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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13860 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of Hedgehog acyltransferase (HHAT) in complex with megabody 177 bound to IMP-1575 | |||||||||||||||
![]() | Locally filtered, globally sharpened, NU-refinement focused on the HHAT-Nanobody part | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Hedgehog ligand biogenesis / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding ...N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Hedgehog ligand biogenesis / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å | |||||||||||||||
![]() | Coupland C / Carrique L / Siebold C | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, 4件
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![]() | ![]() タイトル: Structure, mechanism, and inhibition of Hedgehog acyltransferase. 著者: Claire E Coupland / Sebastian A Andrei / T Bertie Ansell / Loic Carrique / Pramod Kumar / Lea Sefer / Rebekka A Schwab / Eamon F X Byrne / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony I Magee / Thomas ...著者: Claire E Coupland / Sebastian A Andrei / T Bertie Ansell / Loic Carrique / Pramod Kumar / Lea Sefer / Rebekka A Schwab / Eamon F X Byrne / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony I Magee / Thomas Lanyon-Hogg / Mark S P Sansom / Edward W Tate / Christian Siebold / ![]() ![]() 要旨: The Sonic Hedgehog (SHH) morphogen pathway is fundamental for embryonic development and stem cell maintenance and is implicated in various cancers. A key step in signaling is transfer of a palmitate ...The Sonic Hedgehog (SHH) morphogen pathway is fundamental for embryonic development and stem cell maintenance and is implicated in various cancers. A key step in signaling is transfer of a palmitate group to the SHH N terminus, catalyzed by the multi-pass transmembrane enzyme Hedgehog acyltransferase (HHAT). We present the high-resolution cryo-EM structure of HHAT bound to substrate analog palmityl-coenzyme A and a SHH-mimetic megabody, revealing a heme group bound to HHAT that is essential for HHAT function. A structure of HHAT bound to potent small-molecule inhibitor IMP-1575 revealed conformational changes in the active site that occlude substrate binding. Our multidisciplinary analysis provides a detailed view of the mechanism by which HHAT adapts the membrane environment to transfer an acyl chain across the endoplasmic reticulum membrane. This structure of a membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) superfamily member provides a blueprint for other protein-substrate MBOATs and a template for future drug discovery. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 706.4 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.8 KB 24.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 103.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 415.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 414.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally filtered, globally sharpened, NU-refinement focused on the HHAT-Nanobody part | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.108 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13860_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13860_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmito...
全体 | 名称: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoA in complex with megabody 177 |
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要素 |
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-超分子 #1: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmito...
超分子 | 名称: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoA in complex with megabody 177 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: Megabody 177
超分子 | 名称: Megabody 177 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmito...
超分子 | 名称: Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoA タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
分子 | 名称: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 58.327754 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MLPRWELALY LLASLGFHFY SFYEVYKVSR EHEEELDQEF ELETDTLFGG LKKDATDFEW SFWMEWGKQW LVWLLLGHMV VSQMATLLA RKHRPWILML YGMWACWCVL GTPGVAMVLL HTTISFCVAQ FRSQLLTWLC SLLLLSTLRL QGVEEVKRRW Y KTENEYYL ...文字列: MLPRWELALY LLASLGFHFY SFYEVYKVSR EHEEELDQEF ELETDTLFGG LKKDATDFEW SFWMEWGKQW LVWLLLGHMV VSQMATLLA RKHRPWILML YGMWACWCVL GTPGVAMVLL HTTISFCVAQ FRSQLLTWLC SLLLLSTLRL QGVEEVKRRW Y KTENEYYL LQFTLTVRCL YYTNFSLELC WQQLPAASTS YSFPWMLAYV FYYPVLHNGP ILSFSEFIKQ MQQQEHDSLK AS LCVLALG LGRLLCWWWL AELMAHLMYM HAIYSSIPLL ETVSCWTLGG LALAQVLFFY VKYLVLFGVP ALLMRLDGLT PPA LPRCVS TMFSFTGMWR YFDVGLHNFL IRYVYIPVGG SQHGLLGTLF STAMTFAFVS YWHGGYDYLW CWAALNWLGV TVEN GVRRL VETPCIQDSL ARYFSPQARR RFHAALASCS TSMLILSNLV FLGGNEVGKT YWNRIFIQGW PWVTLSVLGF LYCYS HVGI AWAQTYATDG TETSQVAPA |
-分子 #2: Megabody 177
分子 | 名称: Megabody 177 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 102.601586 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAQVQLVESG GGLVKEETQS GLNNYARVVE KGQYDSLEIP AQVAASWESG RDDAAVFGFI DKEQLDKYV ANGGKRSDWT VKFAENRSQD GTLLGYSLLQ ESVDQASYMY SDNHYLAEMA TILGKPEEAK RYRQLAQQLA D YINTCMFD ...文字列: MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAQVQLVESG GGLVKEETQS GLNNYARVVE KGQYDSLEIP AQVAASWESG RDDAAVFGFI DKEQLDKYV ANGGKRSDWT VKFAENRSQD GTLLGYSLLQ ESVDQASYMY SDNHYLAEMA TILGKPEEAK RYRQLAQQLA D YINTCMFD PTTQFYYDVR IEDKPLANGC AGKPIVERGK GPEGWSPLFN GAATQANADA VVKVMLDPKE FNTFVPLGTA AL TNPAFGA DIYWRGRVWV DQFWFGLKGM ERYGYRDDAL KLADTFFRHA KGLTADGPIQ ENYNPLTGAQ QGAPNFSWSA AHL YMLYND FFRKQASGGG SGGGGSGGGG SGNADNYKNV INRTGAPQYM KDYDYDDHQR FNPFFDLGAW HGHLLPDGPN TMGG FPGVA LLTEEYINFM ASNFDRLTVW QDGKKVDFTL EAYSIPGALV QKLTAKDVQV EMTLRFATPR TSLLETKITS NKPLD LVWD GELLEKLEAK EGKPLSDKTI AGEYPDYQRK ISATRDGLKV TFGKVRATWD LLTSGESEYQ VHKSLPVQTE INGNRF TSK AHINGSTTLY TTYSHLLTAQ EVSKEQMQIR DILARPAFYL TASQQRWEEY LKKGLTNPDA TPEQTRVAVK AIETLNG NW RSPGGAVKFN TVTPSVTGRW FSGNQTWPWD TWKQAFAMAH FNPDIAKENI RAVFSWQIQP GDSVRPQDVG FVPDLIAW N LSPERGGDGG NWNERNTKPS LAAWSVMEVY NVTQDKTWVA EMYPKLVAYH DWWLRNRDHN GNGVPEYGAT RDKAHNTES GEMLFTVKKS LRLSCTASGA IFSTYDVSWY RQAPEKPREL VAIITRGGNT HYADTVKGRF TISRDNAKKT VNLQMNSLKP EDTAVYYCH AGVQGAMLGP RNYWGQGTQV TVSSHHHHHH |
-分子 #3: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-分子 #4: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HEM: |
-分子 #5: 2-(2-methylpropylamino)-1-[(4R)-4-(6-methylpyridin-2-yl)-6,7-dihy...
分子 | 名称: 2-(2-methylpropylamino)-1-[(4R)-4-(6-methylpyridin-2-yl)-6,7-dihydro-4H-thieno[3,2-c]pyridin-5-yl]ethanone タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 9V3 |
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分子量 | 理論値: 343.486 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-9V3: |
-分子 #6: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PLM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10683 / 平均電子線量: 53.48 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 56 |
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得られたモデル | ![]() PDB-7q6z: |