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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13574 | |||||||||
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タイトル | High-resolution structure of native toxin A from Clostridioides difficile | |||||||||
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![]() | glucosyltransferase / TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell cytosol / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | |||||||||
![]() | Boesen T / Joergensen R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-resolution structure of native toxin A from Clostridioides difficile. 著者: Aria Aminzadeh / Christian Engelbrecht Larsen / Thomas Boesen / René Jørgensen / ![]() 要旨: Clostridioides difficile infections have emerged as the leading cause of healthcare-associated infectious diarrhea. Disease symptoms are mainly caused by the virulence factors, TcdA and TcdB, which ...Clostridioides difficile infections have emerged as the leading cause of healthcare-associated infectious diarrhea. Disease symptoms are mainly caused by the virulence factors, TcdA and TcdB, which are large homologous multidomain proteins. Here, we report a 2.8 Å resolution cryo-EM structure of native TcdA, unveiling its conformation at neutral pH. The structure uncovers the dynamic movement of the CROPs domain which is induced in response to environmental acidification. Furthermore, the structure reveals detailed information about the interaction area between the CROPs domain and the tip of the delivery and receptor-binding domain, which likely serves to shield the C-terminal part of the hydrophobic pore-forming region from solvent exposure. Similarly, extensive interactions between the globular subdomain and the N-terminal part of the pore-forming region suggest that the globular subdomain shields the upper part of the pore-forming region from exposure to the surrounding solvent. Hence, the TcdA structure provides insights into the mechanism of preventing premature unfolding of the pore-forming region at neutral pH, as well as the pH-induced inter-domain dynamics. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 534.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 69.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 481.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 481.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Clostridioides difficile Toxin A
全体 | 名称: Clostridioides difficile Toxin A |
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要素 |
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-超分子 #1: Clostridioides difficile Toxin A
超分子 | 名称: Clostridioides difficile Toxin A / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Toxin A
分子 | 名称: Toxin A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 308.613188 KDa |
配列 | 文字列: MSLISKEELI KLAYSIRPRE NEYKTILTNL DEYNKLTTNN NENKYLQLKK LNESIDVFMN KYKNSSRNRA LSNLKKDILK EVILIKNSN TSPVEKNLHF VWIGGEVSDI ALEYIKQWAD INAEYNIKLW YDSEAFLVNT LKKAIVESST TEALQLLEEE I QNPQFDNM ...文字列: MSLISKEELI KLAYSIRPRE NEYKTILTNL DEYNKLTTNN NENKYLQLKK LNESIDVFMN KYKNSSRNRA LSNLKKDILK EVILIKNSN TSPVEKNLHF VWIGGEVSDI ALEYIKQWAD INAEYNIKLW YDSEAFLVNT LKKAIVESST TEALQLLEEE I QNPQFDNM KFYKKRMEFI YDRQKRFINY YKSQINKPTV PTIDDIIKSH LVSEYNRDET LLESYRTNSL RKINSNHGID IR ANSLFTE QELLNIYSQE LLNRGNLAAA SDIVRLLALK NFGGVYLDVD MLPGIHSDLF KTIPRPSSIG LDRWEMIKLE AIM KYKKYI NNYTSENFDK LDQQLKDNFK LIIESKSEKS EIFSKLENLN VSDLEIKIAF ALGSVINQAL ISKQGSYLTN LVIE QVKNR YQFLNQHLNP AIESDNNFTD TTKIFHDSLF NSATAENSMF LTKIAPYLQV GFMPEARSTI SLSGPGAYAS AYYDF INLQ ENTIEKTLKA SDLIEFKFPE NNLSQLTEQE INSLWSFDQA SAKYQFEKYV RDYTGGSLSE DNGVDFNKNT ALDKNY LLN NKIPSNNVEE AGSKNYVHYI IQLQGDDISY EATCNLFSKN PKNSIIIQRN MNESAKSYFL SDDGESILEL NKYRIPE RL KNKEKVKVTF IGHGKDEFNT SEFARLSVDS LSNEISSFLD TIKLDISPKN VEVNLLGCNM FSYDFNVEET YPGKLLLS I MDKITSTLPD VNKDSITIGA NQYEVRINSE GRKELLAHSG KWINKEEAIM SDLSSKEYIF FDSIDNKLKA KSKNIPGLA SISEDIKTLL LDASVSPDTK FILNNLKLNI ESSIGDYIYY EKLEPVKNII HNSIDDLIDE FNLLENVSDE LYELKKLNNL DEKYLISFE DISKNNSTYS VRFINKSNGE SVYVETEKEI FSKYSEHITK EISTIKNSII TDVNGNLLDN IQLDHTSQVN T LNAAFFIQ SLIDYSSNKD VLNDLSTSVK VQLYAQLFST GLNTIYDSIQ LVNLISNAVN DTINVLPTIT EGIPIVSTIL DG INLGAAI KELLDEHDPL LKKELEAKVG VLAINMSLSI AATVASIVGI GAEVTIFLLP IAGISAGIPS LVNNELILHD KAT SVVNYF NHLSESKEYG PLKTEDDKIL VPIDDLVISE IDFNNNSIKL GTCNILAMEG GSGHTVTGNI DHFFSSPYIS SHIP SLSVY SAIGIKTENL DFSKKIMMLP NAPSRVFWWE TGAVPGLRSL ENNGTKLLDS IRDLYPGKFY WRFYAFFDYA ITTLK PVYE DTNTKIKLDK DTRNFIMPTI TTDEIRNKLS YSFDGAGGTY SLLLSSYPIS MNINLSKDDL WIFNIDNEVR EISIEN GTI KKGNLIEDVL SKIDINKNKL IIGNQTIDFS GDIDNKDRYI FLTCELDDKI SLIIEINLVA KSYSLLLSGD KNYLISN LS NTIEKINTLG LDSKNIAYNY TDESNNKYFG AISKTSQKSI IHYKKDSKNI LEFYNGSTLE FNSKDFIAED INVFMKDD I NTITGKYYVD NNTDKSIDFS ISLVSKNQVK VNGLYLNESV YSSYLDFVKN SDGHHNTSNF MNLFLNNISF WKLFGFENI NFVIDKYFTL VGKTNLGYVE FICDNNKNID IYFGEWKTSS SKSTIFSGNG RNVVVEPIYN PDTGEDISTS LDFSYEPLYG IDRYINKVL IAPDLYTSLI NINTNYYSNE YYPEIIVLNP NTFHKKVNIN LDSSSFEYKW STEGSDFILV RYLEESNKKI L QKIRIKGI LSNTQSFNKM SIDFKDIKKL SLGYIMSNFK SFNSENELDR DHLGFKIIDN KTYYYDEDSK LVKGLININN SL FYFDPIE SNLVTGWQTI NGKKYYFDIN TGAASTSYKI INGKHFYFNN NGVMQLGVFK GPDGFEYFAP ANTQNNNIEG QAI VYQSKF LTLNGKKYYF DNDSKAVTGW RIINNEKYYF NPNNAIAAVG LQVIDNNKYY FNPDTAIISK GWQTVNGSRY YFDT DTAIA FNGYKTIDGK HFYFDSDCVV KIGVFSGSNG FEYFAPANTY NNNIEGQAIV YQSKFLTLNG KKYYFDNNSK AVTGW QTID SKKYYFNTNT AEAATGWQTI DGKKYYFNTN TAEAATGWQT IDGKKYYFNT NTSIASTGYT IINGKYFYFN TDGIMQ IGV FKVPNGFEYF APANTHNNNI EGQAILYQNK FLTLNGKKYY FGSDSKAITG WQTIDGKKYY FNPNNAIAAT HLCTINN DK YYFSYDGILQ NGYITIERNN FYFDANNESK MVTGVFKGPN GFEYFAPANT HNNNIEGQAI VYQNKFLTLN GKKYYFDN D SKAVTGWQTI DSKKYYFNLN TAVAVTGWQT IDGEKYYFNL NTAEAATGWQ TIDGKRYYFN TNTYIASTGY TIINGKHFY FNTDGIMQIG VFKGPDGFEY FAPANTHNNN IEGQAILYQN KFLTLNGKKY YFGSDSKAVT GLRTIDGKKY YFNTNTAVAV TGWQTINGK KYYFNTNTYI ASTGYTIISG KHFYFNTDGI MQIGVFKGPD GFEYFAPANT DANNIEGQAI RYQNRFLYLH D NIYYFGND SKAATGWATI DGNRYYFEPN TAMGANGYKT IDNKNFYFRN GLPQIGVFKG PNGFEYFAPA NTDANNIDGQ AI RYQNRFL HLLGKIYYFG NNSKAVTGWQ TINSKVYYFM PDTAMAAAGG LFEIDGVIYF FGVDGVKAPG IYG UniProtKB: Toxin A |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 900000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-7pog: |