+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex bound to NusA (NusA elongation complex in more-swiveled conformation) | ||||||||||||
![]() | |||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
![]() | NusA / transcription elongation / cryo-EM / TRANSCRIPTION | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / ribosome biogenesis / protein complex oligomerization / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / protein domain specific binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / nucleotide binding / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||
![]() | Zhu C / Guo X / Weixlbaumer A | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Transcription factors modulate RNA polymerase conformational equilibrium. 著者: Chengjin Zhu / Xieyang Guo / Philippe Dumas / Maria Takacs / Mo'men Abdelkareem / Arnaud Vanden Broeck / Charlotte Saint-André / Gabor Papai / Corinne Crucifix / Julio Ortiz / Albert Weixlbaumer / ![]() ![]() ![]() 要旨: RNA polymerase (RNAP) frequently pauses during the transcription of DNA to RNA to regulate gene expression. Transcription factors NusA and NusG modulate pausing, have opposing roles, but can bind ...RNA polymerase (RNAP) frequently pauses during the transcription of DNA to RNA to regulate gene expression. Transcription factors NusA and NusG modulate pausing, have opposing roles, but can bind RNAP simultaneously. Here we report cryo-EM reconstructions of Escherichia coli RNAP bound to NusG, or NusA, or both. RNAP conformational changes, referred to as swivelling, correlate with transcriptional pausing. NusA facilitates RNAP swivelling to further increase pausing, while NusG counteracts this role. Their structural effects are consistent with biochemical results on two categories of transcriptional pauses. In addition, the structures suggest a cooperative mechanism of NusA and NusG during Rho-mediated transcription termination. Our results provide a structural rationale for the stochastic nature of pausing and termination and how NusA and NusG can modulate it. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 79.1 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.4 KB 24.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 88 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 42 MB 75.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7pykMC ![]() 7py0C ![]() 7py1C ![]() 7py3C ![]() 7py5C ![]() 7py6C ![]() 7py7C ![]() 7py8C ![]() 7pyjC ![]() 7q0jC ![]() 7q0kC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_13718_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_13718_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : NusA elongation complex in more-swiveled conformation
+超分子 #1: NusA elongation complex in more-swiveled conformation
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: Transcription termination/antitermination protein NusA
+分子 #6: ntDNA
+分子 #7: tDNA
+分子 #8: RNA
+分子 #9: MAGNESIUM ION
+分子 #10: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43495 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |