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- EMDB-12975: Structure of Primase-Helicase in SaPI5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12975
タイトルStructure of Primase-Helicase in SaPI5
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Primase-Helicase in SaPI5
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードHelicase / DNA binding / AMPPNP / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA primase, phage/plasmid / D5 N terminal like / Domain of unknown function DUF5906 / Family of unknown function (DUF5906) / DNA primase/nucleoside triphosphatase, C-terminal / Poxvirus D5 protein-like / Bacteriophage/plasmid primase, P4, C-terminal / D5 N terminal like / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Qiao CC / Mir-Sanchis I
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Staphylococcal self-loading helicases couple the staircase mechanism with inter domain high flexibility.
著者: Cuncun Qiao / Gianluca Debiasi-Anders / Ignacio Mir-Sanchis /
要旨: Replication is a crucial cellular process. Replicative helicases unwind DNA providing the template strand to the polymerase and promoting replication fork progression. Helicases are multi-domain ...Replication is a crucial cellular process. Replicative helicases unwind DNA providing the template strand to the polymerase and promoting replication fork progression. Helicases are multi-domain proteins which use an ATPase domain to couple ATP hydrolysis with translocation, however the role that the other domains might have during translocation remains elusive. Here, we studied the unexplored self-loading helicases called Reps, present in Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs). Our cryoEM structures of the PriRep5 from SaPI5 (3.3 Å), the Rep1 from SaPI1 (3.9 Å) and Rep1-DNA complex (3.1Å) showed that in both Reps, the C-terminal domain (CTD) undergoes two distinct movements respect the ATPase domain. We experimentally demonstrate both in vitro and in vivo that SaPI-encoded Reps need key amino acids involved in the staircase mechanism of translocation. Additionally, we demonstrate that the CTD's presence is necessary for the maintenance of full ATPase and helicase activities. We speculate that this high interdomain flexibility couples Rep's activities as initiators and as helicases.
履歴
登録2021年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12975.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.012518998 - 0.039599884
平均 (標準偏差)0.000029685309 (±0.0013586174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 295.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12975_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12975_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_12975_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Primase-Helicase in SaPI5

全体名称: Primase-Helicase in SaPI5
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Primase-Helicase in SaPI5
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Primase-Helicase in SaPI5

超分子名称: Primase-Helicase in SaPI5 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 669 KDa

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分子 #1: DNA primase

分子名称: DNA primase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 93.007031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHAI KKKDRIIGVK ELEIPQELKL VPNWVLWRAE WNEKQQNFGK VPYSINGYRA STTNKKTWCD FESVSIEYEV DEQYSGIGF VLSDGNNFVC LDIDNAIDKK GQINSELALK MMQLTYCEKS PSGTGLHCFF KGKLPDNRKK KRTDLDIELY D SARFMTVT ...文字列:
MGHHHHHHAI KKKDRIIGVK ELEIPQELKL VPNWVLWRAE WNEKQQNFGK VPYSINGYRA STTNKKTWCD FESVSIEYEV DEQYSGIGF VLSDGNNFVC LDIDNAIDKK GQINSELALK MMQLTYCEKS PSGTGLHCFF KGKLPDNRKK KRTDLDIELY D SARFMTVT GCTIGQSDIC DNQEVLNTLV DEYFKENLPA NEVVREESNT NIQLSDEDII NIMMKSKQKD KIKDLLQGTY ES YFESSSE AVQSLLHYLA FYTGKNKQQM ERIFLNYNNL TDKWESKRGN TTWGQLELDK AIKNQKTIYT KSIDEFNVIP QGS KDVKQL LNQLGHEERT KMEENWIEEG KRGRKPTTIS PIKCAYILNE HLTFILFDDE ENTKLAMYQF DEGIYTQNTT IIKR VISYL EPKHNSNKAD EVIYHLTNMV DIKEKTNSPY LIPVKNGVFN RKTKQLESFT PDYIFTSKID TSYVRQDIVP EINGW NIDR WIEEIACNDN QVVKLLWQVI NDSMNGNYTR KKAIFFVGDG NNGKGTFQEL LSNVIGYSNI ASLKVNEFDE RFKLSV LEG KTAVIGDDVP VGVYVDDSSN FKSVVTGDPV LVEFKNKPLY RATFKCTVIQ STNGMPKFKD KTGGTLRRLL IVPFNAN FN GIKENFKIKE DYIKNQQVLE YVLYKAINLD FETFDIPDAS KKMLEVFKED NDPVYGFKVN MFDQWTIRKV PKYIVYAF Y KEYCDENGYN ALSSNKFYKQ FEHYLENYWK TDAQRRYDNE ELAKRIYNFN DNRNYIEPIE SGKNYKSYEK VKLKAI

UniProtKB: DNA primase

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分子 #2: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 200.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: Sodium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 4760 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 1.16 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 724786
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 185358
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7ola:
Structure of Primase-Helicase in SaPI5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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