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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13846 | |||||||||
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タイトル | Protein community member fatty acid synthase complex from C. thermophilum | |||||||||
![]() | Protein community member C. thermophilum Fatty Acid Synthase | |||||||||
![]() |
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![]() | Fatty Acid Synthase / complex / chaetomium / thermophilum / fatty / acid / synthesis / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() fatty acid synthase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.47 Å | |||||||||
![]() | Skalidis I / Kyrilis FL / Tueting C / Hamdi F / Kastritis PL | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM and artificial intelligence visualize endogenous protein community members. 著者: Ioannis Skalidis / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Grzegorz Chojnowski / Panagiotis L Kastritis / ![]() 要旨: Cellular function is underlined by megadalton assemblies organizing in proximity, forming communities. Metabolons are protein communities involving metabolic pathways such as protein, fatty acid, and ...Cellular function is underlined by megadalton assemblies organizing in proximity, forming communities. Metabolons are protein communities involving metabolic pathways such as protein, fatty acid, and thioesters of coenzyme-A synthesis. Metabolons are highly heterogeneous due to their function, making their analysis particularly challenging. Here, we simultaneously characterize metabolon-embedded architectures of a 60S pre-ribosome, fatty acid synthase, and pyruvate/oxoglutarate dehydrogenase complex E2 cores de novo. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) 3D reconstructions are resolved at 3.84-4.52 Å resolution by collecting <3,000 micrographs of a single cellular fraction. After combining cryo-EM with artificial intelligence-based atomic modeling and de novo sequence identification methods, at this resolution range, polypeptide hydrogen bonding patterns are discernible. Residing molecular components resemble their purified counterparts from other eukaryotes but also exhibit substantial conformational variation with potential functional implications. Our results propose an integrated tool, boosted by machine learning, that opens doors for structural systems biology spearheaded by cryo-EM characterization of native cell extracts. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 84.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 8.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 117.1 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7q5sMC ![]() 7q5qC ![]() 7q5rC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.1 TB Data #1: Unaligned fractions saved by Falcon 3 EC camera [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Protein community member C. thermophilum Fatty Acid Synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.5678 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Protein community member C. thermophilum Signature 3 Ab Initio Map
ファイル | emd_13846_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Protein community member C. thermophilum Signature 3 Ab Initio Map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Protein community member C. thermophilum Fatty Acid Synthase,...
ファイル | emd_13846_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Protein community member C. thermophilum Fatty Acid Synthase, Half-Map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Protein community member C. thermophilum Fatty Acid Synthase,...
ファイル | emd_13846_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Protein community member C. thermophilum Fatty Acid Synthase, Half-Map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Fatty Acid Synthase Complex from Chaetomium thermophilum
全体 | 名称: Fatty Acid Synthase Complex from Chaetomium thermophilum |
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要素 |
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-超分子 #1: Fatty Acid Synthase Complex from Chaetomium thermophilum
超分子 | 名称: Fatty Acid Synthase Complex from Chaetomium thermophilum タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
分子 | 名称: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 235.450672 KDa |
配列 | 文字列: MYGTGTGPQT GAVTPRSSAS LRPLTLSHGS LETSFLIPTG LHFHASRLKD EFIASLPPPT DELAQDDEPS SVPELVARYM GYIANQVAE GEDDAQGSYE EVLKLILNEF ERAFLQGNDV HALVATLPGI DAKKLEVIRS YFAARAATNR AMRAHQSALL R AAEEGEAR ...文字列: MYGTGTGPQT GAVTPRSSAS LRPLTLSHGS LETSFLIPTG LHFHASRLKD EFIASLPPPT DELAQDDEPS SVPELVARYM GYIANQVAE GEDDAQGSYE EVLKLILNEF ERAFLQGNDV HALVATLPGI DAKKLEVIRS YFAARAATNR AMRAHQSALL R AAEEGEAR IYSIFGGQGN IEEYFEELRE LYKTYPSFVG HLIVSSAELL QILASHPSAE KLYSKGLDIM HWLHNPDATP DT DYLISAP VSFPLIGLVQ LAHYQVTCKV QGLHPGILRD RISGTTGHSQ GIVLAAVTAA ADSWESFEDL AKSALTILFW IGA RSQQTF PRTSMSPSLL QEAIDNGEGT PTPMLSIRDL PQAEVQKHID QTNQYLPEDQ HISISLINSP RNLVVSGPPR SLCG LNAQL RKVKAPTGLD QARIPYSERK IRFVNRFLPI TAPFHSKYLA GAAELIAEDL KDISIEVERL GIPVYDTNTG EDIRQ TVTG NVVPALIRMI TNDPVHWEKA TVFPEATHIL DFGPGGISGL GVLTSRNKDG TGVRVILAGT VNGTVAEVGY KSELFD RDE EHAVKYAVDW VKEYGPRLIK TSSGRIYVDT KMSRLLGLPP LMVAGMTPTT VPWDFVAATM NAGYQIELAG GGYFNAK MM TEAISKIERA IPPGRGITVN LIYVNPHAMA WQIPLLGRLR AEGVPIEGLT IGAGVPSIEV ANEYIQTLGL KHISFKPG S VDAIQAVINI AKANPTFPVI LQWTGGRGGG HHSYEDFHAP ILAMYSRIRR QENIILVAGS GFGGAEDTYP YLTGAWSTK YGYPPMPFDG CLFGSRMMVA KEAHTSPEAK QAIVDAPGLD DSEWEKTYKG PAGGVITVRS EMGEPIHKLA TRGVLFWAEM DQKIFSLPK EKRVAELKKN RDYIIRKLNA DFQKVWFGKN KKGEVVDLED MTYGEVVRRM VELLYVKDEK RWIDHSFAKL T ADFIHRVE ERFTTAASQP SLIQSYSDLD EPYSAVERVL AHYPEAETQL ISAQDVQHFL LLCKRRGQKP VTFVPALDED FE FYFKKDS LWQSEDLAAV IDRDVGRTCI LQGPMAAKHS TKVDEPIKEI LDGIHNGHIA ALKRDLYDND ESKIPTIEYF GGK LKDPEV QLDFEGVTIS YDVHKNTYRV SNNPSVPLPP LDAWLSALAG PNRTWRYALL QSEVIVQGHK YQTNPMKKIF APAR GLFVE IQYPNDPAKT VITVKEQPRP NRYIDVIEAK LVGDKEIVVN LIKDTNALGE PVALPLRFTY RPEAGYAPIH EIMEG RNDR IKEFYWRCWF GQDPLDLDAP VTSKFDGGEA VITSEAINEF VHAVGNTGEA FVDRPGKTMY APMDFAIVVG WKAITK PIF PRTIDGDLLK LVHLSNQFRM FPGAEPLKKG DKVYTTAQVN AVINQESGKM VEVCGTITRD GKPVMEVISQ FLYRGVY TD YENTFQRKVE TPMQVHLATT KDIAILRSKQ WFVLDDVATP EEFLLGKTLT FRLHTLVHFK NRNVYSHVET RGQVLVEL P TKEIIQVATV EYVAGESHGN PVIDYLQRNG QSIEQPVNFE NPIPLGGKAP LQLRAPASNE TYARVSGDYN PIHVSRVFA AYANLPGTIT HGMYSSAAVR SLVETWAAEN KIGRVRSFHA SLTGMVLPND DINVKLQHVG MVGGRKIIKV EATNKETEEK VLLGEAEIE QPVTAYVFTG QGSQEQGMGM DLYANSPVAR EVWDRADKYL RDTYGFAITD IVRNNPKELT IHFGGPLGKK I RANYMAMT FETVAADGSI KSERIFKDID ENTTSYTFRS PNGLLSATQF TQPALTLMEK ASFEDMKAKG LVPRDSTFAG HS LGEYSAL AALADVMPIE SLVSVVFYRG LTMQVAVERD ATGRSNYGMC AVNPSRISKT FNEEALRFVV GAVAETTGWL LEI VNYNIA NMQYVCAGDL RALDTLTSVT NFIKAMKIDI EQMRREYSPD KVKEELVEII KKCAAETEAK PKPLELQRGF ATIP LRGID VPFHSTFLRS GVKPFRNFLL KKINKTSIDP AKLIGKYIPN VTAKPFALTK EYFEDVYRLT NSPRIAHVLA NWEKY QDDN STLSASVANT SSETNGVNGV NGAVDVNGQN GVNGVNGH UniProtKB: Malonyltransferase-like protein |
-分子 #2: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
分子 | 名称: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 205.066922 KDa |
配列 | 文字列: MRPEVEQELA HTLLVELLAY QFASPVRWIE TQDVFLAEQM AERIVEIGPA DTLSVMAKRT LASKYEAYDA AKSAQRQILC YSKDAKEIY YDVDPIEEEP EPAPAQAATP TAPAAPAATP AAAPAPVAAP PPPGVGPAAQ VPDAPVTALE IVRALIAQKL K KPYQEVPL ...文字列: MRPEVEQELA HTLLVELLAY QFASPVRWIE TQDVFLAEQM AERIVEIGPA DTLSVMAKRT LASKYEAYDA AKSAQRQILC YSKDAKEIY YDVDPIEEEP EPAPAQAATP TAPAAPAATP AAAPAPVAAP PPPGVGPAAQ VPDAPVTALE IVRALIAQKL K KPYQEVPL SKAIKDLVGG KSTLQNEILG DLGKEFGSTP EKPEDTPLDE LGAAMQATFD GNLGKTSQGL IARLISSKMP GG FNITTAR KYLETRWGLG PGRQDGVLLL AITMEPPSRL GSEADAKAFL DDVSQKYAAN AGISLSTAAA AGPAAGAGGG MLM DPAALE ALTSDQKALF KQQLELIARY LKLDIRAGDK AYQASQESAK VLQSQLDLWL AEHGDFYASG IEPVFSPLKA RVYD SSWNW ARQDALSMYY DIIFGRLKTV DREIVSQCIR IMNRANPTLL EFMQYHIDNC PTDRGETYQL AKELGAQLIE NCKEV LNAN PVYKDVAIPT GPKTTIDARG NLKYEEVPRP SCRKLEHYVQ QMAAGGKISE YGNRIKVQND LAKIYKLIKQ QHKLPK TSQ LEIKALYSDI IRALQMNENQ ILGQTNGKSL GLPKKGKPKA KTETIPFLHL RKKSVMGWEY NKKLTSLYLD CLEKAAR DG LTFAGKYALM TGAGAGSIGA EVLQGLISGG AHVIVTTSRY SREVTEYYQS MYSRYGARGS QLVVVPFNQG SVQDVNAL V EYIYDTKNGL GWDLDYIVPF AAISEQGRQI DGIDSKSELA HRIMLTNLIR LLGAVKTQKA SRGYETRPAQ VILPLSPNH GTFGSDGLYS ESKLGLETLF NRWESENWSN YLTICGAIIG WTRGTGLMSG NNIVAEAVEK FGVRTFSQQE MAFNLLGLMA PTIVDLCQN EPVCADLNGG LQFIPNLNEL MTRERKNLTE TSEIRQAVTK ETAAENKVVN GEASEALYKK KIIERRANIK F DFPPLPDW KKDIQPLNDK LKGMVDLEKV IVVTGFAEVG PWGNSRTRWE MEAYGEFSLE GCIEMAWIMG LIKNYNGLIK GK PYSGWVD AKTGEPVDDK DVKPKYEKYI LEHSGIRLIE PELFGGYDPN KKQLLHEVVI QEDLDPFQCS AETAEQFKRE HGD KVEIFE IPESGEYTVR FKKGATLWIP KALRFDRLVA GQIPTGWDAK RYGIPDDIIQ QVDPVCLFVL VSTVEALLSS GITD PYEFY KYVHVSELGN CIGSGMGGAT ALRGMHRDRF LDKPLQNDIL QESFINTMSA WVNMLLLSSS GPIKTPVAAC ATAVE SVDV GVETILEGKA RICLVGGFDD FGEEGSYEFA NMKATSNAVD EFAHGRTPQE MSRPTTTTRN GFMESQGSGV QVIMTA KLA LEMGVPIYGI LALTTTASDK IGRSVPAPGQ GVLTTAREHR GKFPSPLLDI NYRRRQIERR TKQVMEEKEA EFEYLAA EI EALKAEGRPQ SEIEEYAAHR AAHIEKTAEK QAKEILRSFG NFFWKNDPTI APLRGALAVW GLTIDDLDVA SFHGTSTK A NDKNESSVIC QQLAHLGRKK GNAVLGIFQK YLTGHPKGAA GAWMLNGCLQ VLNTGLVPGN RNADNVDKVM EQFDYIVYP NRSIQTDGIK AFSVTSFGFG QKGAQCIGVH PKYLYATLDE QTYNEYCTKV QARQKKAYRY FHNGLINNTL FQAKEKAPYT DEQLSAVLL NPDARVVEDK KTGQLIFPPN FMKLSEKTQA AAQPKVSLES VLSREARRLE SVNTRVGVDV EDISAINTDN D TFLDRNFT EAEQKYCLAS KSGRSPQKAF AGRWTAKEAV FKALGVSSKG AGAALKDIEI LVDENGAPTV SLHGAAAEAA KK AGIKSVS VSISYTDSQA AAIATAQL UniProtKB: Fatty acid synthase alpha subunit-like protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 200.0 mM / 構成要素 - 式: NH4CH2COOH / 構成要素 - 名称: Ammonium acetate |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: For plunging, blot force 2 and blotting time of 6 sec were applied.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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温度 | 最低: 77.15 K / 最高: 103.15 K |
アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 14.7 mrad |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 2808 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 95675 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 92000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Initial models were predicted using AlphaFold v2.0.1, fitted into reconstructions using COOT and finally refined in real space using COOT and phenix.real_space_refine |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-7q5s: |