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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13154 | |||||||||||||||
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タイトル | 2.29 A Mycobacterium tuberculosis EspB. | |||||||||||||||
マップデータ | Local B-factor sharpened map by Locspiral. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Cryo-EM / EspB / ESX-1 / Preferential orientation / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||||||||
機能・相同性 | ESX-1 secretion-associated protein EspB, PE domain / ESX-1 secreted protein B PE domain / protein secretion by the type VII secretion system / PPE superfamily / biological process involved in interaction with host / extracellular region / identical protein binding / ESX-1 secretion-associated protein EspB 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37RV (結核菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Gijsbers A / Zhang Y | |||||||||||||||
資金援助 | オランダ, European Union, メキシコ, 4件
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引用 | ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2021 タイトル: Priming mycobacterial ESX-secreted protein B to form a channel-like structure. 著者: Abril Gijsbers / Vanesa Vinciauskaite / Axel Siroy / Ye Gao / Giancarlo Tria / Anjusha Mathew / Nuria Sánchez-Puig / Carmen López-Iglesias / Peter J Peters / Raimond B G Ravelli / 要旨: ESX-1 is a major virulence factor of , a secretion machinery directly involved in the survival of the microorganism from the immune system defence. It disrupts the phagosome membrane of the host cell ...ESX-1 is a major virulence factor of , a secretion machinery directly involved in the survival of the microorganism from the immune system defence. It disrupts the phagosome membrane of the host cell through a contact-dependent mechanism. Recently, the structure of the inner-membrane core complex of the homologous ESX-3 and ESX-5 was resolved; however, the elements involved in the secretion through the outer membrane or those acting on the host cell membrane are unknown. Protein substrates might form this missing element. Here, we describe the oligomerisation process of the ESX-1 substrate EspB, which occurs upon cleavage of its C-terminal region and is favoured by an acidic environment. Cryo-electron microscopy data shows that quaternary structure of EspB is conserved across slow growing species, but not in the fast growing . EspB assembles into a channel with dimensions and characteristics suitable for the transit of ESX-1 substrates, as shown by the presence of another EspB trapped within. Our results provide insight into the structure and assembly of EspB, and suggests a possible function as a structural element of ESX-1. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13154.map.gz | 11.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13154-v30.xml emd-13154.xml | 21.5 KB 21.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13154_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13154.png | 212.5 KB | ||
マスクデータ | emd_13154_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-13154.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_13154_additional_1.map.gz emd_13154_half_map_1.map.gz emd_13154_half_map_2.map.gz | 7 MB 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13154 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13154 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13154_validation.pdf.gz | 924.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13154_full_validation.pdf.gz | 924.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13154_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13154_validation.cif.gz | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13154 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13154 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local B-factor sharpened map by Locspiral. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13154_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Global B-factor sharpened map from Relion postprocessing.
ファイル | emd_13154_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Global B-factor sharpened map from Relion postprocessing. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unmasked halfmap 1.
ファイル | emd_13154_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unmasked halfmap 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unmasked halfmap 2.
ファイル | emd_13154_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unmasked halfmap 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : heptamer of EspB
全体 | 名称: heptamer of EspB |
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要素 |
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-超分子 #1: heptamer of EspB
超分子 | 名称: heptamer of EspB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37RV (結核菌) |
分子量 | 理論値: 220 KDa |
-分子 #1: ESX-1 secretion-associated protein EspB
分子 | 名称: ESX-1 secretion-associated protein EspB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37RV (結核菌) |
分子量 | 理論値: 31.561842 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SMHTQSQTVT VDQQEILNRA NEVEAPMADP PTDVPITPCE LTAAKNAAQQ LVLSADNMRE YLAAGAKERQ RLATSLRNAA KAYGEVDEE AATALDNDGE GTVQAESAGA VGGDSSAELT DTPRVATAGE PNFMDLKEAA RKLETGDQGA SLAHFADGWN T FNLTLQGD ...文字列: SMHTQSQTVT VDQQEILNRA NEVEAPMADP PTDVPITPCE LTAAKNAAQQ LVLSADNMRE YLAAGAKERQ RLATSLRNAA KAYGEVDEE AATALDNDGE GTVQAESAGA VGGDSSAELT DTPRVATAGE PNFMDLKEAA RKLETGDQGA SLAHFADGWN T FNLTLQGD VKRFRGFDNW EGDAATACEA SLDQQRQWIL HMAKLSAAMA KQAQYVAQLH VWARREHPTY EDIVGLERLY AE NPSARDQ ILPVYAEYQQ RSEKVLTEYN NKAALEPVNP PKPPPAIKID PP UniProtKB: ESX-1 secretion-associated protein EspB |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 5.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 2000 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.01 kPa | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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温度 | 最低: 90.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | Basic direct alignments were done as well as astigmatism and coma alignment using AutoCTF |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2334 / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |