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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14080 | |||||||||
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タイトル | complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | DNA / Replication / Complex / Ligase / PCNA / Ligation / FEN1 / Flap Endonuclease I / Okazaki fragment maturation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Okazaki fragment processing involved in mitotic DNA replication / flap endonuclease activity / positive regulation of sister chromatid cohesion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA damage repair and senescence / telomere maintenance via semi-conservative replication / nucleic acid metabolic process / DNA ligase activity / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / DNA ligase (ATP) / positive regulation of deoxyribonuclease activity ...Okazaki fragment processing involved in mitotic DNA replication / flap endonuclease activity / positive regulation of sister chromatid cohesion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA damage repair and senescence / telomere maintenance via semi-conservative replication / nucleic acid metabolic process / DNA ligase activity / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / DNA ligase (ATP) / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / DNA ligase (ATP) activity / 5'-flap endonuclease activity / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / MutLalpha complex binding / DNA replication, removal of RNA primer / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear lamina / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / UV protection / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / DNA ligation / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / lagging strand elongation / replisome / 5'-3' exonuclease activity / exonuclease activity / response to L-glutamate / histone acetyltransferase binding / DNA biosynthetic process / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / G1/S-Specific Transcription / response to dexamethasone / replication fork processing / Early Phase of HIV Life Cycle / nuclear replication fork / SUMOylation of DNA replication proteins / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / anatomical structure morphogenesis / estrous cycle / mismatch repair / translesion synthesis / response to cadmium ion / DNA polymerase binding / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / base-excision repair, gap-filling / epithelial cell differentiation / positive regulation of DNA repair / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / replication fork / nuclear estrogen receptor binding / liver regeneration / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / double-strand break repair via homologous recombination / Translesion Synthesis by POLH / base-excision repair / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / receptor tyrosine kinase binding / memory / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / cellular response to xenobiotic stimulus / double-strand break repair / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / manganese ion binding / heart development / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / DNA recombination / DNA replication / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nuclear body / cell division 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Blair K / Tehseen M / Raducanu VS / Shahid T / Lancey C / Cruehet R / Hamdan S / De Biasio A | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Mechanism of human Lig1 regulation by PCNA in Okazaki fragment sealing. 著者: Kerry Blair / Muhammad Tehseen / Vlad-Stefan Raducanu / Taha Shahid / Claudia Lancey / Fahad Rashid / Ramon Crehuet / Samir M Hamdan / Alfredo De Biasio / 要旨: During lagging strand synthesis, DNA Ligase 1 (Lig1) cooperates with the sliding clamp PCNA to seal the nicks between Okazaki fragments generated by Pol δ and Flap endonuclease 1 (FEN1). We present ...During lagging strand synthesis, DNA Ligase 1 (Lig1) cooperates with the sliding clamp PCNA to seal the nicks between Okazaki fragments generated by Pol δ and Flap endonuclease 1 (FEN1). We present several cryo-EM structures combined with functional assays, showing that human Lig1 recruits PCNA to nicked DNA using two PCNA-interacting motifs (PIPs) located at its disordered N-terminus (PIP) and DNA binding domain (PIP). Once Lig1 and PCNA assemble as two-stack rings encircling DNA, PIP is released from PCNA and only PIP is required for ligation to facilitate the substrate handoff from FEN1. Consistently, we observed that PCNA forms a defined complex with FEN1 and nicked DNA, and it recruits Lig1 to an unoccupied monomer creating a toolbelt that drives the transfer of DNA to Lig1. Collectively, our results provide a structural model on how PCNA regulates FEN1 and Lig1 during Okazaki fragments maturation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14080.map.gz | 3.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14080-v30.xml emd-14080.xml | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14080_fsc.xml | 9.