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- EMDB-14080: complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14080
タイトルcomplex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
    • タンパク質・ペプチド: Flap endonuclease 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA ligase 1
    • DNA: Oligo19ddC
    • DNA: Oligo32
  • DNA: Oligo13P
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
キーワードDNA / Replication / Complex / Ligase / PCNA / Ligation / FEN1 / Flap Endonuclease I / Okazaki fragment maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


Okazaki fragment processing involved in mitotic DNA replication / flap endonuclease activity / positive regulation of sister chromatid cohesion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA damage repair and senescence / telomere maintenance via semi-conservative replication / nucleic acid metabolic process / DNA ligase activity / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / DNA ligase (ATP) / positive regulation of deoxyribonuclease activity ...Okazaki fragment processing involved in mitotic DNA replication / flap endonuclease activity / positive regulation of sister chromatid cohesion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA damage repair and senescence / telomere maintenance via semi-conservative replication / nucleic acid metabolic process / DNA ligase activity / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / DNA ligase (ATP) / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / DNA ligase (ATP) activity / 5'-flap endonuclease activity / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / MutLalpha complex binding / DNA replication, removal of RNA primer / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear lamina / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / UV protection / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / DNA ligation / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / lagging strand elongation / replisome / 5'-3' exonuclease activity / exonuclease activity / response to L-glutamate / histone acetyltransferase binding / DNA biosynthetic process / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / G1/S-Specific Transcription / response to dexamethasone / replication fork processing / Early Phase of HIV Life Cycle / nuclear replication fork / SUMOylation of DNA replication proteins / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / anatomical structure morphogenesis / estrous cycle / mismatch repair / translesion synthesis / response to cadmium ion / DNA polymerase binding / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / base-excision repair, gap-filling / epithelial cell differentiation / positive regulation of DNA repair / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / replication fork / nuclear estrogen receptor binding / liver regeneration / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / double-strand break repair via homologous recombination / Translesion Synthesis by POLH / base-excision repair / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / receptor tyrosine kinase binding / memory / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / cellular response to xenobiotic stimulus / double-strand break repair / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / manganese ion binding / heart development / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / DNA recombination / DNA replication / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nuclear body / cell division
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease 1 / : / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region ...Flap endonuclease 1 / : / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / PIN-like domain superfamily / : / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen / DNA ligase 1 / Flap endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Blair K / Tehseen M / Raducanu VS / Shahid T / Lancey C / Cruehet R / Hamdan S / De Biasio A
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2022
タイトル: Mechanism of human Lig1 regulation by PCNA in Okazaki fragment sealing.
著者: Kerry Blair / Muhammad Tehseen / Vlad-Stefan Raducanu / Taha Shahid / Claudia Lancey / Fahad Rashid / Ramon Crehuet / Samir M Hamdan / Alfredo De Biasio /
要旨: During lagging strand synthesis, DNA Ligase 1 (Lig1) cooperates with the sliding clamp PCNA to seal the nicks between Okazaki fragments generated by Pol δ and Flap endonuclease 1 (FEN1). We present ...During lagging strand synthesis, DNA Ligase 1 (Lig1) cooperates with the sliding clamp PCNA to seal the nicks between Okazaki fragments generated by Pol δ and Flap endonuclease 1 (FEN1). We present several cryo-EM structures combined with functional assays, showing that human Lig1 recruits PCNA to nicked DNA using two PCNA-interacting motifs (PIPs) located at its disordered N-terminus (PIP) and DNA binding domain (PIP). Once Lig1 and PCNA assemble as two-stack rings encircling DNA, PIP is released from PCNA and only PIP is required for ligation to facilitate the substrate handoff from FEN1. Consistently, we observed that PCNA forms a defined complex with FEN1 and nicked DNA, and it recruits Lig1 to an unoccupied monomer creating a toolbelt that drives the transfer of DNA to Lig1. Collectively, our results provide a structural model on how PCNA regulates FEN1 and Lig1 during Okazaki fragments maturation.
履歴
登録2021年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14080.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 65.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 258 pix.
= 215.43 Å
0.84 Å/pix.
x 258 pix.
= 215.43 Å
0.84 Å/pix.
x 258 pix.
= 215.43 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.018752286 - 0.038317807
平均 (標準偏差)0.00020885404 (±0.0014837426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ258258258
Spacing258258258
セルA=B=C: 215.43 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14080_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14080_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA

全体名称: complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA
要素
  • 複合体: complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
    • タンパク質・ペプチド: Flap endonuclease 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA ligase 1
    • DNA: Oligo19ddC
    • DNA: Oligo32
  • DNA: Oligo13P
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

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超分子 #1: complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA

超分子名称: complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #6, #1, #3, #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA ligase 1

分子名称: DNA ligase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA ligase (ATP)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.248555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: CKESLTEAEV ATEKEGEDGD QPTTPPKPLK TSKAETPTES VSEPEVATKQ ELQEEEEQTK PPRRAPKTLS SFFTPRKPAV KKEVKEEEP GAPGKEGAAE GPLDPSGYNP AKNNYHPVED ACWKPGQKVP YLAVARTFEK IEEVSARLRM VETLSNLLRS V VALSPPDL ...文字列:
CKESLTEAEV ATEKEGEDGD QPTTPPKPLK TSKAETPTES VSEPEVATKQ ELQEEEEQTK PPRRAPKTLS SFFTPRKPAV KKEVKEEEP GAPGKEGAAE GPLDPSGYNP AKNNYHPVED ACWKPGQKVP YLAVARTFEK IEEVSARLRM VETLSNLLRS V VALSPPDL LPVLYLSLNH LGPPQQGLEL GVGDGVLLKA VAQATGRQLE SVRAEAAEKG DVGLVAENSR STQRLMLPPP PL TASGVFS KFRDIARLTG SASTAKKIDI IKGLFVACRH SEARFIARSL SGRLRLGLAE QSVLAALSQA VSLTPPGQEF PPA MVDAGK GKTAEARKTW LEEQGMILKQ TFCEVPDLDR IIPVLLEHGL ERLPEHCKLS PGIPLKPMLA HPTRGISEVL KRFE EAAFT CEYKYDGQRA QIHALEGGEV KIFSRNQEDN TGKYPDIISR IPKIKLPSVT SFILDTEAVA WDREKKQIQP FQVLT TRKR KEVDASEIQV QVCLYAFDLI YLNGESLVRE PLSRRRQLLR ENFVETEGEF VFATSLDTKD IEQIAEFLEQ SVKDSC EGL MVKTLDVDAT YEIAKRSHNW LKLKKDYLDG VGDTLDLVVI GAYLGRGKRA GRYGGFLLAS YDEDSEELQA ICKLGTG FS DEELEEHHQS LKALVLPSPR PYVRIDGAVI PDHWLDPSAV WEVKCADLSL SPIYPAARGL VDSDKGISLR FPRFIRVR E DKQPEQATTS AQVACLYRKQ SQIQNQQGED SGSDPEDTY

UniProtKB: DNA ligase 1

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分子 #2: Proliferating cell nuclear antigen

分子名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.088061 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPHMFEARLV QGSILKKVLE ALKDLINEAC WDISSSGVNL QSMDSSHVSL VQLTLRSEGF DTYRCDRNLA MGVNLTSMSK ILKCAGNED IITLRAEDNA DTLALVFEAP NQEKVSDYEM KLMDLDVEQL GIPEQEYSCV VKMPSGEFAR ICRDLSHIGD A VVISCAKD ...文字列:
GPHMFEARLV QGSILKKVLE ALKDLINEAC WDISSSGVNL QSMDSSHVSL VQLTLRSEGF DTYRCDRNLA MGVNLTSMSK ILKCAGNED IITLRAEDNA DTLALVFEAP NQEKVSDYEM KLMDLDVEQL GIPEQEYSCV VKMPSGEFAR ICRDLSHIGD A VVISCAKD GVKFSASGEL GNGNIKLSQT SNVDKEEEAV TIEMNEPVQL TFALRYLNFF TKATPLSSTV TLSMSADVPL VV EYKIADM GHLKYYLAPK IEDEEGS

UniProtKB: Proliferating cell nuclear antigen

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分子 #6: Flap endonuclease 1

分子名称: Flap endonuclease 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.617039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGIQGLAKLI ADVAPSAIRE NDIKSYFGRK VAIDASMSIY QFLIAVRQGG DVLQNEEGET TSHLMGMFYR TIRMMENGIK PVYVFDGKP PQLKSGELAK RSERRAEAEK QLQQAQAAGA EQEVEKFTKR LVKVTKQHND ECKHLLSLMG IPYLDAPSEA E ASCAALVK ...文字列:
MGIQGLAKLI ADVAPSAIRE NDIKSYFGRK VAIDASMSIY QFLIAVRQGG DVLQNEEGET TSHLMGMFYR TIRMMENGIK PVYVFDGKP PQLKSGELAK RSERRAEAEK QLQQAQAAGA EQEVEKFTKR LVKVTKQHND ECKHLLSLMG IPYLDAPSEA E ASCAALVK AGKVYAAATE DMACLTFGSP VLMRHLTASE AKKLPIQEFH LSRILQELGL NQEQFVDLCI LLGSDYCESI RG IGPKRAV DLIQKHKSIE EIVRRLDPNK YPVPENWLHK EAHQLFLEPE VLDPESVELK WSEPNEEELI KFMCGEKQFS EER IRSGVK RLSKSRQGST QGRLDDFFKV TGSLSSAKRK EPEPKGSTKK KAKTGAAGKF KRGK

UniProtKB: Flap endonuclease 1

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分子 #3: Oligo19ddC

分子名称: Oligo19ddC / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.802744 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DOC)

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分子 #4: Oligo13P

分子名称: Oligo13P / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.976599 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DC)(DC)

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分子 #5: Oligo32

分子名称: Oligo32 / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.845345 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC) (DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA) (DA)(DG)(DC)

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分子 #7: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / : AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
25.0 mMC8H18N2O4S4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
100.0 mMCH3CO2Kpotassium acetate
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.5 mMC9H15O6Ptris(2-carboxyethyl)phosphine
0.1 mMC10H16N5O13P3ATP
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 300 sec.
詳細: The grid was coated with graphene oxide prior to use.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 18.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Relion Ab initio model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99243
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7qo1:
complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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