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- EMDB-14881: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14881
タイトルChaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS (composite structure)
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS
    • タンパク質・ペプチド: Double-strand break repair protein
    • タンパク質・ペプチド: DH domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: FHA domain-containing protein
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードDNA repair / complex / ATPase / coiled-coils / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / Mre11 complex / meiotic DNA double-strand break formation / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / G-quadruplex DNA binding / double-stranded telomeric DNA binding / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / telomere maintenance via recombination / single-stranded telomeric DNA binding ...mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / Mre11 complex / meiotic DNA double-strand break formation / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / G-quadruplex DNA binding / double-stranded telomeric DNA binding / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / telomere maintenance via recombination / single-stranded telomeric DNA binding / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA duplex unwinding / 3'-5'-DNA exonuclease activity / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / manganese ion binding / double-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rad50, eukaryotes / Nibrin, second BRCT domain / Nibrin, second BRCT domain superfamily / Second BRCT domain on Nijmegen syndrome breakage protein / Nibrin-related / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain ...DNA repair protein Rad50, eukaryotes / Nibrin, second BRCT domain / Nibrin, second BRCT domain superfamily / Second BRCT domain on Nijmegen syndrome breakage protein / Nibrin-related / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / SMAD/FHA domain superfamily / Metallo-dependent phosphatase-like / BRCT domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-strand break repair protein MRE11 / FHA domain-containing protein / DNA repair protein RAD50
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類) / Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Rotheneder M / Stakyte K / Bartho JD / Lammens K / Hopfner KP
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)CRC1361 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1361 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the Mre11-Rad50-Nbs1 complex reveals the molecular mechanism of scaffolding functions.
著者: Matthias Rotheneder / Kristina Stakyte / Erik van de Logt / Joseph D Bartho / Katja Lammens / Yilan Fan / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Christophe Jung / Wynand P Roos / Barbara ...著者: Matthias Rotheneder / Kristina Stakyte / Erik van de Logt / Joseph D Bartho / Katja Lammens / Yilan Fan / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Christophe Jung / Wynand P Roos / Barbara Steigenberger / Karl-Peter Hopfner /
要旨: The DNA double-strand break repair complex Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) detects and nucleolytically processes DNA ends, activates the ATM kinase, and tethers DNA at break sites. How MRN can act both as ...The DNA double-strand break repair complex Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) detects and nucleolytically processes DNA ends, activates the ATM kinase, and tethers DNA at break sites. How MRN can act both as nuclease and scaffold protein is not well understood. The cryo-EM structure of MRN from Chaetomium thermophilum reveals a 2:2:1 complex with a single Nbs1 wrapping around the autoinhibited Mre11 nuclease dimer. MRN has two DNA-binding modes, one ATP-dependent mode for loading onto DNA ends and one ATP-independent mode through Mre11's C terminus, suggesting how it may interact with DSBs and intact DNA. MRNs two 60-nm-long coiled-coil domains form a linear rod structure, the apex of which is assembled by the two joined zinc-hook motifs. Apices from two MRN complexes can further dimerize, forming 120-nm spanning MRN-MRN structures. Our results illustrate the architecture of MRN and suggest how it mechanistically integrates catalytic and tethering functions.
履歴
登録2022年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14881.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14881.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.03328 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.1863173 - 3.1334965
平均 (標準偏差)0.0002549034 (±0.010006834)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 813.3121 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS

全体名称: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS
要素
  • 複合体: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS
    • タンパク質・ペプチド: Double-strand break repair protein
    • タンパク質・ペプチド: DH domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: FHA domain-containing protein
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS

超分子名称: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

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分子 #1: Double-strand break repair protein

分子名称: Double-strand break repair protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 83.036273 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPQTAGPDTI RILVSTDNHV GYEERDPIRK DDSWRTFDEI MQLARTKDVD MVLLGGDLFH DNKPSRKAMY QVMRSLRKNC LGMKPCELE FLSDPAEVFE GAFPHVNYYD PDINVSIPVF SIHGNHDDPS GDGHLCSLDL LQVAGLVNYF GRVPEADNIH V KPILLQKG ...文字列:
MPQTAGPDTI RILVSTDNHV GYEERDPIRK DDSWRTFDEI MQLARTKDVD MVLLGGDLFH DNKPSRKAMY QVMRSLRKNC LGMKPCELE FLSDPAEVFE GAFPHVNYYD PDINVSIPVF SIHGNHDDPS GDGHLCSLDL LQVAGLVNYF GRVPEADNIH V KPILLQKG KTKLALYGMS NVRDERIHRT FRDNKVRFYR PSQQTGDWFN LLTLHQNHYA HTPTGYLSEN MLPDFLDLVI WG HEHECLI DPKKNPETGF HVMQPGSSIA TSLVPGEAVP KHIAILSITG KSFEVEKIPL RTVRPFVIRE ITLATDKRFK GLE KKQDNR QEVTKRLMQI VEEMIAEANE MWRSLHEDSQ DDEDEEQPLP LIRLKVEYSS PEGTKFEVEN PQRFSNRFAG KVAN QNDVV HFYRKKTGTT RKPKEGKREL PEGIAEALED SDSISVDALV QEFFAQQSLK ILPQAPFGDA VNQFVSKDDK HAVEM FVMD SLSSQVRGLL QLDDDKINEG LDSHIEDFRK VMEKNFLSGQ QKQAQRRRRF KEKPEGWDSD LNGHWTLQPE AIEELS SSP EPAKEGGRVR PASRITVGDE DNLFEEEEFV QKTTAKRAPT TRATRKTAAA TRATTATKAS APAKKSIAAP RGRKRAN PF QDSAEEEEDV IMDDDDDYKP APPVKAPPPK PARETQTRGA PKTRQTTLNF SQAERPTRTT QKAIEISDDE ISEDDAFE S MPARKSKRY

UniProtKB: Double-strand break repair protein MRE11

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分子 #2: DH domain-containing protein

分子名称: DH domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 152.229906 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSKIEKLSIL GVRSFGPHHP ETIAFNTPLT LIVGYNGSGK TTVIECLKYA TTGELPPNST RNGAFIHDPD LVGEKEVRAQ VKLSFRSTI GESYVVTRNI QLLVQRNNKR TQKTLEGSLL LRNNGERTVI STRVAELDKL VSEKLGVPPA ILDAVIFCHQ D DSLWPMSE ...文字列:
MSKIEKLSIL GVRSFGPHHP ETIAFNTPLT LIVGYNGSGK TTVIECLKYA TTGELPPNST RNGAFIHDPD LVGEKEVRAQ VKLSFRSTI GESYVVTRNI QLLVQRNNKR TQKTLEGSLL LRNNGERTVI STRVAELDKL VSEKLGVPPA ILDAVIFCHQ D DSLWPMSE PAALKKRFDE IFEAQKYTKV IENIRLLKKK KGDELKILKE REVQDKANKE RAEKVDRLMA QLTREILEAR EK CNELSKQ MEEESAKIKD KYEQANSFLK IMNDLQTKTE KLEYKKDAIV ELRSRIEELP DPDEVLRNTL DEYEQTINRI VAD RDHKAA QFHDLQAELK SARDQHTAKA AEQGKHQSDK EKYERQLVAR ERMIREAAER HEIRGYNGDL DDRRIAIFNE RIQK ILNDK RRELERLQRE NQEELDRKTA VIAERESRKQ SVIRDRKAAK DRIISLGKDM ASIQGELSSI DIDEGTEEML RAEMK ELQA RIEAAKADEQ NANLDAQIKE VNEEIWKLES LSAKLARELV ECTRLASERA QLDLRRKQLA ERKRELEIMT NTWNEQ FST LLGEGWRPET LERDFSDVLK QQQLLVGEHR KKKDATQQEL KQAEYQLSNA RNLHNKLTNE MEACMRAVQT AMKEARD LD SAPPVDEYIT MLETDEKELA EVETALKLYD ELKKHYSTIK DRALRFNKCY ICDRDFTNQE AAKTRLLEKV AKRLGDEE K KELLEDQAAF MKSLDILRAV RVKYDTYQRL SSELPQLSRE IDSETNRRED LVRRLEDQDL AFREADNKLQ EMETLNKHV MKITQLLKDI SDAEKQVERS QQLSNIETRS ADEINEEQTT CAEQTRAAQA KLTKLTAEKQ RLKDLVRQLE VERLQLENKI SSAVQQLER KKRLQESIAR HKEDQNQARN AVQEADEELE RLEPEIAGAR AALDEARQAC RAKEQKVAAE RDAIAQTVSE L NMINSEIQ EYLDRGGPSS LAANQRAIAN LETQMANLEG EMRELTVQIN KLNKEIDNSD AKKRNIADNL TYRKNLREKD AL EREIAEL EARNAQEDYD RLIKEAHYLE AHRSKLNADR ERLMGMMSTK DEEFRRLNEE YELDLKDAKA KYKETHIKVE TTK AAIEDL GRGMAAVDHA IMQYHSKMME QINRTIAELW QSTYQGTDID TIQIRSDVES TTSSDSGTRR NYNYRVSMVK GDTE MDMRG RCSAGQKVLA SIIIRLALAE SFCANCGLIA LDEPTTNLDS DNIRSLAESL HGIIKARQAQ GNLQLIVITH DEEFL KYMQ CSDFCDDFYR VKRDEKQNSV IVRESITRIT E

