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- EMDB-13344: Cryo-EM structure of BMV-derived VLP expressed in E. coli and ass... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13344
タイトルCryo-EM structure of BMV-derived VLP expressed in E. coli and assembled in the presence of tRNA (tVLP)
マップデータ
試料
  • ウイルス: Brome mosaic virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
  • リガンド: water水
機能・相同性Bromovirus coat protein / Bromovirus coat protein / カプシド / structural molecule activity / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Brome mosaic virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Ruszkowski M / Strugala A / Indyka P / Urbanowicz A
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nanoscale / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM reconstructions of BMV-derived virus-like particles reveal assembly defects in the icosahedral lattice structure.
著者: Milosz Ruszkowski / Aleksander Strugala / Paulina Indyka / Guillaume Tresset / Marek Figlerowicz / Anna Urbanowicz /
要旨: The increasing interest in virus-like particles (VLPs) has been reflected by the growing number of studies on their assembly and application. However, the formation of complete VLPs is a complex ...The increasing interest in virus-like particles (VLPs) has been reflected by the growing number of studies on their assembly and application. However, the formation of complete VLPs is a complex phenomenon, making it difficult to rationally design VLPs with desired features . In this paper, we describe VLPs assembled from the recombinant capsid protein of brome mosaic virus (BMV). The analysis of VLPs was performed by Cryo-EM reconstructions and allowed us to visualize a few classes of VLPs, giving insight into the VLP self-assembly process. Apart from the mature icosahedral VLP practically identical with native virions, we describe putative VLP intermediates displaying non-icosahedral arrangements of capsomers, proposed to occur before the final disorder-order transition stage of icosahedral VLP assembly. Some of the described VLP classes show a lack of protein shell continuity, possibly resulting from too strong interaction with the cargo (in this case tRNA) with the capsid protein. We believe that our results are a useful prerequisite for the rational design of VLPs in the future and lead the way to the effective production of modified VLPs.
履歴
登録2021年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2022年3月9日-
現状2022年3月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pe1
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7pe1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13344.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13344.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.017 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.02727989 - 0.057529032
平均 (標準偏差)0.00025860703 (±0.003915549)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 440.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z440.320440.320440.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0270.0580.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Brome mosaic virus

全体名称: Brome mosaic virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Brome mosaic virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Brome mosaic virus

超分子名称: Brome mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 12302 / 生物種: Brome mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Coat protein

分子名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 180 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Brome mosaic virus (ウイルス)
分子量理論値: 20.568693 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNIMSTSGTG KMTRAQRRAA ARRNRRTAGV QPVIVEPIAA GQGKAIKAIA GYSISKWEAS SDAITAKATN AMSITLPHEL SSEKNKELK VGRVLLWLGL LPSVAGRIKA CVAEKQAQAE AAFQVALAVA DSSKEVVAAM YTDAFRGATL GDLLNLQIYL Y ASEAVPAK ...文字列:
SNIMSTSGTG KMTRAQRRAA ARRNRRTAGV QPVIVEPIAA GQGKAIKAIA GYSISKWEAS SDAITAKATN AMSITLPHEL SSEKNKELK VGRVLLWLGL LPSVAGRIKA CVAEKQAQAE AAFQVALAVA DSSKEVVAAM YTDAFRGATL GDLLNLQIYL Y ASEAVPAK AVVVHLEVEH VRPTFDDFFT PVYK

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 180 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 4.8
詳細: 25 mM NaOAc pH 4.8, 5 mM MgCl2, 25 mM NaCl, 10 mM KCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.9 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17955 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1419349
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6voc

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 24812
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6voc

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7pe1:
Cryo-EM structure of BMV-derived VLP expressed in E. coli and assembled in the presence of tRNA (tVLP)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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