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万見
- EMDB-14435: Abortive infection DNA polymerase AbiK from Lactococcus lactis, Y... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14435
タイトルAbortive infection DNA polymerase AbiK from Lactococcus lactis, Y44F variant
マップデータ
試料
  • 複合体: Homohexamer of L. lactis AbiK Y44F mutant
    • タンパク質・ペプチド: AbiK
機能・相同性Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / metal ion binding / AbiK
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Figiel M / Gapinska M / Czarnocki-Cieciura M / Zajko W / Nowotny M
資金援助 ポーランド, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Foundation for Polish SciencePOIR.04.04.00-00-20E7/16-00 ポーランド
European Regional Development FundPOIG.02.02.00-14-024/08-00European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Mechanism of protein-primed template-independent DNA synthesis by Abi polymerases.
著者: Małgorzata Figiel / Marta Gapińska / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Weronika Zajko / Małgorzata Sroka / Krzysztof Skowronek / Marcin Nowotny
要旨: Abortive infection (Abi) is a bacterial antiphage defense strategy involving suicide of the infected cell. Some Abi pathways involve polymerases that are related to reverse transcriptases. They are ...Abortive infection (Abi) is a bacterial antiphage defense strategy involving suicide of the infected cell. Some Abi pathways involve polymerases that are related to reverse transcriptases. They are unique in the way they combine the ability to synthesize DNA in a template-independent manner with protein priming. Here, we report crystal and cryo-electron microscopy structures of two Abi polymerases: AbiK and Abi-P2. Both proteins adopt a bilobal structure with an RT-like domain that comprises palm and fingers subdomains and a unique helical domain. AbiK and Abi-P2 adopt a hexameric and trimeric configuration, respectively, which is unprecedented for reverse transcriptases. Biochemical experiments showed that the formation of these oligomers is required for the DNA polymerization activity. The structure of the AbiK-DNA covalent adduct visualized interactions between the 3' end of DNA and the active site and covalent attachment of the 5' end of DNA to a tyrosine residue used for protein priming. Our data reveal a structural basis of the mechanism of highly unusual template-independent protein-priming polymerases.
履歴
登録2022年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2022年10月5日-
現状2022年10月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14435.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.2418349 - 3.0248108
平均 (標準偏差)0.0039890944 (±0.087507695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14435_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14435_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14435_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homohexamer of L. lactis AbiK Y44F mutant

全体名称: Homohexamer of L. lactis AbiK Y44F mutant
要素
  • 複合体: Homohexamer of L. lactis AbiK Y44F mutant
    • タンパク質・ペプチド: AbiK

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超分子 #1: Homohexamer of L. lactis AbiK Y44F mutant

超分子名称: Homohexamer of L. lactis AbiK Y44F mutant / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: Star
分子量理論値: 420 KDa

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分子 #1: AbiK

分子名称: AbiK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)
分子量理論値: 71.617109 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: GSMKKEFTEL YDFIFDPIFL VRYGYYDRSI KNKKMNTAKV ELDNEFGKSD SFYFKVFNME SFADYLRSHD LKTHFNGKKP LSTDPVYFN IPKNIEARRQ YKMPNLYSYM ALNYYICDNK KEFIEVFIDN KFSTSKFFNQ LNFDYPKTQE ITQTLLYGGI K KLHLDLSN ...文字列:
GSMKKEFTEL YDFIFDPIFL VRYGYYDRSI KNKKMNTAKV ELDNEFGKSD SFYFKVFNME SFADYLRSHD LKTHFNGKKP LSTDPVYFN IPKNIEARRQ YKMPNLYSYM ALNYYICDNK KEFIEVFIDN KFSTSKFFNQ LNFDYPKTQE ITQTLLYGGI K KLHLDLSN FYHTLYTHSI PWMIDGKSAS KQNRKKGFSN TLDTLITACQ YDETHGIPTG NLLSRIITEL YMCHFDKQME YK KFVYSRY VDDFIFPFTF ENEKQEFLNE FNLICRENNL IINDNKTKVD NFPFVDKSSK SDIFSFFENI TSTNSNDKWI KEI SNFIDY CVNEEHLGNK GAIKCIFPVI TNTLKQKKVD TKNIDNIFSK RNMVTNFNVF EKILDLSLKD SRLTNKFLTF FENI NEFGF SSLSASNIVK KYFSNNSKGL KEKIDHYRKN NFNQELYQIL LYMVVFEIDD LLNQEELLNL IDLNIDDYSL ILGTI LYLK NSSYKLEKLL KKIDQLFINT HANYDVKTSR MAEKLWLFRY FFYFLNCKNI FSQKEINSYC QSQNYNSGQN GYQTEL NWN YIKGQGKDLR ANNFFNELIV KEVWLISCGE NEDFKYLN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.74 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
400.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHepes
1.0 mMC4H10O2S2dithiothreitol
0.5 mMC10H16N2O8ethylenediaminetetraacetic acid
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2306347
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

14220

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.1) / 使用した粒子像数: 50340
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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