR complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Hsp90-XAP2-AHR complex
超分子 | 名称: Hsp90-XAP2-AHR complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 256 KDa |
-分子 #1: Heat shock protein HSP 90-beta
分子 | 名称: Heat shock protein HSP 90-beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 84.213141 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHPEE VHHGEEEVET FAFQAEIAQL MSLIINTFYS NKEIFLRELI SNASDALDKI RYESLTDPSK LDSGKELKID IIPNPQERT LTLVDTGIGM TKADLINNLG TIAKSGTKAF MEALQAGADI SMIGQFGVGF YSAYLVAEKV VVITKHNDDE Q YAWESSAG ...文字列: MHHHHHHPEE VHHGEEEVET FAFQAEIAQL MSLIINTFYS NKEIFLRELI SNASDALDKI RYESLTDPSK LDSGKELKID IIPNPQERT LTLVDTGIGM TKADLINNLG TIAKSGTKAF MEALQAGADI SMIGQFGVGF YSAYLVAEKV VVITKHNDDE Q YAWESSAG GSFTVRADHG EPIGRGTKVI LHLKEDQTEY LEERRVKEVV KKHSQFIGYP ITLYLEKERE KEISDDEAEE EK GEKEEED KDDEEKPKIE DVGSDEEDDS GKDKKKKTKK IKEKYIDQEE LNKTKPIWTR NPDDITQEEY GEFYKSLTND WED HLAVKH FSVEGQLEFR ALLFIPRRAP FDLFENKKKK NNIKLYVRRV FIMDSCDELI PEYLNFIRGV VDSEDLPLNI SREM LQQSK ILKVIRKNIV KKCLELFSEL AEDKENYKKF YEAFSKNLKL GIHEDSTNRR RLSELLRYHT SQSGDEMTSL SEYVS RMKE TQKSIYYITG ESKEQVANSA FVERVRKRGF EVVYMTEPID EYCVQQLKEF DGKSLVSVTK EGLELPEDEE EKKKME ESK AKFENLCKLM KEILDKKVEK VTISNRLVSS PCCIVTSTYG WTANMERIMK AQALRDNSTM GYMMAKKHLE INPDHPI VE TLRQKAEADK NDKAVKDLVV LLFETALLSS GFSLEDPQTH SNRIYRMIKL GLGIDEDEVA AEEPNAAVPD EIPPLEGD E DASRMEEVD |
-分子 #2: AH receptor-interacting protein
分子 | 名称: AH receptor-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.691047 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MADIIARLRE DGIQKRVIQE GRGELPDFQD GTKATFHYRT LHSDDEGTVL DDSRARGKPM ELIIGKKFKL PVWETIVCTM REGEIAQFL CDIKHVVLYP LVAKSLRNIA VGKDPLEGQR HCCGVAQMRE HSSLGHADLD ALQQNPQPLI FHMEMLKVES P GTYQQDPW ...文字列: MADIIARLRE DGIQKRVIQE GRGELPDFQD GTKATFHYRT LHSDDEGTVL DDSRARGKPM ELIIGKKFKL PVWETIVCTM REGEIAQFL CDIKHVVLYP LVAKSLRNIA VGKDPLEGQR HCCGVAQMRE HSSLGHADLD ALQQNPQPLI FHMEMLKVES P GTYQQDPW AMTDEEKAKA VPLIHQEGNR LYREGHVKEA AAKYYDAIAC LKNLQMKEQP GSPEWIQLDQ QITPLLLNYC QC KLVVEEY YEVLDHCSSI LNKYDDNVKA YFKRGKAHAA VWNAQEAQAD FAKVLELDPA LAPVVSRELQ ALEARIRQKD EED KARFRG IFSH |
-分子 #3: Aryl hydrocarbon receptor
分子 | 名称: Aryl hydrocarbon receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.767879 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: APNSMNSSSA NITYASRKRR KPVQKTVKPI PAEGIKSNPS KRHRDRLNTE LDRLASLLPF PQDVINKLDK LSVLRLSVSY LRAKSFFDV ALKSSPTERN GGQDNCRAAN FREGLNLQEG EFLLQALNGF VLVVTTDALV FYASSTIQDY LGFQQSDVIH Q SVYELIHT ...文字列: APNSMNSSSA NITYASRKRR KPVQKTVKPI PAEGIKSNPS KRHRDRLNTE LDRLASLLPF PQDVINKLDK LSVLRLSVSY LRAKSFFDV ALKSSPTERN GGQDNCRAAN FREGLNLQEG EFLLQALNGF VLVVTTDALV FYASSTIQDY LGFQQSDVIH Q SVYELIHT EDRAEFQRQL HWALNPSQCT ESGQGIEEAT GLPQTVVCYN PDQIPPENSP LMERCFICRL RCLLDNSSGF LA MNFQGKL KYLHGQKKKG KDGSILPPQL ALFAIATPLQ PPSILEIRTK NFIFRTKHKL DFTPIGCDAK GRIVLGYTEA ELC TRGSGY QFIHAADMLY CAESHIRMIK TGESGMIVFR LLTKNNRWTW VQSNARLLYK NGRPDYIIVT QRPLTDEEGT EHLR KRNTK LPFMFTTGEA VLYEATNPFP AIMDPLPLRT KNGTSG |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: MOLYBDATE ION
分子 | 名称: MOLYBDATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MOO |
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分子量 | 理論値: 159.938 Da |
Chemical component information | ChemComp-MOO: |
-分子 #7: (3~{Z})-3-(3-oxidanylidene-1~{H}-indol-2-ylidene)-1~{H}-indol-2-one
分子 | 名称: (3~{Z})-3-(3-oxidanylidene-1~{H}-indol-2-ylidene)-1~{H}-indol-2-one タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: JY6 |
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分子量 | 理論値: 262.263 Da |
Chemical component information | ChemComp-JY6: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 20.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9300 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 1.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |