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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12956 | |||||||||
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タイトル | Lassa virus L protein in an elongation conformation [ELONGATION] | |||||||||
マップデータ | Lassa virus L protein in an elongation conformation [ELONGATION] | |||||||||
試料 |
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キーワード | Lassa virus RNA-dependent RNA polymerase viral RNA / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lassa mammarenavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | |||||||||
データ登録者 | Kouba T / Vogel D | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Conformational changes in Lassa virus L protein associated with promoter binding and RNA synthesis activity. 著者: Tomas Kouba / Dominik Vogel / Sigurdur R Thorkelsson / Emmanuelle R J Quemin / Harry M Williams / Morlin Milewski / Carola Busch / Stephan Günther / Kay Grünewald / Maria Rosenthal / Stephen Cusack / 要旨: Lassa virus is endemic in West Africa and can cause severe hemorrhagic fever. The viral L protein transcribes and replicates the RNA genome via its RNA-dependent RNA polymerase activity. Here, we ...Lassa virus is endemic in West Africa and can cause severe hemorrhagic fever. The viral L protein transcribes and replicates the RNA genome via its RNA-dependent RNA polymerase activity. Here, we present nine cryo-EM structures of the L protein in the apo-, promoter-bound pre-initiation and active RNA synthesis states. We characterize distinct binding pockets for the conserved 3' and 5' promoter RNAs and show how full-promoter binding induces a distinct pre-initiation conformation. In the apo- and early elongation states, the endonuclease is inhibited by two distinct L protein peptides, whereas in the pre-initiation state it is uninhibited. In the early elongation state, a template-product duplex is bound in the active site cavity together with an incoming non-hydrolysable nucleotide and the full C-terminal region of the L protein, including the putative cap-binding domain, is well-ordered. These data advance our mechanistic understanding of how this flexible and multifunctional molecular machine is activated. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12956.map.gz | 61.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12956-v30.xml emd-12956.xml | 24.7 KB 24.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12956_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12956.png | 100.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12956.cif.gz | 7.6 KB | ||
その他 | emd_12956_additional_1.map.gz emd_12956_half_map_1.map.gz emd_12956_half_map_2.map.gz | 117.3 MB 98.4 MB 98.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12956 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12956 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12956_validation.pdf.gz | 889.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12956_full_validation.pdf.gz | 889.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12956_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12956_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12956 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12956 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12956.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Lassa virus L protein in an elongation conformation [ELONGATION] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_12956_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12956_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12956_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : RNA-directed RNA polymerase L Lassa mammarenavirus
+超分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L Lassa mammarenavirus
+超分子 #2: RNA-directed RNA polymerase L
+超分子 #3: 5' RNA, 3' RNA
+超分子 #4: product RNA
+分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L
+分子 #2: 5' RNA
+分子 #3: 3' RNA
+分子 #4: product RNA
+分子 #5: 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phos...
+分子 #6: MANGANESE (II) ION
+分子 #7: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |