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- EMDB-13048: cytochrome bd-II type oxidase with bound aurachin D -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13048
タイトルcytochrome bd-II type oxidase with bound aurachin D
マップデータpost-processed sharpened map
試料
  • 複合体: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Putative cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit AppX
  • リガンド: HEME B/C
  • リガンド: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE
  • リガンド: Aurachin D
  • リガンド: Ubiquinone-8
  • リガンド: water
キーワードterminal oxidase / Q-loop / inhibitor binding / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquinol oxidase (H+-transporting) / cytochrome bo3 ubiquinol oxidase activity / cytochrome complex / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / cell outer membrane / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane bound YbgT-like / Membrane bound YbgT-like protein / Cytochrome ubiquinol oxidase subunit 1 / Cytochrome ubiquinol oxidase subunit 2 / Cytochrome bd terminal oxidase subunit I / Cytochrome bd terminal oxidase subunit II
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit AppX / Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 2 / Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Grauel A / Kaegi J
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)278002225/RTG 2202 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of Escherichia coli cytochrome bd-II type oxidase with bound aurachin D.
著者: Antonia Grauel / Jan Kägi / Tim Rasmussen / Iryna Makarchuk / Sabrina Oppermann / Aurélien F A Moumbock / Daniel Wohlwend / Rolf Müller / Frederic Melin / Stefan Günther / Petra Hellwig / ...著者: Antonia Grauel / Jan Kägi / Tim Rasmussen / Iryna Makarchuk / Sabrina Oppermann / Aurélien F A Moumbock / Daniel Wohlwend / Rolf Müller / Frederic Melin / Stefan Günther / Petra Hellwig / Bettina Böttcher / Thorsten Friedrich /
要旨: Cytochrome bd quinol:O oxidoreductases are respiratory terminal oxidases so far only identified in prokaryotes, including several pathogenic bacteria. Escherichia coli contains two bd oxidases of ...Cytochrome bd quinol:O oxidoreductases are respiratory terminal oxidases so far only identified in prokaryotes, including several pathogenic bacteria. Escherichia coli contains two bd oxidases of which only the bd-I type is structurally characterized. Here, we report the structure of the Escherichia coli cytochrome bd-II type oxidase with the bound inhibitor aurachin D as obtained by electron cryo-microscopy at 3 Å resolution. The oxidase consists of subunits AppB, C and X that show an architecture similar to that of bd-I. The three heme cofactors are found in AppC, while AppB is stabilized by a structural ubiquinone-8 at the homologous positions. A fourth subunit present in bd-I is lacking in bd-II. Accordingly, heme b is exposed to the membrane but heme d embedded within the protein and showing an unexpectedly high redox potential is the catalytically active centre. The structure of the Q-loop is fully resolved, revealing the specific aurachin binding.
履歴
登録2021年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.035
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ose
  • 表面レベル: 0.035
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13048.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13048.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈post-processed sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0635 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.092141904 - 0.17856313
平均 (標準偏差)0.00033691214 (±0.009092562)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 212.70001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06351.06351.0635
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.700212.700212.700
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0920.1790.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase

全体名称: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase
要素
  • 複合体: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Putative cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit AppX
  • リガンド: HEME B/C
  • リガンド: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE
  • リガンド: Aurachin D
  • リガンド: Ubiquinone-8
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase

超分子名称: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: dimer of heterotrimers solubilised in amphipol A8-35 in complex with the inhibitor Aurachin D
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 208 KDa

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分子 #1: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquinol oxidase (H+-transporting)
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 57.962469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MWDVIDLSRW QFALTALYHF LFVPLTLGLI FLLAIMETIY VVTGKTIYRD MTRFWGKLFG INFALGVATG LTMEFQFGTN WSFYSNYVG DIFGAPLAME ALMAFFLEST FVGLFFFGWQ RLNKYQHLLV TWLVAFGSNL SALWILNANG WMQYPTGAHF D IDTLRMEM ...文字列:
MWDVIDLSRW QFALTALYHF LFVPLTLGLI FLLAIMETIY VVTGKTIYRD MTRFWGKLFG INFALGVATG LTMEFQFGTN WSFYSNYVG DIFGAPLAME ALMAFFLEST FVGLFFFGWQ RLNKYQHLLV TWLVAFGSNL SALWILNANG WMQYPTGAHF D IDTLRMEM TSFSELVFNP VSQVKFVHTV MAGYVTGAMF IMAISAWYLL RGRERNVALR SFAIGSVFGT LAIIGTLQLG DS SAYEVAQ VQPVKLAAME GEWQTEPAPA PFHVVAWPEQ DQERNAFALK IPALLGILAT HSLDKPVPGL KNLMAETYPR LQR GRMAWL LMQEISQGNR EPHVLQAFRG LEGDLGYGML LSRYAPDMNH VTAAQYQAAM RGAIPQVAPV FWSFRIMVGC GSLL LLVML IALVQTLRGK IDQHRWVLKM ALWSLPLPWI AIEAGWFMTE FGRQPWAIQD ILPTYSAHSA LTTGQLAFSL IMIVG LYTL FLIAEVYLMQ KYARLGPSAM QSEQPTQQQG

UniProtKB: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 1

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分子 #2: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquinol oxidase (H+-transporting)
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
分子量理論値: 42.448543 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MFDYETLRFI WWLLIGVILV VFMISDGFDM GIGCLLPLVA RNDDERRIVI NSVGAHWEGN QVWLILAGGA LFAAWPRVYA AAFSGFYVA MILVLCSLFF RPLAFDYRGK IADARWRKMW DAGLVIGSLV PPVVFGIAFG NLLLGVPFAF TPQLRVEYLG S FWQLLTPF ...文字列:
MFDYETLRFI WWLLIGVILV VFMISDGFDM GIGCLLPLVA RNDDERRIVI NSVGAHWEGN QVWLILAGGA LFAAWPRVYA AAFSGFYVA MILVLCSLFF RPLAFDYRGK IADARWRKMW DAGLVIGSLV PPVVFGIAFG NLLLGVPFAF TPQLRVEYLG S FWQLLTPF PLLCGLLSLG MVILQGGVWL QLKTVGVIHL RSQLATKRAA LLVMLCFLLA GYWLWVGIDG FVLLAQDANG PS NPLMKLV AVLPGAWMNN FVESPVLWIF PLLGFFCPLL TVMAIYRGRP GWGFLMASLM QFGVIFTAGI TLFPFVMPSS VSP ISSLTL WDSTSSQLTL SIMLVIVLIF LPIVLLYTLW SYYKMWGRMT TETLRRNENE LY

UniProtKB: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 2

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分子 #3: Putative cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit AppX

分子名称: Putative cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit AppX
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 3.599463 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MWYLLWFVGI LLMCSLSTLV LVWLDPRLKS

UniProtKB: Putative cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit AppX

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分子 #4: HEME B/C

分子名称: HEME B/C / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: HEB
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEB:
HEME B/C

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分子 #5: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE

分子名称: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: HDD
分子量理論値: 632.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HDD:
CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE

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分子 #6: Aurachin D

分子名称: Aurachin D / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: 0NI
分子量理論値: 363.536 Da
Chemical component information

ChemComp-0NI:
Aurachin D

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分子 #7: Ubiquinone-8

分子名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: UQ8
分子量理論値: 727.109 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ8:
Ubiquinone-8 / ユビキノン8

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.6 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC7H15NO4SMOPS
20.0 mMNaClsodium chloride
160.0 uMC25H33NOAurachin D
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 150 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 45 sec incubation, 6.5 sec blotting.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1836 / 平均露光時間: 75.0 sec. / 平均電子線量: 79.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 800000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 125497
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6rx4


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 94
当てはまり具合の基準: WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS
得られたモデル

PDB-7ose:
cytochrome bd-II type oxidase with bound aurachin D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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