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- EMDB-13020: CryoEM structure of DNA Polymerase alpha - primase bound to SARS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13020
タイトルCryoEM structure of DNA Polymerase alpha - primase bound to SARS CoV nsp1
マップデータ3D refinement map
試料
  • 複合体: Complex of DNA polymerase alpha - primase bound to SARS COV-2 nsp1
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha subunit B
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードDNA polymerase / Primase / viral protein / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / regulation of type I interferon production ...positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / regulation of type I interferon production / Processive synthesis on the lagging strand / Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / DNA primase activity / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / lagging strand elongation / DNA replication, synthesis of primer / mitotic DNA replication initiation / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / G1/S-Specific Transcription / leading strand elongation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / DNA replication origin binding / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / viral genome replication / methyltransferase activity / Defective pyroptosis / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell Golgi apparatus / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / DNA replication / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / DNA-directed DNA polymerase / single-stranded RNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA repair / virus-mediated perturbation of host defense response / nucleotide binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / magnesium ion binding / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain ...DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / DNA Polymerase alpha zinc finger / DNA polymerase alpha subunit p180 N terminal / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase alpha catalytic subunit / Replicase polyprotein 1a / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit / DNA polymerase alpha subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.12 Å
データ登録者Kilkenny TJ / Pellegrini L
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust104641/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the interaction of SARS-CoV-2 virulence factor nsp1 with DNA polymerase α-primase.
著者: Mairi L Kilkenny / Charlotte E Veale / Amir Guppy / Steven W Hardwick / Dimitri Y Chirgadze / Neil J Rzechorzek / Joseph D Maman / Luca Pellegrini /
要旨: The molecular mechanisms that drive the infection by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-the causative agent of coronavirus disease 2019 (COVID-19)-are under intense ...The molecular mechanisms that drive the infection by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-the causative agent of coronavirus disease 2019 (COVID-19)-are under intense current scrutiny to understand how the virus operates and to uncover ways in which the disease can be prevented or alleviated. Recent proteomic screens of the interactions between viral and host proteins have identified the human proteins targeted by SARS-CoV-2. The DNA polymerase α (Pol α)-primase complex or primosome-responsible for initiating DNA synthesis during genomic duplication-was identified as a target of nonstructural protein 1 (nsp1), a major virulence factor in the SARS-CoV-2 infection. Here, we validate the published reports of the interaction of nsp1 with the primosome by demonstrating direct binding with purified recombinant components and providing a biochemical characterization of their interaction. Furthermore, we provide a structural basis for the interaction by elucidating the cryo-electron microscopy structure of nsp1 bound to the primosome. Our findings provide biochemical evidence for the reported targeting of Pol α by the virulence factor nsp1 and suggest that SARS-CoV-2 interferes with Pol α's putative role in the immune response during the viral infection.
履歴
登録2021年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月10日-
マップ公開2021年11月10日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
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  • 原子モデル: PDB-7opl
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13020.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13020.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D refinement map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.314 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.008
最小 - 最大-0.015819203 - 0.075377904
平均 (標準偏差)0.0004861129 (±0.0034148486)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 210.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3141.3141.314
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z210.240210.240210.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ7810892
NX/NY/NZ127111124
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0160.0750.000

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map, calculated from the two half maps...

ファイルemd_13020_additional_1.map
注釈Sharpened map, calculated from the two half maps using local, anisotropic sharpening in Phenix.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map #1

ファイルemd_13020_half_map_1.map
注釈Half map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map #2

ファイルemd_13020_half_map_2.map
注釈Half map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of DNA polymerase alpha - primase bound to SARS COV-2 nsp1

全体名称: Complex of DNA polymerase alpha - primase bound to SARS COV-2 nsp1
要素
  • 複合体: Complex of DNA polymerase alpha - primase bound to SARS COV-2 nsp1
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alpha subunit B
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Complex of DNA polymerase alpha - primase bound to SARS COV-2 nsp1

超分子名称: Complex of DNA polymerase alpha - primase bound to SARS COV-2 nsp1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 310 KDa

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分子 #1: DNA polymerase alpha catalytic subunit