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14080.png | 85.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14080.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_14080_half_map_1.map.gz emd_14080_half_map_2.map.gz | 50.8 MB 50.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14080 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14080_validation.pdf.gz | 844.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14080_full_validation.pdf.gz | 844.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14080_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14080_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14080 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qo1MC 7qnzC 8b8tC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14080.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 65.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.835 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14080_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14080_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA
全体 | 名称: complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA
超分子 | 名称: complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #6, #1, #3, #5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: DNA ligase 1
分子 | 名称: DNA ligase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA ligase (ATP) |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 84.248555 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: CKESLTEAEV ATEKEGEDGD QPTTPPKPLK TSKAETPTES VSEPEVATKQ ELQEEEEQTK PPRRAPKTLS SFFTPRKPAV KKEVKEEEP GAPGKEGAAE GPLDPSGYNP AKNNYHPVED ACWKPGQKVP YLAVARTFEK IEEVSARLRM VETLSNLLRS V VALSPPDL ...文字列: CKESLTEAEV ATEKEGEDGD QPTTPPKPLK TSKAETPTES VSEPEVATKQ ELQEEEEQTK PPRRAPKTLS SFFTPRKPAV KKEVKEEEP GAPGKEGAAE GPLDPSGYNP AKNNYHPVED ACWKPGQKVP YLAVARTFEK IEEVSARLRM VETLSNLLRS V VALSPPDL LPVLYLSLNH LGPPQQGLEL GVGDGVLLKA VAQATGRQLE SVRAEAAEKG DVGLVAENSR STQRLMLPPP PL TASGVFS KFRDIARLTG SASTAKKIDI IKGLFVACRH SEARFIARSL SGRLRLGLAE QSVLAALSQA VSLTPPGQEF PPA MVDAGK GKTAEARKTW LEEQGMILKQ TFCEVPDLDR IIPVLLEHGL ERLPEHCKLS PGIPLKPMLA HPTRGISEVL KRFE EAAFT CEYKYDGQRA QIHALEGGEV KIFSRNQEDN TGKYPDIISR IPKIKLPSVT SFILDTEAVA WDREKKQIQP FQVLT TRKR KEVDASEIQV QVCLYAFDLI YLNGESLVRE PLSRRRQLLR ENFVETEGEF VFATSLDTKD IEQIAEFLEQ SVKDSC EGL MVKTLDVDAT YEIAKRSHNW LKLKKDYLDG VGDTLDLVVI GAYLGRGKRA GRYGGFLLAS YDEDSEELQA ICKLGTG FS DEELEEHHQS LKALVLPSPR PYVRIDGAVI PDHWLDPSAV WEVKCADLSL SPIYPAARGL VDSDKGISLR FPRFIRVR E DKQPEQATTS AQVACLYRKQ SQIQNQQGED SGSDPEDTY UniProtKB: DNA ligase 1 |
-分子 #2: Proliferating cell nuclear antigen
分子 | 名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 29.088061 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPHMFEARLV QGSILKKVLE ALKDLINEAC WDISSSGVNL QSMDSSHVSL VQLTLRSEGF DTYRCDRNLA MGVNLTSMSK ILKCAGNED IITLRAEDNA DTLALVFEAP NQEKVSDYEM KLMDLDVEQL GIPEQEYSCV VKMPSGEFAR ICRDLSHIGD A VVISCAKD ...文字列: GPHMFEARLV QGSILKKVLE ALKDLINEAC WDISSSGVNL QSMDSSHVSL VQLTLRSEGF DTYRCDRNLA MGVNLTSMSK ILKCAGNED IITLRAEDNA DTLALVFEAP NQEKVSDYEM KLMDLDVEQL GIPEQEYSCV VKMPSGEFAR ICRDLSHIGD A VVISCAKD GVKFSASGEL GNGNIKLSQT SNVDKEEEAV TIEMNEPVQL TFALRYLNFF TKATPLSSTV TLSMSADVPL VV EYKIADM GHLKYYLAPK IEDEEGS UniProtKB: Proliferating cell nuclear antigen |
-分子 #6: Flap endonuclease 1
分子 | 名称: Flap endonuclease 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 42.617039 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGIQGLAKLI ADVAPSAIRE NDIKSYFGRK VAIDASMSIY QFLIAVRQGG DVLQNEEGET TSHLMGMFYR TIRMMENGIK PVYVFDGKP PQLKSGELAK RSERRAEAEK QLQQAQAAGA EQEVEKFTKR LVKVTKQHND ECKHLLSLMG IPYLDAPSEA E ASCAALVK ...文字列: MGIQGLAKLI ADVAPSAIRE NDIKSYFGRK VAIDASMSIY QFLIAVRQGG DVLQNEEGET TSHLMGMFYR TIRMMENGIK PVYVFDGKP PQLKSGELAK RSERRAEAEK QLQQAQAAGA EQEVEKFTKR LVKVTKQHND ECKHLLSLMG IPYLDAPSEA E ASCAALVK AGKVYAAATE DMACLTFGSP VLMRHLTASE AKKLPIQEFH LSRILQELGL NQEQFVDLCI LLGSDYCESI RG IGPKRAV DLIQKHKSIE EIVRRLDPNK YPVPENWLHK EAHQLFLEPE VLDPESVELK WSEPNEEELI KFMCGEKQFS EER IRSGVK RLSKSRQGST QGRLDDFFKV TGSLSSAKRK EPEPKGSTKK KAKTGAAGKF KRGK UniProtKB: Flap endonuclease 1 |
-分子 #3: Oligo19ddC
分子 | 名称: Oligo19ddC / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 5.802744 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DOC) |
-分子 #4: Oligo13P
分子 | 名称: Oligo13P / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 3.976599 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DC)(DC) |
-分子 #5: Oligo32
分子 | 名称: Oligo32 / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 9.845345 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC) (DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA) (DA)(DG)(DC) |
-分子 #7: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: AMP |
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分子量 | 理論値: 347.221 Da |
Chemical component information | ChemComp-AMP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 300 sec. 詳細: The grid was coated with graphene oxide prior to use. | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 18.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7qo1: |