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- EMDB-13444: Stacked compact Dunaliella PSII -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13444
タイトルStacked compact Dunaliella PSII
マップデータ
試料
  • 複合体: Dunaliella salina Photosystem II complex光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: x 25種
  • リガンド: x 30種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / response to herbicide / 光化学系II ...photosynthesis, light harvesting / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / response to herbicide / 光化学系II / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily ...Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Cytochrome b559 subunit beta / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Z / Cytochrome b559 subunit alpha ...Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Cytochrome b559 subunit beta / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Z / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein L
類似検索 - 構成要素
生物種Dunaliella salina (しおひげむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Caspy I / Fadeeva M / Mazor Y / Nelson N
資金援助 イスラエル, 2件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
Israel Science Foundation199/21 イスラエル
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structure of photosystem II reveals conformational flexibility of stacked and unstacked supercomplexes.
著者: Ido Caspy / Maria Fadeeva / Yuval Mazor / Nathan Nelson /
要旨: Photosystem II (PSII) generates an oxidant whose redox potential is high enough to enable water oxidation , a substrate so abundant that it assures a practically unlimited electron source for life on ...Photosystem II (PSII) generates an oxidant whose redox potential is high enough to enable water oxidation , a substrate so abundant that it assures a practically unlimited electron source for life on earth . Our knowledge on the mechanism of water photooxidation was greatly advanced by high-resolution structures of prokaryotic PSII . Here, we show high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of eukaryotic PSII from the green alga at two distinct conformations. The conformers are also present in stacked PSII, exhibiting flexibility that may be relevant to the grana formation in chloroplasts of the green lineage. CP29, one of PSII associated light-harvesting antennae, plays a major role in distinguishing the two conformations of the supercomplex. We also show that the stacked PSII dimer, a form suggested to support the organisation of thylakoid membranes , can appear in many different orientations providing a flexible stacking mechanism for the arrangement of grana stacks in thylakoids. Our findings provide a structural basis for the heterogenous nature of the eukaryotic PSII on multiple levels.
履歴
登録2021年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13444.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13444.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.036
最小 - 最大-0.07208223 - 0.10197324
平均 (標準偏差)5.815569e-05 (±0.008497476)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 460.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dunaliella salina Photosystem II complex

全体名称: Dunaliella salina Photosystem II complex光化学系II
要素
  • 複合体: Dunaliella salina Photosystem II complex光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: PsbJ
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: PsbM
    • タンパク質・ペプチド: PsbO
    • タンパク質・ペプチド: PsbP
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: PsbW
    • タンパク質・ペプチド: PsbX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: LHCII M3
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: CP29
    • タンパク質・ペプチド: CP26
    • タンパク質・ペプチド: LHCII M1
    • タンパク質・ペプチド: PsbU
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: PHEOPHYTIN Aフェオフィチン
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: SPHINGOSINEスフィンゴシン
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
  • リガンド: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: DIACYL GLYCEROLジアシルグリセロール
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S})-1-oxidanyloctadecoxy]-3-[(1~{R})-1-oxidanyloctadecoxy]propoxy]butan-2-yl]azanium
  • リガンド: BICARBONATE ION炭酸水素塩
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
  • リガンド: GLYCEROLグリセリン
  • リガンド: Tripalmitoylglycerol
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: ERGOSTEROLエルゴステロール
  • リガンド: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINEホスファチジルエタノールアミン

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超分子 #1: Dunaliella salina Photosystem II complex

超分子名称: Dunaliella salina Photosystem II complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#25
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 37.291488 KDa
配列文字列: ENTSLWARFC EWITSTENRL YIGWFGVIMI PTLLTAISVY IIAFIAAPPV DIDGIREPVS GSLLYGNNII TGAVVPTSNA IGLHFYPIW EAASLDEWLY NGGPYQLVVC HFFLGVCCYM GREWELSYRL GMRPWIAVAY SAPVAAATAV FIIYPIGQGS F SDGMPLGI ...文字列:
ENTSLWARFC EWITSTENRL YIGWFGVIMI PTLLTAISVY IIAFIAAPPV DIDGIREPVS GSLLYGNNII TGAVVPTSNA IGLHFYPIW EAASLDEWLY NGGPYQLVVC HFFLGVCCYM GREWELSYRL GMRPWIAVAY SAPVAAATAV FIIYPIGQGS F SDGMPLGI SGTFNFMIVF QAEHNILMHP FHMFGVAGVF GGSLFSAMHG SLVTSSLIRE TTENESANAG YKFGQEEETY NI VAAHGYF GRLIFQYASF NNSRSLHFFL AVWPVVCIWL TALGISTMAF NLNGFNFNQS VVDSNGRVLN TWADIINRAN LGM EVMHER NAHNFPLDLA

