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万見
- EMDB-1318: Three-dimensional structure of the respiratory chain supercomplex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1318
タイトルThree-dimensional structure of the respiratory chain supercomplex I1III2IV1 from bovine heart mitochondria.
マップデータThis is a side view along the mitochondiral membrane plane
試料
  • 試料: bovine supercomplex I1III2IV1
  • タンパク質・ペプチド: complex I
  • タンパク質・ペプチド: complex III
  • タンパク質・ペプチド: complex IV
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Schafer E / Dencher NA / Vonck J / Parcej DN
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Three-dimensional structure of the respiratory chain supercomplex I1III2IV1 from bovine heart mitochondria.
著者: Eva Schäfer / Norbert A Dencher / Janet Vonck / David N Parcej /
要旨: The respiratory chain complexes can arrange into multienzyme assemblies, so-called supercomplexes. We present the first 3D map of a respiratory chain supercomplex. It was determined by random conical ...The respiratory chain complexes can arrange into multienzyme assemblies, so-called supercomplexes. We present the first 3D map of a respiratory chain supercomplex. It was determined by random conical tilt electron microscopy analysis of a bovine supercomplex consisting of complex I, dimeric complex III, and complex IV (I1III2IV1). Within this 3D map the positions and orientations of all the individual complexes in the supercomplex were determined unambiguously. Furthermore, the ubiquinone and cytochrome c binding sites of each complex in the supercomplex could be located. The mobile electron carrier binding site of each complex was found to be in proximity to the binding site of the succeeding complex in the respiratory chain. This provides structural evidence for direct substrate channeling in the supercomplex assembly with short diffusion distances for the mobile electron carriers.
履歴
登録2007年1月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年2月5日-
マップ公開2008年2月5日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1318.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1318.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a side view along the mitochondiral membrane plane
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.67 Å/pix.
x 128 pix.
= 597.376 Å		4.67 Å/pix.
x 128 pix.
= 597.376 Å		4.67 Å/pix.
x 128 pix.
= 597.376 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.667 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.003 / ムービー #1: 0.003
最小 - 最大-0.000237242 - 0.00625119
平均 (標準偏差)0.000906469 (±0.000516844)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 597.376 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.6674.6674.667
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z597.376597.376597.376
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-150-149
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0000.0060.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : bovine supercomplex I1III2IV1

全体名称: bovine supercomplex I1III2IV1
要素
  • 試料: bovine supercomplex I1III2IV1
  • タンパク質・ペプチド: complex I
  • タンパク質・ペプチド: complex III
  • タンパク質・ペプチド: complex IV

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超分子 #1000: bovine supercomplex I1III2IV1

超分子名称: bovine supercomplex I1III2IV1 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: membranes are solubilised in digitonin, monodisperse sample
Number unique components: 3
分子量実験値: 1.7 MDa / 理論値: 1.7 MDa

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分子 #1: complex I

分子名称: complex I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 細胞: heart / Organelle: mitochondria / 細胞中の位置: inner mitochondrial membrane

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分子 #2: complex III

分子名称: complex III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 細胞: heart / Organelle: mitochondria / 細胞中の位置: inner mitochondrial membrane

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分子 #3: complex IV

分子名称: complex IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 細胞: heart / Organelle: mitochondria / 細胞中の位置: inner mitochondrial membrane

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.1
詳細: 0.1 % (w/v) digitonin, 25 mM tricine, 7.5 mM bis-tris, 25 mM aminocaproic acid, 10 % (w/v) glycerol
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2 % (w/v) ammonium molybdate, deep stain method
グリッド詳細: 400 mesh Cu grid
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 実像数: 20
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: n.a / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 50

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画像解析

詳細particles were selected manually
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: final maps calculated from two / 使用した粒子像数: 1023
最終 2次元分類クラス数: 3

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原子モデル構築 1

詳細The complexes were fitted by hand in Chimera

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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