UniProtKB: DNA repair protein RAD50

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分子 #3: FHA domain-containing protein

分子名称: FHA domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 105.980812 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MWILESELFD GKRLWLRPGK TYLFGRTVAE AGQLTISDKT VSRKHLTIHI DNVPEGGGRN LRSRSNVIVE DLESKKGTLV NGVQIRGQK TTLTEDVNEI KLGLCPKTLK IRWHPIVLSF SFTSKELRAD PWTNLRDSLE QLDIKYSAEY EPTTTHVVSK K RNTSKGLQ ...文字列:
MWILESELFD GKRLWLRPGK TYLFGRTVAE AGQLTISDKT VSRKHLTIHI DNVPEGGGRN LRSRSNVIVE DLESKKGTLV NGVQIRGQK TTLTEDVNEI KLGLCPKTLK IRWHPIVLSF SFTSKELRAD PWTNLRDSLE QLDIKYSAEY EPTTTHVVSK K RNTSKGLQ ALINGRYIVT DSFINAIVQA TEIPEGEEGA SSALEQDFEA NWPNPLDHLP PRGEEPGNHT TETYAPDARR QE VFDGYTF IFYEKKQYDN LFPAISAGKG KALLKEVVPN RTRVDEFVRY VKSVAGEKGL GSFEDGSEGK GVVVVRYTPK GED SAWYAE FFTKFAQQLD HRPIDQKEFL EAILACDASM LRRPLEAMSQ PVSVSASVEP QSSEKVRPAV EDRKEVEQSA PKQL QPSAE VPATEESAPA PHRRERRTGR SRFKGFDFDD DDIIIETPQA QSSTQVPALP QVPSASQDSL FVSQREPSLA PSEPM LEEE APCNTRTTRQ THRKRVLSPL PEHDNSALLD EIAPITAAVK RRRIEAGQDP VPPLPEPEPE REDEDVEMVE ESPPRK GKK GAATTAKGKG KKIKQEDEEN VLELARRRRE EAEAAAAAER QRLAQLGDDD IDYAAIRRLH IIEEIEVRQP EPHGPNR TR EQDIADGRWD PRWNGRKNFK RFRRQGETGV RMPVQSVIVP LEEVRTKEYG IGDDYWLEDE EGRVPRRPKE TQTQERST I GSVRDGSGFA AAAASGKGKE KDKENEKEVG RPGSSAAAAK QRSKPAPRRT VLTLDSSDED EDEPSPHAPG IDTISDSEP EVVSSFPSVI PASEPSRSRA AKAAERANAL RSSAHSSQSQ TQQHRESQLS TGSSKIQLTL APGSSSLSFS RSGTAAGRNE NGKRPFGSF VSGESTASGR GMSVESGSVR GESASKRQKQ GSSGGGSFLA TRRKDDGSEE ESEDDELKFR FGRRR

UniProtKB: FHA domain-containing protein

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分子 #4: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.27 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 288443
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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