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分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 53.289516 KDa
配列文字列: GLPWYRVHTV VINDPGRLIS VHLMHTALVA GWAGAMTLFE IAVFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFLTRLGV TQSWGGWTIS GETSSNPGI WSYEGAAASH IVLSGLLFLA SVWHWVYWDL ELFRDPRTGK TALDLPKIFG IHLFLAGLLC FGFGAFHVTG V FGPGIWVS ...文字列:
GLPWYRVHTV VINDPGRLIS VHLMHTALVA GWAGAMTLFE IAVFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFLTRLGV TQSWGGWTIS GETSSNPGI WSYEGAAASH IVLSGLLFLA SVWHWVYWDL ELFRDPRTGK TALDLPKIFG IHLFLAGLLC FGFGAFHVTG V FGPGIWVS DPYGLTGSVQ PVAPSWGAEG FDPYNPGGVP AHHIAAGILG VLAGLFHLCV RPSIRLYFGL SMGSIESVLS SS IAAVFWA AFVVAGTMWY GSAATPIELF GPTRYQWDQG FFQQEIQKRV AQSTSEGLSV SEAWAKIPEK LAFYDYIGNN PAK GGLFRT GAMNSGDGIA VGWLGHASFK DQEGRELFVR RMPTFFETFP VVLIDKDGVV RADVPFRKAE SKYSIEQVGV SVTF YGGEL NGLTFTDPST VKKYARKAQL GEIFEFDRST LQSDGVFRSS PRGWFTFGHL SFALLFFFGH IWHGSRTIFR DVFAG IDED

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分子 #3: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 3.217949 KDa
配列文字列:
SLTLILQLVA LFAVVAAGPL VVVLLSVRGG NL

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分子 #4: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 49.128992 KDa
配列文字列: GRDQETTGFA WWAGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVSH FVPEKPMYEQ GLILLPHIAT LGYGVGPGGE VLDTFPYFV SGVLHLISSA VLGFGGVYHS LIGPETLEES YPFFGYVWKD KNKMTNILGY HLIILGCGAW LLVLKALYFG G VYDTWAPG ...文字列:
GRDQETTGFA WWAGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVSH FVPEKPMYEQ GLILLPHIAT LGYGVGPGGE VLDTFPYFV SGVLHLISSA VLGFGGVYHS LIGPETLEES YPFFGYVWKD KNKMTNILGY HLIILGCGAW LLVLKALYFG G VYDTWAPG GGDVRIISNP TTNAAIIFGY IVKSPFGGDG WIVSVDNLED IIGGHIWIGT LCILGGIWHI YTTPWPWARR AF VWSGEAY LSYSLAAVSL MGFTACCFAW FNNTAYPSEF YGPTGPEASQ AQAFTFLVRD QRLGANVASA QGPTGLGKYL MRS PTGEII FGGETMRFWD FRGPWVEPLR GPSGLDLVKL KNDIQPWQER RAAEYMTHAP LGSLNSVGGV ATEINAVNFV SPRS WLATS HFCLGFFFFV GHLWHAGRAR AAAAGFEKGI DRVDEPVLSM RPLD

+
分子 #5: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 38.965383 KDa
配列文字列: IGTYQEKRTW FDDADDWLRQ DRFVFVGWSG LLLLPCAYFA VGGWLTGCTF VTSWYTHGLA SSYIEGCNFL TAAVSTPANS LGHSLLFVW GPEAQGDLTR WFQLGGLWAF VALHGAFGLI GFMLRQFEIA RSVNLRPYNA IAFSAPIAVF VSVFLIYPLG Q SGWFFAPS ...文字列:
IGTYQEKRTW FDDADDWLRQ DRFVFVGWSG LLLLPCAYFA VGGWLTGCTF VTSWYTHGLA SSYIEGCNFL TAAVSTPANS LGHSLLFVW GPEAQGDLTR WFQLGGLWAF VALHGAFGLI GFMLRQFEIA RSVNLRPYNA IAFSAPIAVF VSVFLIYPLG Q SGWFFAPS FGVASIFRFI LFFQGFHNWT LNPFHMMGVA GVLGAALLCA IHGATVENTL FEDGDGANTF RAFNPTQAEE TY SMVTANR FWSQIFGVAF SNKRWLHFFM LFVPVTGLWM SALGVVGLAL NLRAYDFVSQ EIRAAEDPEF ETFYTKNILL NEG IRAWMA AQDQPHEKLT LPEEVLPRGN AL

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 8.743847 KDa
配列文字列:
ERPFSDILTS IRYWVIHSIT VPSLFIAGWL FVSTGLAYDV FGSPRPNEYF TEDRQDAPLI TDRFNALEQV KKLSAQ

+
分子 #7: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 3.549299 KDa
配列文字列:
IFTVRWLAIH AIAVPTIFFL GAITAMQFIQ R

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 7.124381 KDa
配列文字列:
EPGIVTPLGT LLRPLNSEAG KVLPGWGTTV LMAVAILLFA VFLLIILEIY NSSLILDGVT NSWESLA

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 3.929648 KDa
配列文字列:
MLTLKIFVYT VVTFFVGLFI FGFLSNDPSR NPGKG

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分子 #10: PsbJ

分子名称: PsbJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 3.7375 KDa
配列文字列:
IGRIPLWLVG TVVGLLAIGL LAIFFYGSYV GLGSSL

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 4.159991 KDa
配列文字列:
KLPEAYAPFS PIVDVLPIIP VLFILLAFVW QASVSFR

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 4.417203 KDa
配列文字列:
MARPNPNKQV VELNRSSLYW GLLLIFVLAV LFSSYIFN

+
分子 #13: PsbM

分子名称: PsbM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 3.307979 KDa
配列文字列:
VNILGLTATA LFIIIPTSFL LILYVKTAAS E

+
分子 #14: PsbO

分子名称: PsbO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 25.874908 KDa
配列文字列: LTYDELQGLT YLQVKGTGIA NTCPVVEQGT SNVRELKPGD YKLEKFCMEP TSFTVKEEDA KGREEFVKTK LLTRLTYGLD GMNGSMKIN NDGSVEFRED EGLDYAATTV KLPGGEYVPF LFTIKEFDGK GTLDSFSGDF LVPSYRGSTF LDPKGRGGAT G YDNAIALP ...文字列:
LTYDELQGLT YLQVKGTGIA NTCPVVEQGT SNVRELKPGD YKLEKFCMEP TSFTVKEEDA KGREEFVKTK LLTRLTYGLD GMNGSMKIN NDGSVEFRED EGLDYAATTV KLPGGEYVPF LFTIKEFDGK GTLDSFSGDF LVPSYRGSTF LDPKGRGGAT G YDNAIALP AKADADEIQR LNNKSYTPGK GSAVFSVAKV DTETGEIAGV FESIQPSDTE MGAHPAKDIK ITGLWYGQLT

+
分子 #15: PsbP

分子名称: PsbP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 20.425707 KDa
配列文字列:
AYGEGANVFG RVTNKSGFVP YAGDSFALLL PSKWNPSDEK EVDSIVLRYA DNFDAVNNVY VIAQDTDKSS IQDYGSPEEF ISQFGYLLG RQAWAGQTVS EGGFDANKVS SAALLGVATE KDKKGKTYYK FEILSRTADG NEGGRHQLVK ATVSNGKLYL L KVQAGDKR WFKGTDKECL GVLDSFTVV

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 3.478194 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL IGTLGIIFFS IFFREPPRIA

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分子 #17: PsbW

分子名称: PsbW / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 4.698315 KDa
配列文字列:
LVDDRMNGDG TGLPFGVNDG ILGWVIAGTL GTIWAIYFVS QKDL

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分子 #18: PsbX

分子名称: PsbX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 2.854407 KDa
配列文字列:
SVTPSLKNFL LSLVAGAVVL AAIAGAVTAV

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分子 #19: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 6.430616 KDa
配列文字列:
MTSILQIALL GLVLVSFALV VGVPVVFASP NGWTENKGVV FSGLSVWFLL VFAVGVFNSF A

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分子 #20: LHCII M3

分子名称: LHCII M3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 24.075082 KDa
配列文字列: TINQFYGPDR NKWLGPYSTN TPPYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPETFKRY RELELIHARW ALLGALGMVT PELLQDDDGI MFGESAIWF KAGAAIFQEG GLNYLGNPSL IHAQNIVATL AVQVVLMGLV EGYRVNGGPA GEGLDPLYPG EAFDPLGLAD D PEAFAELK ...文字列:
TINQFYGPDR NKWLGPYSTN TPPYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPETFKRY RELELIHARW ALLGALGMVT PELLQDDDGI MFGESAIWF KAGAAIFQEG GLNYLGNPSL IHAQNIVATL AVQVVLMGLV EGYRVNGGPA GEGLDPLYPG EAFDPLGLAD D PEAFAELK VKEIKNGRLA MFACLGFFVQ AIVTGKGPIE NLTDHLANPA ENNAFAYATK FTPQ

+
分子 #21: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 23.719543 KDa
配列文字列: EFYGPDRAKF LGPFSENDTP EYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPQTFARYRE IELIHARWAL LGALGILTPE LLSQYAGVQF GEPVWFKAG AQIFAAGGLN YLGNESLIHA QSIIATLAVQ VVLMGLAEAY RANGGSEGFL DDLDTLYPGG AFDPLGLADD P DTFAELKV ...文字列:
EFYGPDRAKF LGPFSENDTP EYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPQTFARYRE IELIHARWAL LGALGILTPE LLSQYAGVQF GEPVWFKAG AQIFAAGGLN YLGNESLIHA QSIIATLAVQ VVLMGLAEAY RANGGSEGFL DDLDTLYPGG AFDPLGLADD P DTFAELKV KEIKNGRLAM FSCLGFFVQA IVTGKGPVQN LTDHLADPTV NNAFASATKF TPG

+
分子 #22: CP29

分子名称: CP29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 21.163662 KDa
配列文字列: SLSYLDGHLP GDMGFDPLHL SSPTV(SEP)LQIG VDEEDQNQAQ NKKGDVEAIF RPEVFGLARF RETEVIHGRW AMLGTL GAI VGEAATGVSW VDAGKVELDG AQYLGQSLPF SISQLIWIEA ILVGGVEVLR NNELDLEKRI YPGGAFDPLN LADEEDE EK ...文字列:
SLSYLDGHLP GDMGFDPLHL SSPTV(SEP)LQIG VDEEDQNQAQ NKKGDVEAIF RPEVFGLARF RETEVIHGRW AMLGTL GAI VGEAATGVSW VDAGKVELDG AQYLGQSLPF SISQLIWIEA ILVGGVEVLR NNELDLEKRI YPGGAFDPLN LADEEDE EK SFRLKTAEIK HGRLAMVAFL GFGIQAAATG EGALGSLA

+
分子 #23: CP26

分子名称: CP26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 26.233607 KDa
配列文字列: PDLEKWYGPD RKLFLPGGLL DRDDVPEYLN GELAGDYGYD PLGLGKDEEQ VEKYRANELL HARWAMLAAA GIIIPEGLQA NGADIKGGT WFETGAEMLN GGTLNYFAVP FGVVQNPLPL AAVTLIEIVL LGAVEKFRVD GTGPAGFSPG VGKFDSDIFD G LDKLYPGG ...文字列:
PDLEKWYGPD RKLFLPGGLL DRDDVPEYLN GELAGDYGYD PLGLGKDEEQ VEKYRANELL HARWAMLAAA GIIIPEGLQA NGADIKGGT WFETGAEMLN GGTLNYFAVP FGVVQNPLPL AAVTLIEIVL LGAVEKFRVD GTGPAGFSPG VGKFDSDIFD G LDKLYPGG PFDPLNLADD PEVFAELQVK EIKNGRLAMI AVLAFAIQSY VTGEGPYANI TKHLSDPFGY NLLTVLQGDD RV PTL

+
分子 #24: LHCII M1

分子名称: LHCII M1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 23.537566 KDa
配列文字列: SAWYGPDRPL FLGSLSGEPP SYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPTTFARYRT IELIHARWAL LGALGIITPE LLAKNGVPFS EDGAIWFKA GAEIFKEGGL NYLGNENLIH AQSILATLAV QVIVMGAAEG FRANGEAPGV EGLDPLYPGG PFDPLGLADD P EAFAELKV ...文字列:
SAWYGPDRPL FLGSLSGEPP SYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPTTFARYRT IELIHARWAL LGALGIITPE LLAKNGVPFS EDGAIWFKA GAEIFKEGGL NYLGNENLIH AQSILATLAV QVIVMGAAEG FRANGEAPGV EGLDPLYPGG PFDPLGLADD P EAFAELKV KEIKNGRLAM FSCLGFFVQA IVTGKGPIQN LQDHLADPGV NNAFASATKF VPTP

+
分子 #25: PsbU

分子名称: PsbU / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 3.219625 KDa
配列文字列:
QRVRTVLDMD DPAKEETVKE LRKDINN

+
分子 #26: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #27: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 4 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #28: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 8 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #29: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 312 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #30: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 8 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン

+
分子 #31: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 32 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #32: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 20 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #33: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 28 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #34: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 8 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE / スフィンゴシン

+
分子 #35: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #36: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...

分子名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 4 / 式: C7Z
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-C7Z:
(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル

+
分子 #37: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 16 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #38: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 12 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸 / ホスファチジン酸

+
分子 #39: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 12 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル / ジアシルグリセロール

+
分子 #40: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 35 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #41: trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S...

分子名称: trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S})-1-oxidanyloctadecoxy]-3-[(1~{R})-1-oxidanyloctadecoxy]propoxy]butan-2-yl]azanium
タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 4 / 式: LMK
分子量理論値: 773.241 Da
Chemical component information

ChemComp-LMK:
trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S})-1-oxidanyloctadecoxy]-3-[(1~{R})-1-oxidanyloctadecoxy]propoxy]butan-2-yl]azanium

+
分子 #42: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 4 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM / 炭酸水素塩

+
分子 #43: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / プラストキノン

+
分子 #44: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #45: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol

分子名称: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 4 / 式: RRX
分子量理論値: 552.872 Da
Chemical component information

ChemComp-RRX:
(3R)-beta,beta-caroten-3-ol / β-クリプトキサンチン / Β-クリプトキサンチン

+
分子 #46: GLYCEROL

分子名称: GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 2 / 式: GOL
分子量理論値: 92.094 Da
Chemical component information

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

+
分子 #47: Tripalmitoylglycerol

分子名称: Tripalmitoylglycerol / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 8 / 式: 4RF
分子量理論値: 807.32 Da
Chemical component information

ChemComp-4RF:
Tripalmitoylglycerol / トリパルミチン / トリパルミチン

+
分子 #48: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 92 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

+
分子 #49: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 36 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

+
分子 #50: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 16 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

+
分子 #51: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 20 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #52: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 4 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #53: ERGOSTEROL

分子名称: ERGOSTEROL / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 4 / 式: ERG
分子量理論値: 396.648 Da
Chemical component information

ChemComp-ERG:
ERGOSTEROL / エルゴスタ-5,7,22-トリエン-3β-オ-ル / エルゴステロール

+
分子 #54: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypro...

分子名称: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate
タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 4 / 式: LPX
分子量理論値: 453.55 Da
Chemical component information

ChemComp-LPX:
(2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル

+
分子 #55: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 8 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 13586 / 平均電子線量: 51.81 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 401467
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 9567
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6kac

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7pin:
Stacked compact Dunaliella PSII

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る