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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13680 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of small subunit of Giardia lamblia ribosome at 2.9 A resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / giardia / parasite | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Hiregange DG / Rivalta A / Bose T / Breiner-Goldstein E / Samiya S / Cimicata G / Kulakova L / Zimmerman E / Bashan A / Herzberg O / Yonath A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of the ancient eukaryotic ribosome from the human parasite Giardia lamblia. 著者: Disha-Gajanan Hiregange / Andre Rivalta / Tanaya Bose / Elinor Breiner-Goldstein / Sarit Samiya / Giuseppe Cimicata / Liudmila Kulakova / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Osnat Herzberg / Ada Yonath / 要旨: Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating ...Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating giardiasis need to be developed. The G. lamblia ribosome may provide a promising therapeutic target due to its distinct sequence differences from ribosomes of most eukaryotes and prokaryotes. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the G. lamblia (WB strain) ribosome determined at 2.75 Å resolution. The ribosomal RNA is the shortest known among eukaryotes, and lacks nearly all the eukaryote-specific ribosomal RNA expansion segments. In contrast, the ribosomal proteins are typically eukaryotic with some species-specific insertions/extensions. Most typical inter-subunit bridges are maintained except for one missing contact site. Unique structural features are located mainly at the ribosome's periphery. These may be exploited as target sites for the design of new compounds that inhibit selectively the parasite's ribosomal activity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13680.map.gz | 37.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13680-v30.xml emd-13680.xml | 44.4 KB 44.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13680.png | 48.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13680.cif.gz | 10.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13680 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13680 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13680_validation.pdf.gz | 431.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13680_full_validation.pdf.gz | 431.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13680_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13680_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13680 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13680 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13680.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Giardia lamblia small subunit
+超分子 #1: Giardia lamblia small subunit
+分子 #1: Ribosomal protein S29A
+分子 #2: Ribosomal protein S19e
+分子 #3: Ribosomal protein S13
+分子 #4: Ribosomal protein S9
+分子 #5: Ribosomal protein S3
+分子 #6: Ribosomal protein S23
+分子 #7: Ribosomal protein S18
+分子 #8: Ribosomal protein S16
+分子 #9: Ribosomal protein S2
+分子 #10: 40S ribosomal protein SA
+分子 #11: 40S ribosomal protein S3a
+分子 #12: Ribosomal protein S24
+分子 #13: Ribosomal protein S27
+分子 #14: 40S ribosomal protein S26
+分子 #15: 40S ribosomal protein S25
+分子 #16: 40S ribosomal protein S21
+分子 #17: Ribosomal protein S15
+分子 #18: Ribosomal protein S17
+分子 #19: Ribosomal protein S10B
+分子 #20: 40S ribosomal protein S8
+分子 #21: 40S ribosomal protein S30
+分子 #22: Ribosomal protein eS7
+分子 #23: Ribosomal protein eL41
+分子 #24: Ribosomal protein S28
+分子 #25: Ribosomal protein S14
+分子 #26: Ribosomal protein S15A
+分子 #27: 40S ribosomal protein S4
+分子 #29: SSU ribosomal protein S17P
+分子 #30: Ribosomal protein S20
+分子 #31: 40S ribosomal protein S6
+分子 #32: Ribosomal protein S5
+分子 #28: rRNA 18S
+分子 #33: POTASSIUM ION
+分子 #34: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 91058 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |