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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13120 | |||||||||
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タイトル | Mature capsid of bacteriophage phiRSA1 | |||||||||
マップデータ | Mature capsid of bacteriophage phiRSA1 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Bacteriophage P2, capsid / Phage major capsid protein, P2 family / p2 family phage major capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Ralstonia virus RSA1 (ウイルス) / Ralstonia solanacearum (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Effantin G / Fujiwara A / Kawsaki T / Yamada T / Schoehn G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021 タイトル: High Resolution Structure of the Mature Capsid of Bacteriophage ϕRSA1 by Cryo-Electron Microscopy. 著者: Grégory Effantin / Akiko Fujiwara / Takeru Kawasaki / Takashi Yamada / Guy Schoehn / 要旨: The ϕRSA1 bacteriophage has been isolated from , a gram negative bacteria having a significant economic impact on many important crops. We solved the three-dimensional structure of the ϕRSA1 mature ...The ϕRSA1 bacteriophage has been isolated from , a gram negative bacteria having a significant economic impact on many important crops. We solved the three-dimensional structure of the ϕRSA1 mature capsid to 3.9 Å resolution by cryo-electron microscopy. The capsid shell, that contains the 39 kbp of dsDNA genome, has an icosahedral symmetry characterized by an unusual triangulation number of T = 7, . The ϕRSA1 capsid is composed solely of the polymerization of the major capsid protein, gp8, which exhibits the typical "Johnson" fold first characterized in bacteriophage HK97. As opposed to the latter, the ϕRSA1 mature capsid is not stabilized by covalent crosslinking between its subunits, nor by the addition of a decoration protein. We further describe the molecular interactions occurring between the subunits of the ϕRSA1 capsid and their relationships with the other known bacteriophages. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13120.map.gz | 1012.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13120-v30.xml emd-13120.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13120_fsc.xml | 23.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13120.png | 185.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13120 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13120 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13120_validation.pdf.gz | 409.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13120_full_validation.pdf.gz | 409.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13120_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13120_validation.cif.gz | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13120 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13120 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mature capsid of bacteriophage phiRSA1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ralstonia solanacearum
全体 | 名称: Ralstonia solanacearum (バクテリア) |
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要素 |
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-超分子 #1: Ralstonia solanacearum
超分子 | 名称: Ralstonia solanacearum / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 305 / 生物種: Ralstonia solanacearum / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: gp8 / 直径: 640.0 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: p2 family phage major capsid protein
分子 | 名称: p2 family phage major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ralstonia virus RSA1 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 37.831531 KDa |
配列 | 文字列: MRNDTRRLFA AYKAAIAKLN GVERVDEKFS VAPSVQQKLE TKVQESSDFL KSINFYGVPE QEGEKIGLGV SGPVASTTDT TQQDRETSD ISTMDGRRYR CEQTNSDTHI TYQKLDAWAK FADFQTRIRD AIIKRQALDR IMIGFNGVSR AATSDRVANP M LQDVNKGW ...文字列: MRNDTRRLFA AYKAAIAKLN GVERVDEKFS VAPSVQQKLE TKVQESSDFL KSINFYGVPE QEGEKIGLGV SGPVASTTDT TQQDRETSD ISTMDGRRYR CEQTNSDTHI TYQKLDAWAK FADFQTRIRD AIIKRQALDR IMIGFNGVSR AATSDRVANP M LQDVNKGW LQNLREQAPQ RVMKEGKAAA GKITVGGAGA DYGNLDALVY DITNHLVEPW YAEDPDLVVV CGRNLLSDKY FP LVNRDRD PVQQIAADLI ISQKRIGNLP AIRVPYFPAN GLLVTRLDNL SIYYQEGGRR RTILDNAKRD RIENYESSND AYV IEDLAC AAMAENIALA AAA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |