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- EMDB-12931: Mouse RNF213:UBE2L3 transthiolation intermediate, chemically stab... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12931
タイトルMouse RNF213:UBE2L3 transthiolation intermediate, chemically stabilized
マップデータfull reconstructed density
試料
  • 複合体: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub)
    • 複合体: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub)
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RNF213
    • 複合体: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub)
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid ubiquitination / lipid droplet formation / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / cell cycle phase transition / ubiquitin-protein transferase activator activity / xenophagy / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein K11-linked ubiquitination / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / cellular response to glucocorticoid stimulus ...lipid ubiquitination / lipid droplet formation / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / cell cycle phase transition / ubiquitin-protein transferase activator activity / xenophagy / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein K11-linked ubiquitination / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / cellular response to glucocorticoid stimulus / sprouting angiogenesis / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / cellular response to steroid hormone stimulus / immune system process / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / regulation of lipid metabolic process / protein autoubiquitination / ubiquitin ligase complex / lipid droplet / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / positive regulation of protein ubiquitination / Regulation of TNFR1 signaling / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein modification process / Regulation of necroptotic cell death / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / presynapse / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / ubiquitin-dependent protein catabolic process / angiogenesis / cell population proliferation / transcription coactivator activity / protein ubiquitination / defense response to bacterium / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RNF213 / Zinc finger, RZ-type / RZ type zinc finger domain / Zinc finger RZ-type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 ...E3 ubiquitin-protein ligase RNF213 / Zinc finger, RZ-type / RZ type zinc finger domain / Zinc finger RZ-type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RNF213 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ahel J / Clausen T
資金援助 オーストリア, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)694978 オーストリア
Austrian Research Promotion Agency852936 オーストリア
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12016/8 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/ P003982/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: E3 ubiquitin ligase RNF213 employs a non-canonical zinc finger active site and is allosterically regulated by ATP
著者: Ahel J / Fletcher AJ / Grabarczyk D / Roitinger E / Deszcz L / Lehner A / Virdee S / Clausen T
履歴
登録2021年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月1日-
マップ公開2022年6月1日-
更新2022年6月1日-
現状2022年6月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12931.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12931.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full reconstructed density
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.072 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.011237639 - 0.031208439
平均 (標準偏差)4.4628632e-05 (±0.0011445131)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 377.344 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12931_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: unfiltered half map 2 of the full reconstructed density

ファイルemd_12931_half_map_1.map
注釈unfiltered half map 2 of the full reconstructed density
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: unfiltered half map 1 of the full reconstructed density

ファイルemd_12931_half_map_2.map
注釈unfiltered half map 1 of the full reconstructed density
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNF213-ABP(UBE2L3-Ub)

全体名称: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub)
要素
  • 複合体: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub)
    • 複合体: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub)
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RNF213
    • 複合体: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub)
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub)

超分子名称: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: chemically stabilized complex between mouse RNF213 and a modified human UBE2L3 ABP (activity based probe), coupled to modified human ubiquitin
分子量理論値: 580 KDa

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超分子 #2: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub)

超分子名称: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: E3 ubiquitin-protein ligase RNF213
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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超分子 #3: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub)

超分子名称: RNF213-ABP(UBE2L3-Ub) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase RNF213

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RNF213 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 586.5455 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MECPQCGHVS SEKAPKFCSE CGQKLPSAAT VQGDLKNDNT LVVSSTPEGK TEQGAVLREE EVLLSSTDPG KELEKPEESD SNASWTTQM SKKEKRRRKR QGTISSSEAP SSGLWSLDMP PSPGSHNSAL PQNQAQQGGA ASQPGHPLDT ENMPMEDGFV H TEGSGSPL ...文字列:
MECPQCGHVS SEKAPKFCSE CGQKLPSAAT VQGDLKNDNT LVVSSTPEGK TEQGAVLREE EVLLSSTDPG KELEKPEESD SNASWTTQM SKKEKRRRKR QGTISSSEAP SSGLWSLDMP PSPGSHNSAL PQNQAQQGGA ASQPGHPLDT ENMPMEDGFV H TEGSGSPL QGQAAERTDA QSNLAPSDLA EVKDLNTSKP SVDKGLPLDG GPALSAFKGH PKMTDASQKA PLPESKGETS GQ EKKVPPI DAAASPVKTA GKETGEDVRK PKPSPVSPVA SKHGDQEAEL KGKLATPVRK SNEGGNTQPE DQRKPGEGRN FAA AVKTQQ AAAPQQAAAP EPTSAFNPRD TVTVYFHAIV SRHFGFNPEE HKVYVRGGEG LGQKGWTDAC EMYCTQDLHD LGSL VEGKM DIPRQSLDKP IPYKYVIHRG GSSKDTVEYE FIYEQAQKKG EHVNRCLRVV STSLGNGDWH QYDDIICMRS TGFFQ QAKN RILDSTRKEL LKGKKQAAVV MLDRIFSVLQ PWSDINLQSF MTQFLQFYSV VREPMIHDGR ARKWTSLQYE EKEVWT NLW EHVKKQMAPF LEGKSGESLP ADCPVRSKLT LGLSILFMVE AAEFTVPKKD LDSLCYLLIP SAGSPEALHS DLSPVLR IR QRWRIYLTNL CLRCIDERCD RWLGILPLLH TCMQKSPPKK NSKSQPEDTW AGLEGISFSE FRDKAPTRSQ PLQFMQSK M ALLRVDEYLF RSWLSVVPLE SLSSYLENSI DYLSDVPVRV LDCLQGISYR LPGLRKISNQ NMKKDVENVF KMLMHLVDI YQHRIFGENL LQIYLTECLT LHETVCNITA NHQFFEIPAL SAELICKLLE LSPPGHTDEG LPEKSYEDLV TSTLQEALAT TRNWLRSLF KSRMLSISSA 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LLAQ PDSPA WVQDLWMFIY SDIKFLNISL VLNNTRSNSE MSFILVQSHM NLLKDAYNAV PFSWRIRDYL EELWVQAQYI TDTEG LSKK FVEIFQKTPL GVFLAQFPVA QQQKLLQSYL KDFLLLTMKV SSREELMFLQ MALWSCLREL QEASGTPDET YKFPLS LPW VHLAFQHFRT RLQNFSRILT IHPQVLSSLS QAAEKHSLAG CEMTLDAFAA MACAEMLKGD LLKPSPKAWL QLVKNLS TP LELVCSEGYL CDSGSMTRSV IQEVRALWNR IFSIALFVEH VLLGTESHIP ELSPLVTTYV SLLDKCLEED SNLKTCRP F VAVMTTLCDC KDKASKKFSR FGIQPCFICH GDAQDPVCLP CDHVYCLRCI QTWLIPGQMM CPYCLTDLPD KFSPTVSQD HRKAIEKHAQ FRHMCNSFFV DLVSTMCFKD NTPPEKSVID TLLSLLFVQK ELLRDASQKH REHTKSLSPF DDVVDQTPVI RSVLLKLLL KYSFHEVKDY IQNYLTQLEK KAFLTEDKTE LYLLFISCLE DSVHQKTSAG CRNLEQVLRE EGHFLRTYSP G LQGQEPVR IASVEYLQEV ARVRLCLDLA ADFLSELQEG SELAEDKRRF LKHVEEFCTR VNNDWHRVYL VRKLSSQRGM EF VQSFSKQ GHPCQWVFPR KVIAQQKDHV SLMDRYLVHG NEYKAVRDAT AKAVLECKTL DIGNALMACR SPKPQQTAYL LLA LYTEVA ALYRSPNGSL HPEAKQLEAV NKFIKESKIL SDPNIRCFAR SLVDNTLPLL KIRSANSILK GTVTEMAVHV ATIL LCGHN QILKPLRNLA FYPVNMANAF LPTMPEDLLV HARTWRGLEN VTWYTCPRGH PCSVGECGRP MQESTCLDCG LPVGG LNHT PHEGFSAIRN NEDRTQTGHV LGSPQSSGVA EVSDRGQSPV VFILTRLLTH LAMLVGATHN PQALTVIIKP WVQDPQ GFL QQHIQRDLEQ LTKMLGRSAD ETIHVVHLIL SSLLRVQSHG VLNFNAELST KGCRNNWEKH FETLLLRELK HLDKNLP AI NALISQDERI SSNPVTKIIY GDPATFLPHL PQKSIIHCSK IWSCRRKITV EYLQHIVEQK NGKETVPVLW HFLQKEAE L RLVKFLPEIL ALQRDLVKQF QNVSRVEYSS IRGFIHSHSS DGLRKLLHDR ITIFLSTWNA LRRSLETNGE IKLPKDYCC SDLDLDAEFE VILPRRQGLG LCGTALVSYL ISLHNNMVYT VQKFSNEDNS YSVDISEVAD LHVISYEVER DLNPLILSNC QYQVQQGGE TSQEFDLEKI QRQISSRFLQ GKPRLTLKGI PTLVYRRDWN YEHLFMDIKN KMAQSSLPNL AISTISGQLQ S YSDACEAL SIIEITLGFL STAGGDPGMD LNVYIEEVLR MCDQTAQVLK AFSRCQLRHI IALWQFLSAH KSEQRLRLNK EL FREIDVQ YKEELSTQHQ RLLGTFLNEA GLDAFLLELH EMIVLKLKGP RAANSFNPNW SLKDTLVSYM ETKDSDILSE VES QFPEEI LMSSCISVWK IAATRKWDRQ SRGGGHHHHH HHHHH

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分子 #2: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.197908 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GWSHPQFEKP GSMAASRRLM KELEEIRKSG MKNFRNIQVD EANLLTWQGL IVPDNPPYDK GAFRIEINFP AEYPFKPPKI TFKTKIYHP NIDEKGQVCL PVISAENWKP ATKTDQVIQS LIALVNDPQP EHPLRADLAE EYSKDRKKFS KNAEEFTKKY G EKRPVD

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分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 構成要素:
濃度式
200.0 mMKCl
25.0 mMHEPES
0.25 mMTCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4591 / 平均露光時間: 3.92 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10429

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 98000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 100000
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6tax

chain_id: A

4q5e

chain_id: C
得られたモデル

PDB-7oik:
Mouse RNF213:UBE2L3 transthiolation intermediate, chemically stabilized

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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