分子名称: DNA polymerase alpha catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 133.702562 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GGSWSHPQFE KLEVLFQGPE FGADEEQVFH FYWLDAYEDQ YNQPGVVFLF GKVWIESAET HVSCCVMVK NIERTLYFLP REMKIDLNTG KETGTPISMK DVYEEFDEKI ATKYKIMKFK SKPVEKNYAF EIPDVPEKSE Y LEVKYSAE ...文字列:
MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GGSWSHPQFE KLEVLFQGPE FGADEEQVFH FYWLDAYEDQ YNQPGVVFLF GKVWIESAET HVSCCVMVK NIERTLYFLP REMKIDLNTG KETGTPISMK DVYEEFDEKI ATKYKIMKFK SKPVEKNYAF EIPDVPEKSE Y LEVKYSAE MPQLPQDLKG ETFSHVFGTN TSSLELFLMN RKIKGPCWLE VKSPQLLNQP VSWCKVEAMA LKPDLVNVIK DV SPPPLVV MAFSMKTMQN AKNHQNEIIA MAALVHHSFA LDKAAPKPPF QSHFCVVSKP KDCIFPYAFK EVIEKKNVKV EVA ATERTL LGFFLAKVHK IDPDIIVGHN IYGFELEVLL QRINVCKAPH WSKIGRLKRS NMPKLGGRSG FGERNATCGR MICD VEISA KELIRCKSYH LSELVQQILK TERVVIPMEN IQNMYSESSQ LLYLLEHTWK DAKFILQIMC ELNVLPLALQ ITNIA GNIM SRTLMGGRSE RNEFLLLHAF YENNYIVPDK QIFRKPQQKL GDEDEEIDGD TNKYKKGRKK AAYAGGLVLD PKVGFY DKF ILLLDFNSLY PSIIQEFNIC FTTVQRVASE AQKVTEDGEQ EQIPELPDPS LEMGILPREI RKLVERRKQV KQLMKQQ DL NPDLILQYDI RQKALKLTAN SMYGCLGFSY SRFYAKPLAA LVTYKGREIL MHTKEMVQKM NLEVIYGDTD SIMINTNS T NLEEVFKLGN KVKSEVNKLY KLLEIDIDGV FKSLLLLKKK KYAALVVEPT SDGNYVTKQE LKGLDIVRRD WCDLAKDTG NFVIGQILSD QSRDTIVENI QKRLIEIGEN VLNGSVPVSQ FEINKALTKD PQDYPDKKSL PHVHVALWIN SQGGRKVKAG DTVSYVICQ DGSNLTASQR AYAPEQLQKQ DNLTIDTQYY LAQQIHPVVA RICEPIDGID AVLIATWLGL DPTQFRVHHY H KDEENDAL LGGPAQLTDE EKYRDCERFK CPCPTCGTEN IYDNVFDGSG TDMEPSLYRC SNIDCKASPL TFTVQLSNKL IM DIRRFIK KYYDGWLICE EPTCRNRTRH LPLQFSRTGP LCPACMKATL QPEYSDKSLY TQLCFYRYIF DAECALEKLT TDH EKDKLK KQFFTPKVLQ DYRKLKNTAE QFLSRSGYSE VNLSKLFAGC AVKS

UniProtKB: DNA polymerase alpha catalytic subunit

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分子 #2: DNA polymerase alpha subunit B

分子名称: DNA polymerase alpha subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.855434 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSFSPSAT PSQKYNSRSN RGEVVTSFGL AQGVSWSGRG GAGNISLKVL GCPEALTGSY KSMFQKLPDI REVLTCKIEE LGSELKEHY KIEAFTPLLA PAQEPVTLLG QIGCDSNGKL NNKSVILEGD REHSSGAQIP VDLSELKEYS LFPGQVVIME G INTTGRKL ...文字列:
MGSSFSPSAT PSQKYNSRSN RGEVVTSFGL AQGVSWSGRG GAGNISLKVL GCPEALTGSY KSMFQKLPDI REVLTCKIEE LGSELKEHY KIEAFTPLLA PAQEPVTLLG QIGCDSNGKL NNKSVILEGD REHSSGAQIP VDLSELKEYS LFPGQVVIME G INTTGRKL VATKLYEGVP LPFYQPTEED ADFEQSMVLV ACGPYTTSDS ITYDPLLDLI AVINHDRPDV CILFGPFLDA KH EQVENCL LTSPFEDIFK QCLRTIIEGT RSSGSHLVFV PSLRDVHHEP VYPQPPFSYS DLSREDKKQV QFVSEPCSLS ING VIFGLT STDLLFHLGA EEISSSSGTS DRFSRILKHI LTQRSYYPLY PPQEDMAIDY ESFYVYAQLP VTPDVLIIPS ELRY FVKDV LGCVCVNPGR LTKGQVGGTF ARLYLRRPAA DGAERQSPCI AVQVVRI

UniProtKB: DNA polymerase alpha subunit B

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分子 #3: DNA primase small subunit

分子名称: DNA primase small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.590801 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHH HGENLYFQGT SMETFDPTEL PELLKLYYRR LFPYSQYYRW LNYGGVIKNY FQHREFSFTL KDDIYIRYQS FNNQSDLEK EMQKMNPYKI DIGAVYSHRP NQHNTVKLGA FQAQEKELVF DIDMTDYDDV RRCCSSADIC PKCWTLMTMA I RIIDRALK ...文字列:
MHHHHHHHHH HGENLYFQGT SMETFDPTEL PELLKLYYRR LFPYSQYYRW LNYGGVIKNY FQHREFSFTL KDDIYIRYQS FNNQSDLEK EMQKMNPYKI DIGAVYSHRP NQHNTVKLGA FQAQEKELVF DIDMTDYDDV RRCCSSADIC PKCWTLMTMA I RIIDRALK EDFGFKHRLW VYSGRRGVHC WVCDESVRKL SSAVRSGIVE YLSLVKGGQD VKKKVHLSEK IHPFIRKSIN II KKYFEEY ALVNQDILEN KESWDKILAL VPETIHDELQ QSFQKSHNSL QRWEHLKKVA SRYQNNIKND KYGPWLEWEI MLQ YCFPRL DINVSKGINH LLKSPFSVHP KTGRISVPID LQKVDQFDPF TVPTISFICR ELDAISTNEE EKEENEAESD VKHR TRDYK KTSLAPYVKV FEHFLENLDK SRKGELLKKS DLQKDF

UniProtKB: DNA primase small subunit

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分子 #4: DNA primase large subunit

分子名称: DNA primase large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.890918 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEFSGRKWRK LRLAGDQRNA SYPHCLQFYL QPPSENISLI EFENLAIDRV KLLKSVENLG VSYVKGTEQY QSKLESELRK LKFSYRENL EDEYEPRRRD HISHFILRLA YCQSEELRRW FIQQEMDLLR FRFSILPKDK IQDFLKDSQL QFEAISDEEK T LREQEIVA ...文字列:
MEFSGRKWRK LRLAGDQRNA SYPHCLQFYL QPPSENISLI EFENLAIDRV KLLKSVENLG VSYVKGTEQY QSKLESELRK LKFSYRENL EDEYEPRRRD HISHFILRLA YCQSEELRRW FIQQEMDLLR FRFSILPKDK IQDFLKDSQL QFEAISDEEK T LREQEIVA SSPSLSGLKL GFESIYKIPF ADALDLFRGR KVYLEDGFAY VPLKDIVAII LNEFRAKLSK ALALTARSLP AV QSDERLQ PLLNHLSHSY TGQDYSTQGN VGKISLDQID LLSTKSFPPC MRQLHKALRE NHHLRHGGRM QYGLFLKGIG LTL EQALQF WKQEFIKGKM DPDKFDKGYS YNIRHSFGKE GKRTDYTPFS CLKIILSNPP SQGDYHGCPF RHSDPELLKQ KLQS YKISP GGISQILDLV KGTHYQVACQ KYFEMIHNVD DCGFSLNHPN QFFCESQRIL NGGKDIKKEP IQPETPQPKP SVQKT KDAS SALASLNSSL EMDMEGLEDY FSEDS

UniProtKB: DNA primase large subunit

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分子 #5: Non-structural protein 1

分子名称: Non-structural protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
分子量理論値: 12.955852 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSMGHVQLSL PVLQVRDVLV RGFGDSVEEA LSEAREHLKN GTCGLVELEK GVLPQLEQPY VFIKRSDALS TNHGHKVVEL VAEMDGIQY GRSGITLGVL VPHVGETPIA YRNVLLRKNG

UniProtKB: Replicase polyprotein 1a

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 構成要素:
濃度名称
25.0 mMHepes
150.0 mMKCl
1.0 1mMDTT
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The nsp1 protein was added in 10-fold stoichiometric excess

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 2919 / 平均露光時間: 1.31 sec. / 平均電子線量: 46.91 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.0007 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.0025 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 709068
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The initial 3D model was generated using a Stochastic Gradient Descent algorithm as implemented in Relion 3.1.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 233476
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: As implemented in Relion 3.1.
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: As implemented in Relion 3.1.
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5exr

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5exr

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5exr

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5exr

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7k3n

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2hsx

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7opl:
CryoEM structure of DNA Polymerase alpha - primase bound to SARS CoV nsp1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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