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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13654 | |||||||||
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タイトル | DNA polymerase from M. tuberculosis | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Inhibitor / DNA Polymerase / REPLICATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3'-5' exonuclease activity / DNA replication / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Borsellini A / Lamers MH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2022 タイトル: DNA-Dependent Binding of Nargenicin to DnaE1 Inhibits Replication in . 著者: Melissa D Chengalroyen / Mandy K Mason / Alessandro Borsellini / Raffaella Tassoni / Garth L Abrahams / Sasha Lynch / Yong-Mo Ahn / Jon Ambler / Katherine Young / Brendan M Crowley / David B ...著者: Melissa D Chengalroyen / Mandy K Mason / Alessandro Borsellini / Raffaella Tassoni / Garth L Abrahams / Sasha Lynch / Yong-Mo Ahn / Jon Ambler / Katherine Young / Brendan M Crowley / David B Olsen / Digby F Warner / Clifton E Barry Iii / Helena I M Boshoff / Meindert H Lamers / Valerie Mizrahi / 要旨: Natural products provide a rich source of potential antimicrobials for treating infectious diseases for which drug resistance has emerged. Foremost among these diseases is tuberculosis. Assessment of ...Natural products provide a rich source of potential antimicrobials for treating infectious diseases for which drug resistance has emerged. Foremost among these diseases is tuberculosis. Assessment of the antimycobacterial activity of nargenicin, a natural product that targets the replicative DNA polymerase of , revealed that it is a bactericidal genotoxin that induces a DNA damage response in () and inhibits growth by blocking the replicative DNA polymerase, DnaE1. Cryo-electron microscopy revealed that binding of nargenicin to DnaE1 requires the DNA substrate such that nargenicin is wedged between the terminal base pair and the polymerase and occupies the position of both the incoming nucleotide and templating base. Comparative analysis across three bacterial species suggests that the activity of nargenicin is partly attributable to the DNA binding affinity of the replicative polymerase. This work has laid the foundation for target-led drug discovery efforts focused on DnaE1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13654.map.gz | 2.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13654-v30.xml emd-13654.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13654_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13654.png | 184.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13654.cif.gz | 6.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13654 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13654 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13654_validation.pdf.gz | 403.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13654_full_validation.pdf.gz | 403.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13654_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13654_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13654 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13654 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13654.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.866 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : DNA polymerase from M. tuberculosis
全体 | 名称: DNA polymerase from M. tuberculosis |
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要素 |
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-超分子 #1: DNA polymerase from M. tuberculosis
超分子 | 名称: DNA polymerase from M. tuberculosis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 129.3 kDa/nm |
-分子 #1: DNA polymerase III subunit alpha
分子 | 名称: DNA polymerase III subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 129.479734 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSGSSAGSSF VHLHNHTEYS MLDGAAKITP MLAEVERLGM PAVGMTDHGN MFGASEFYNS ATKAGIKPII GVEAYIAPGS RFDTRRILW GDPSQKADDV SGSGSYTHLT MMAENATGLR NLFKLSSHAS FEGQLSKWSR MDAELIAEHA EGIIITTGCP S GEVQTRLR ...文字列: MSGSSAGSSF VHLHNHTEYS MLDGAAKITP MLAEVERLGM PAVGMTDHGN MFGASEFYNS ATKAGIKPII GVEAYIAPGS RFDTRRILW GDPSQKADDV SGSGSYTHLT MMAENATGLR NLFKLSSHAS FEGQLSKWSR MDAELIAEHA EGIIITTGCP S GEVQTRLR LGQDREALEA AAKWREIVGP DNYFLELMDH GLTIERRVRD GLLEIGRALN IPPLATNDCH YVTRDAAHNH EA LLCVQTG KTLSDPNRFK FDGDGYYLKS AAEMRQIWDD EVPGACDSTL LIAERVQSYA DVWTPRDRMP VFPVPDGHDQ ASW LRHEVD AGLRRRFPAG PPDGYRERAA YEIDVICSKG FPSYFLIVAD LISYARSAGI RVGPGRGSAA GSLVAYALGI TDID PIPHG LLFERFLNPE RTSMPDIDID FDDRRRGEMV RYAADKWGHD RVAQVITFGT IKTKAALKDS ARIHYGQPGF AIADR ITKA LPPAIMAKDI PLSGITDPSH ERYKEAAEVR GLIETDPDVR TIYQTARGLE GLIRNAGVHA CAVIMSSEPL TEAIPL WKR PQDGAIITGW DYPACEAIGL LKMDFLGLRN LTIIGDAIDN VRANRGIDLD LESVPLDDKA TYELLGRGDT LGVFQLD GG PMRDLLRRMQ PTGFEDVVAV IALYRPGPMG MNAHNDYADR KNNRQAIKPI HPELEEPLRE ILAETYGLIV YQEQIMRI A QKVASYSLAR ADILRKAMGK KKREVLEKEF EGFSDGMQAN GFSPAAIKAL WDTILPFADY AFNKSHAAGY GMVSYWTAY LKANYPAEYM AGLLTSVGDD KDKAAVYLAD CRKLGITVLP PDVNESGLNF ASVGQDIRYG LGAVRNVGAN VVGSLLQTRN DKGKFTDFS DYLNKIDISA CNKKVTESLI KAGAFDSLGH ARKGLFLVHS DAVDSVLGTK KAEALGQFDL FGSNDDGTGT A DPVFTIKV PDDEWEDKHK LALEREMLGL YVSGHPLNGV AHLLAAQVDT AIPAILDGDV PNDAQVRVGG ILASVNRRVN KN GMPWASA QLEDLTGGIE VMFFPHTYSS YGADIVDDAV VLVNAKVAVR DDRIALIAND LTVPDFSNAE VERPLAVSLP TRQ CTFDKV SALKQVLARH PGTSQVHLRL ISGDRITTLA LDQSLRVTPS PALMGDLKEL LGPGCLGS UniProtKB: DNA polymerase III subunit alpha |
-分子 #2: Template
分子 | 名称: Template / タイプ: other / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 5.944902 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DC)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT) |
-分子 #3: primer
分子 | 名称: primer / タイプ: other / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 4.197727 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DG)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DC)(DC)(DT)(DT) |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: [(1~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R},7~{S},8~{R},11~{S},13~{S},16~{S},...
分子 | 名称: [(1~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R},7~{S},8~{R},11~{S},13~{S},16~{S},17~{R},18~{E})-13-methoxy-5,17,19-trimethyl-6-oxidanyl-16-[(1~{R})-1-oxidanylethyl]-14-oxidanylidene-2,15-dioxatetracyclo[9.8. ...名称: [(1~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R},7~{S},8~{R},11~{S},13~{S},16~{S},17~{R},18~{E})-13-methoxy-5,17,19-trimethyl-6-oxidanyl-16-[(1~{R})-1-oxidanylethyl]-14-oxidanylidene-2,15-dioxatetracyclo[9.8.0.0^{1,7}.0^{3,8}]nonadeca-9,18-dien-4-yl] 1~{H}-pyrrole-2-carboxylate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 82W |
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分子量 | 理論値: 515.595 Da |
Chemical component information | ChemComp-82W: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0002 kPa | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 76 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-7pu7: |