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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13290 | |||||||||
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タイトル | a1b3 GABA-A receptor + GABA | |||||||||
マップデータ | Main map | |||||||||
試料 |
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キーワード | pLGIC GABA Neurotransmission / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic ...GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / nervous system process / neurotransmitter receptor activity / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / GABA-ergic synapse / transmembrane transporter complex / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / postsynapse / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | |||||||||
データ登録者 | Miller PS / Kasaragod VB / Hardwick SW / Chirgadze DY | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Mechanisms of inhibition and activation of extrasynaptic αβ GABA receptors. 著者: Vikram Babu Kasaragod / Martin Mortensen / Steven W Hardwick / Ayla A Wahid / Valentina Dorovykh / Dimitri Y Chirgadze / Trevor G Smart / Paul S Miller / 要旨: Type A GABA (γ-aminobutyric acid) receptors represent a diverse population in the mammalian brain, forming pentamers from combinations of α-, β-, γ-, δ-, ε-, ρ-, θ- and π-subunits. αβ, ...Type A GABA (γ-aminobutyric acid) receptors represent a diverse population in the mammalian brain, forming pentamers from combinations of α-, β-, γ-, δ-, ε-, ρ-, θ- and π-subunits. αβ, α4βδ, α6βδ and α5βγ receptors favour extrasynaptic localization, and mediate an essential persistent (tonic) inhibitory conductance in many regions of the mammalian brain. Mutations of these receptors in humans are linked to epilepsy and insomnia. Altered extrasynaptic receptor function is implicated in insomnia, stroke and Angelman and Fragile X syndromes, and drugs targeting these receptors are used to treat postpartum depression. Tonic GABAergic responses are moderated to avoid excessive suppression of neuronal communication, and can exhibit high sensitivity to Zn blockade, in contrast to synapse-preferring α1βγ, α2βγ and α3βγ receptor responses. Here, to resolve these distinctive features, we determined structures of the predominantly extrasynaptic αβ GABA receptor class. An inhibited state bound by both the lethal paralysing agent α-cobratoxin and Zn was used in comparisons with GABA-Zn and GABA-bound structures. Zn nullifies the GABA response by non-competitively plugging the extracellular end of the pore to block chloride conductance. In the absence of Zn, the GABA signalling response initially follows the canonical route until it reaches the pore. In contrast to synaptic GABA receptors, expansion of the midway pore activation gate is limited and it remains closed, reflecting the intrinsic low efficacy that characterizes the extrasynaptic receptor. Overall, this study explains distinct traits adopted by αβ receptors that adapt them to a role in tonic signalling. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13290.map.gz | 63 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13290-v30.xml emd-13290.xml | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13290.png | 142.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13290.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_13290_half_map_1.map.gz emd_13290_half_map_2.map.gz | 116.2 MB 116.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13290 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13290 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13290_validation.pdf.gz | 485.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13290_full_validation.pdf.gz | 485.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13290_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13290_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13290 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13290 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Halfmap A
ファイル | emd_13290_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap_A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap B
ファイル | emd_13290_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap_B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : GABA-A receptor - Megabody 25 complex
+超分子 #1: GABA-A receptor - Megabody 25 complex
+超分子 #2: GABA-A receptor
+超分子 #3: Megabody 25
+分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
+分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
+分子 #3: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
+分子 #4: Megabody 25
+分子 #7: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
+分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #9: HISTAMINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 287 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 54.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 139537 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |