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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14150 | |||||||||
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タイトル | D. melanogaster 13-protofilament microtubule | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of D. melanogaster microtubule | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cytyoskeleton / microtubules / cytomotive filaments / CELL CYCLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / astral microtubule / Neutrophil degranulation / lysosome localization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton ...HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / astral microtubule / Neutrophil degranulation / lysosome localization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / spindle / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / centrosome / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Wagstaff J / Planelles-Herrero VJ / Derivery E / Lowe J | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Diverse cytomotive actins and tubulins share a polymerization switch mechanism conferring robust dynamics. 著者: James Mark Wagstaff / Vicente José Planelles-Herrero / Grigory Sharov / Aisha Alnami / Frank Kozielski / Emmanuel Derivery / Jan Löwe / 要旨: Protein filaments are used in myriads of ways to organize other molecules within cells. Some filament-forming proteins couple the hydrolysis of nucleotides to their polymerization cycle, thus ...Protein filaments are used in myriads of ways to organize other molecules within cells. Some filament-forming proteins couple the hydrolysis of nucleotides to their polymerization cycle, thus powering the movement of other molecules. These filaments are termed cytomotive. Only members of the actin and tubulin protein superfamilies are known to form cytomotive filaments. We examined the basis of cytomotivity via structural studies of the polymerization cycles of actin and tubulin homologs from across the tree of life. We analyzed published data and performed structural experiments designed to disentangle functional components of these complex filament systems. Our analysis demonstrates the existence of shared subunit polymerization switches among both cytomotive actins and tubulins, i.e., the conformation of subunits switches upon assembly into filaments. These cytomotive switches can explain filament robustness, by enabling the coupling of kinetic and structural polarities required for cytomotive behaviors and by ensuring that single cytomotive filaments do not fall apart. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14150.map.gz | 195 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14150-v30.xml emd-14150.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14150_fsc.xml | 377.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14150.png | 222.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14150.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14150 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14150 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14150_validation.pdf.gz | 650.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14150_full_validation.pdf.gz | 650.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14150_validation.xml.gz | 104.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14150_validation.cif.gz | 189.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14150 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14150 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14150.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of D. melanogaster microtubule | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.102 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Microtubule
全体 | 名称: Microtubule |
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要素 |
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-超分子 #1: Microtubule
超分子 | 名称: Microtubule / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 1.170 MDa |
-分子 #1: Tubulin alpha-1 chain
分子 | 名称: Tubulin alpha-1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 39 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 52.772324 KDa |
組換発現 | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHEDQ VDPRLIDGKG GGGRPMRECI SIHVGQAGVQ IGNACWELYC LEHGIQPDGQ MPSDKTVGGG DDSFNTFFSE TGAGKHVPR AVFVDLEPTV VDEVRTGTYR QLFHPEQLIT GKEDAANNYA RGHYTIGKEI VDLVLDRIRK LADQCTGLQG F LIFHSFGG ...文字列: MHHHHHHEDQ VDPRLIDGKG GGGRPMRECI SIHVGQAGVQ IGNACWELYC LEHGIQPDGQ MPSDKTVGGG DDSFNTFFSE TGAGKHVPR AVFVDLEPTV VDEVRTGTYR QLFHPEQLIT GKEDAANNYA RGHYTIGKEI VDLVLDRIRK LADQCTGLQG F LIFHSFGG GTGSGFTSLL MERLSVDYGK KSKLEFAIYP APQVSTAVVE PYNSILTTHT TLEHSDCAFM VDNEAIYDIC RR NLDIERP TYTNLNRLIG QIVSSITASL RFDGALNVDL TEFQTNLVPY PRIHFPLVTY APVISAEKAY HEQLSVAEIT NAC FEPANQ MVKCDPRHGK YMACCMLYRG DVVPKDVNAA IATIKTKRTI QFVDWCPTGF KVGINYQPPT VVPGGDLAKV QRAV CMLSN TTAIAEAWAR LDHKFDLMYA KRAFVHWYVG EGMEEGEFSE AREDLAALEK DYEEVGMDSG DGEGEGAEEY UniProtKB: Tubulin alpha-1 chain |
-分子 #2: Tubulin beta-1 chain
分子 | 名称: Tubulin beta-1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 47.681707 KDa |
配列 | 文字列: REIVHIQAGQ CGNQIGAKFW EIISDEHGID ATGAYHGDSD LQLERINVYY NEASGGKYVP RAVLVDLEPG TMDSVRSGPF GQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKEAESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP D RIMNTYSV ...文字列: REIVHIQAGQ CGNQIGAKFW EIISDEHGID ATGAYHGDSD LQLERINVYY NEASGGKYVP RAVLVDLEPG TMDSVRSGPF GQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKEAESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP D RIMNTYSV VPSPKVSDTV VEPYNATLSV HQLVENTDET YCIDNEALYD ICFRTLKLTT PTYGDLNHLV SLTMSGVTTC LR FPGQLNA DLRKLAVNMV PFPRLHFFMP GFAPLTSRGS QQYRALTVPE LTQQMFDAKN MMAACDPRHG RYLTVAAIFR GRM SMKEVD EQMLNIQNKN SSYFVEWIPN NVKTAVCDIP PRGLKMSATF IGNSTAIQEL FKRISEQFTA MFRRKAFLHW YTGE GMDEM EFTEAESNMN DLVSEYQQYQ UniProtKB: Tubulin beta-1 chain |
-分子 #3: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 39 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 39 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 26 / 式: GDP |
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分子量 | 理論値: 443.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-GDP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.9 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |