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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12739 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the borneol dehydrogenase 2 of Salvia officinalis | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | TERPENOID / ALCOHOL / OXIDOREDUCTASE / BORNEOL / ROSSMANN-LIKE FOLD | |||||||||||||||||||||
生物種 | Salvia officinalis (サルビア) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.04 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Dimos N / Helmer CPO | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, オーストリア, 6件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022 タイトル: CryoEM analysis of small plant biocatalysts at sub-2 Å resolution. 著者: Nicole Dimos / Carl P O Helmer / Andrea M Chánique / Markus C Wahl / Robert Kourist / Tarek Hilal / Bernhard Loll / 要旨: Enzyme catalysis has emerged as a key technology for developing efficient, sustainable processes in the chemical, biotechnological and pharmaceutical industries. Plants provide large and diverse ...Enzyme catalysis has emerged as a key technology for developing efficient, sustainable processes in the chemical, biotechnological and pharmaceutical industries. Plants provide large and diverse pools of biosynthetic enzymes that facilitate complex reactions, such as the formation of intricate terpene carbon skeletons, with exquisite specificity. High-resolution structural analysis of these enzymes is crucial in order to understand their mechanisms and modulate their properties by targeted engineering. Although cryo-electron microscopy (cryoEM) has revolutionized structural biology, its applicability to high-resolution structural analysis of comparatively small enzymes has so far been largely unexplored. Here, it is shown that cryoEM can reveal the structures of plant borneol dehydrogenases of ∼120 kDa at or below 2 Å resolution, paving the way for the rapid development of new biocatalysts that can provide access to bioactive terpenes and terpenoids. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12739.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12739-v30.xml emd-12739.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12739_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12739.png | 116.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12739.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12739 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12739 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12739_validation.pdf.gz | 423.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12739_full_validation.pdf.gz | 423.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12739_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12739_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12739 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12739 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12739.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Homotetrameric complex of borneol dehydrogenase
全体 | 名称: Homotetrameric complex of borneol dehydrogenase |
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要素 |
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-超分子 #1: Homotetrameric complex of borneol dehydrogenase
超分子 | 名称: Homotetrameric complex of borneol dehydrogenase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Salvia officinalis (サルビア) |
-分子 #1: borneol dehydrogenase
分子 | 名称: borneol dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salvia officinalis (サルビア) |
分子量 | 理論値: 32.267602 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATGAANVES PQSLPLRLLG RVALVTGGSS GIGESIVLLF RKHGAKVCIA DVQDNQGQRL CETLGGSSD IAFCHCDVTI EDDVKRAVDF TVDKFGTLDI MVNNAGVSGP PCPDIRDFEL SAFDRVFDIN VRGVFIGMKH A ARIMIPAK ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATGAANVES PQSLPLRLLG RVALVTGGSS GIGESIVLLF RKHGAKVCIA DVQDNQGQRL CETLGGSSD IAFCHCDVTI EDDVKRAVDF TVDKFGTLDI MVNNAGVSGP PCPDIRDFEL SAFDRVFDIN VRGVFIGMKH A ARIMIPAK KGSIISISSV ASTMGGLGPH AYTGSKHAVL GLTKNVAAEL GKHGIRVNCV SPYAVATSLA LAHLPEAERT ED TWDDFRR FVADNANLQG VELTMEDVAN AVVFLASDEA RYVSGMNLMV DGGFTSTNHA LQVFRP |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 268 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1439 / 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |