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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14926 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of 60S ribosomal subunit from S. cerevisiae with eIF6 and tRNA | ||||||||||||
マップデータ | locally filtered and refined map of the ribosomal 60S subunit | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) ...maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / translational termination / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / baker's yeast (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Best KM / Ikeuchi K / Kater L / Best DM / Musial J / Matsuo Y / Berninghausen O / Becker T / Inada T / Beckmann R | ||||||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis for clearing of ribosome collisions by the RQT complex. 著者: Katharina Best / Ken Ikeuchi / Lukas Kater / Daniel Best / Joanna Musial / Yoshitaka Matsuo / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Toshifumi Inada / Roland Beckmann / 要旨: Translation of aberrant messenger RNAs can cause stalling of ribosomes resulting in ribosomal collisions. Collided ribosomes are specifically recognized to initiate stress responses and quality ...Translation of aberrant messenger RNAs can cause stalling of ribosomes resulting in ribosomal collisions. Collided ribosomes are specifically recognized to initiate stress responses and quality control pathways. Ribosome-associated quality control facilitates the degradation of incomplete translation products and requires dissociation of the stalled ribosomes. A central event is therefore the splitting of collided ribosomes by the ribosome quality control trigger complex, RQT, by an unknown mechanism. Here we show that RQT requires accessible mRNA and the presence of a neighboring ribosome. Cryogenic electron microscopy of RQT-ribosome complexes reveals that RQT engages the 40S subunit of the lead ribosome and can switch between two conformations. We propose that the Ski2-like helicase 1 (Slh1) subunit of RQT applies a pulling force on the mRNA, causing destabilizing conformational changes of the small ribosomal subunit, ultimately resulting in subunit dissociation. Our findings provide conceptual framework for a helicase-driven ribosomal splitting mechanism. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018 タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography. 著者: Afonine PV / Poon BK / Read RJ / Sobolev OV / Terwilliger TC / Urzhumtsev A / Adams PD | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14926.map.gz | 25.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14926-v30.xml emd-14926.xml | 68.9 KB 68.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14926_fsc.xml | 18.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14926.png | 101.2 KB | ||
マスクデータ | emd_14926_msk_1.map | 669.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_14926_half_map_1.map.gz emd_14926_half_map_2.map.gz | 622.5 MB 622.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14926 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14926 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14926_validation.pdf.gz | 916.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14926_full_validation.pdf.gz | 916.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14926_validation.xml.gz | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14926_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14926 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14926 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14926.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | locally filtered and refined map of the ribosomal 60S subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14926_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap 1 of the 60S
ファイル | emd_14926_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap 1 of the 60S | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap 2 of the 60S
ファイル | emd_14926_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap 2 of the 60S | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 60S ribosome
+超分子 #1: 60S ribosome
+超分子 #2: rRNA
+超分子 #3: ribosomal proteins
+分子 #1: 25S ribosomal RNA
+分子 #2: 5S ribosomal RNA
+分子 #3: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #5: tRNA
+分子 #4: Eukaryotic translation initiation factor 6
+分子 #6: 60S ribosomal protein L42-A
+分子 #7: 60S ribosomal protein L43-A
+分子 #8: 60S ribosomal protein L2-A
+分子 #9: 60S ribosomal protein L3
+分子 #10: 60S ribosomal protein L4-A
+分子 #11: 60S ribosomal protein L5
+分子 #12: 60S ribosomal protein L6-A
+分子 #13: 60S ribosomal protein L7-A
+分子 #14: 60S ribosomal protein L8-A
+分子 #15: 60S ribosomal protein L9-A
+分子 #16: 60S ribosomal protein L11-B
+分子 #17: 60S ribosomal protein L13-A
+分子 #18: 60S ribosomal protein L14-A
+分子 #19: 60S ribosomal protein L15-A
+分子 #20: 60S ribosomal protein L16-A
+分子 #21: 60S ribosomal protein L17-A
+分子 #22: 60S ribosomal protein L18-A
+分子 #23: 60S ribosomal protein L19-A
+分子 #24: 60S ribosomal protein L20-A
+分子 #25: 60S ribosomal protein L21-A
+分子 #26: 60S ribosomal protein L22-A
+分子 #27: 60S ribosomal protein L23-A
+分子 #28: 60S ribosomal protein L24-A
+分子 #29: 60S ribosomal protein L25
+分子 #30: 60S ribosomal protein L26-A
+分子 #31: 60S ribosomal protein L27-A
+分子 #32: 60S ribosomal protein L28
+分子 #33: 60S ribosomal protein L29
+分子 #34: 60S ribosomal protein L30
+分子 #35: 60S ribosomal protein L31-A
+分子 #36: 60S ribosomal protein L32
+分子 #37: 60S ribosomal protein L33-A
+分子 #38: 60S ribosomal protein L34-A
+分子 #39: 60S ribosomal protein L35-A
+分子 #40: 60S ribosomal protein L36-A
+分子 #41: 60S ribosomal protein L37-A
+分子 #42: 60S ribosomal protein L38
+分子 #43: 60S ribosomal protein L39
+分子 #44: 60S ribosomal protein L40-A
+分子 #45: 60S ribosomal protein L10
+分子 #46: UNKNOWN
+分子 #47: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R3/3 / 支持フィルム - 材質: CARBON |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 25072 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
FSC曲線 (解像度の算出) |